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Ubuntu で pyenv, Python 2.7.15, Anaconda 5.2.0, 各種パッケージのインストール

目次

  1. 前準備 (preparation)
  2. pyenv のインストールと設定 (Install pyenv, and its settings)
  3. pyenv を用いて Anaconda 5.2.0 のインストール (Install Anaconda 5.2.0 using pyenv)
  4. pyenv を用いて Python 2.7.15 のインストール (Install Python 2.7.15 using pyenv)
  5. pyenv の確認 (Examine pyenv)
  6. anaconda3-5.2.0 でパッケージの追加
  7. Python 2.7.15 でパッケージの追加
  8. Python 3.6 系での既知のバグ
  9. (オプション) Ubuntu 版 Graphviz のインストール (Optionally, Install Graphviz for Ubuntu)
  10. Python パッケージのインストール (Install / Upgrade Recommended Python Packages)

サイト内の関連 Web ページ:


前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu のシステム更新を終わっておくこと

端末を開き、次を実行

sudo apt update
sudo apt -yV upgrade
sudo apt -yV dist-upgrade
sudo apt -yV autoremove
sudo apt autoclean
sudo shutdown -r now

Ubuntu でのビルドに有用なソフトウエアのインストール

次のコマンドを実行.

sudo apt -yV install build-essential pkg-config python3-dev python3-pip python3-numpy
sudo apt -yV install gcc g++ git make cmake cmake-curses-gui autoconf automake flex bison 
sudo apt -yV install libopenblas-dev liblapack-dev nvidia-cuda-dev nvidia-cuda-toolkit 
sudo apt -yV install libxi-dev libsndfile1-dev libopenexr-dev libjpeg-dev libalut-dev libsdl-dev libavdevice-dev libavformat-dev libavutil-dev libavcodec-dev libswscale-dev libx264-dev libxvidcore-dev libmp3lame-dev libspnav-dev libglu1-mesa-dev libv4l-dev
sudo apt -yV install libbz2-dev libsqlite3-dev libssl-dev libreadline-dev libpng-dev libjpeg-dev libtiff-dev zlib1g-dev libx11-dev libgl1-mesa-dev libxrandr-dev libxxf86dga-dev libxcursor-dev libfreetype6-dev libvorbis-dev libeigen3-dev libopenal-dev libode-dev libbullet-dev nvidia-cg-toolkit libgtk2.0-dev

pyenv のインストールと設定 (Install pyenv, and its settings)

  1. git のインストール (Install git)
    sudo apt -yV install git
    

  2. pyenv のダウンロード (Download pyenv)
    cd /tmp
    git clone http://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv
    

  3. pyenv の更新 (Updata pyenv)
    cd ~/.pyenv
    git pull
    

  4. pyenv の設定 (Settings of pyenv)
    echo 'export PYENV_ROOT="${HOME}/.pyenv"' >> ~/.bashrc
    echo 'if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then' >> ~/.bashrc
    echo '    export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
    echo '    eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
    echo 'fi' >> ~/.bashrc
    exec $SHELL -l
    

  5. virtualenv のダウンロード (Download virtualenv)
    mkdir $PYENV_ROOT/plugins
    cd $PYENV_ROOT/plugins
    git clone http://github.com/yyuu/pyenv-virtualenv.git
    


pyenv を用いて Anaconda 5.2.0 のインストール (Install Anaconda 5.2.0 using pyenv)

  1. インストールするPython のバージョンの確認 (decide the version)
    pyenv rehash 
    pyenv install -l 
    

  2. 前提パッケージのインストール (Install libraries)
    sudo apt -yV install libbz2-dev libsqlite3-dev libssl-dev libreadline-dev libpng-dev libjpeg-dev zlib1g-dev libx11-dev libfreetype6-dev
    

  3. インストールできる Anaconda のバージョンの確認 (Anaconda Versions)
    pyenv install -l | grep anaconda 
    

  4. Anaconda の最新版のインストールと設定 (Install Anaconda latest version)
    CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" pyenv install anaconda3-5.2.0 
    

    下の実行例では anaconda3-5.2.0 をインストールしている

  5. 確認 (Examine the python versions)
    pyenv versions
    

    anaconda3-5.2.0」がインストールされたことが分かる

  6. 試しに、anaconda3-5.2.0 のPython を起動してみる (Try to launch anaconda3-5.2.0 Python)

    「pyenv shell anaconda3-5.2.0」は、anaconda3-5.2.0 のPythonの使用を開始するためのコマンド

    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    python 
    print(1 + 2)
    exit()
    

  7. 試しに spyder を起動してみる
    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    spyder
    

    spyder の画面が開くことを確認する


pyenv を用いて Python 2.7.15 のインストール (Install Python 2.7.15 using pyenv)

  1. インストールするPython のバージョンの確認 (decide the version)
    pyenv rehash 
    pyenv install -l 
    

  2. Python 2.7.15 のインストールと設定 (Install Python 2.7.15 and Settings)
    CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" pyenv install 2.7.15 
    

  3. 確認 (Examine the python versions)
    pyenv versions
    

    複数のPython がインストールされていることが分かる。

    使用する Python の切り替えは 次のコマンドで行う

    • pyenv shell system
    • pyenv shell 2.7.15
    • pyenv shell anaconda3-5.2.0

  4. 試しに Python を起動してみる (Try to launch Python)
    pyenv shell 2.7.15
    python 
    print(1 + 2)
    exit()
    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    python 
    print(1 + 2)
    exit()
    

  5. (オプション)デフォルトで使用する Python の設定 (optionally, setting of default python)

pyenv の確認 (Examine pyenv)


anaconda3-5.2.0 でパッケージの追加

  1. まずは,最新の conda-build パッケージが欲しい.次のコマンドを実行

    ※ conda-buildパッケージは,condaパッケージを自前で作成するなどが簡単にできるためのツール.

    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    conda install -y conda-build
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enter キーを押してみる.

  2. 次のコマンドを実行
    conda update -y pip
    conda update -y setuptools
    conda update -y conda
    conda update -y conda-build
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる.

  3. 各種パッケージのインストール

    Anaconda では,「conda」という形式の Python のパッケージも、簡単に扱うことができる. Python のパッケージを追加することで,Python にいろいろな機能を追加することができる.conda を用いてPythonパッケージ以外のソフトウエアをインストールすることもできる

    次のコマンドを実行

    pip install --ignore-installed --upgrade ipykernel
    python -m pip install --upgrade pip
    conda update -y --all
    conda install -y numpy
    conda install -y six
    conda install -y protobuf
    conda install -y pillow
    conda install -y hdf5
    conda install -y h5py
    conda install -y chainer
    #
    conda install -y scikit-learn
    conda install -y scikit-image
    conda install -y matplotlib
    conda install -y seaborn
    conda install -y graphviz
    conda install -y pydot
    conda install -y yaml
    conda install -y flask
    conda install -y django
    conda install -y sympy
    conda install -y pandas
    conda install -y sqlite
    conda install -y redis
    conda install -y scipy
    conda install -y gensim
    conda install -y cython
    conda install -y opencv
    conda install -y pylint
    pip install --ignore-installed --upgrade msgpack
    pip install --ignore-installed --upgrade tensorboard
    pip install --ignore-installed --upgrade tensorflow
    pip install --ignore-installed --upgrade keras
    pip install --ignore-installed --upgrade pyglet
    pip install --ignore-installed --upgrade pygame
    pip install --ignore-installed --upgrade cocos2d
    pip install --ignore-installed --upgrade geopandas
    pip install --ignore-installed --upgrade overpy
    conda install -y -c conda-forge folium
    conda install -y -c conda-forge exifread
    conda install -y -c conda-forge haversine
    conda install -y -c conda-forge utm
    conda install -y -c conda-forge gdal
    #again
    conda install -y conda
    conda update -y --all
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる.


Python 2.7.15 でパッケージの追加

  1. まずは,pip の更新
    pyenv shell 2.7.15
    pip install --upgrade pip
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enter キーを押してみる.

  2. setuptools の更新 (Update the setuptools)

    次のコマンドを実行 (Do the following command)

    pyenv shell 2.7.15
    pip install -U setuptools
    

    ※ pyenv 配下にない(システムの) python を使うときは「sudo pip install -U setuptools」

  3. 各種パッケージのインストール

    Anaconda では,「conda」という形式の Python のパッケージも、簡単に扱うことができる. Python のパッケージを追加することで,Python にいろいろな機能を追加することができる.conda を用いてPythonパッケージ以外のソフトウエアをインストールすることもできる

    次のコマンドを実行

    pip install --ignore-installed --upgrade ipykernel
    python -m pip install --upgrade pip
    conda update -y --all
    conda install -y numpy
    conda install -y six
    conda install -y protobuf
    conda install -y pillow
    conda install -y hdf5
    conda install -y h5py<
    conda install -y chainer
    #
    conda install -y scikit-learn
    conda install -y scikit-image
    conda install -y matplotlib
    conda install -y seaborn
    conda install -y graphviz
    conda install -y pydot
    conda install -y yaml
    conda install -y flask
    conda install -y django
    conda install -y sympy
    conda install -y pandas
    conda install -y sqlite
    conda install -y redis
    conda install -y scipy
    conda install -y gensim
    conda install -y cython
    conda install -y opencv
    conda install -y pylint
    pip install --ignore-installed --upgrade tensorflow
    pip install --ignore-installed --upgrade keras
    pip install --ignore-installed --upgrade pyglet
    pip install --ignore-installed --upgrade pygame
    pip install --ignore-installed --upgrade cocos2d
    pip install --ignore-installed --upgrade geopandas
    pip install --ignore-installed --upgrade overpy
    conda install -y -c conda-forge folium
    conda install -y -c conda-forge exifread
    conda install -y -c conda-forge haversine
    conda install -y -c conda-forge utm
    conda install -y -c conda-forge gdal
    #again
    conda install -y conda
    conda update -y --all
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる.



Python 3.6 系での既知のバグ

参考Webページ https://qiita.com/ruteshi_SI_shiteru/items/be6a58276bdbd67dc096

~/.pyenv/versions/anaconda3-5.2.0/pkgs/pip-9.0.3-py36_0/lib/python3.6/site-packages/pip/compat/__init__.py をエディタで修正.

※ 「pip-9.0.3-py36_0」のところは違うかも.

修正前

修正後

修正前

修正後

(書きかけ)spyder のインストール (Optionally, Install Graphviz for Ubuntu)

pyenv shell 2.7.15
sudo apt-get install libgraphviz-dev
sudo apt-get install graphviz

cd /tmp
wget http://sourceforge.net/projects/pyqt/files/sip/sip-4.16.5/sip-4.16.5.tar.gz
tar -xvzof sip-4.16.5.tar.gz
cd sip-4.16.5
python configure.py
make clean
make
sudo make install 
sudo chown -R $USER ~/.pyenv

cd /tmp
wget http://sourceforge.net/projects/pyqt/files/PyQt4/PyQt-4.11.3/PyQt-x11-gpl-4.11.3.tar.gz
tar -xvzof PyQt-x11-gpl-4.11.3.tar.gz
cd PyQt-x11-gpl-4.11.3
python configure.py
make clean
make
sudo make install 
sudo chown -R $USER ~/.pyenv

pip install PySide
pip install pyzmq
pip install spyder
cd /tmp
wget https://bitbucket.org/spyder-ide/spyderlib/downloads/spyder-2.3.2.zip
unzip spyder-2.3.2.zip 
cd spyder-2.3.2/
python bootstrap.py 
python setup.py 
python setup.py install

(書きかけ)SWIG を使ってみる (Try to use SWIG)

http://www.swig.org/Doc1.3/Python.html#Python_nn6 に記載のサンプルプログラム