金子邦彦研究室プログラミング主成分分析,次元削減自己組織化マップ(SOM)の試用(R, som パッケージを使用)

自己組織化マップ(SOM)の試用(R, som パッケージを使用)

前準備

R システムのインストール

R システムの CRAN の URL: https://cran.r-project.org/

som パッケージのインストール

R システムで,次のコマンドを実行し,インストールする.

このとき「Secure CRAN mirrors」のような,ミラーサイトの選択画面が出たときは「Japan」のものを選ぶ.

install.packages("som") 

この操作でインストールが行われる. R システムのパッケージのインストールについては、 必要に応じて「R システムでのパッケージのインストール」のページを参考にしてください.

SOM を行う

  1. library(som) の実行
    library(som)
    

    [image]
  2. サンプルの表示
    example(som)
    

    [image]
  3. ヘルプの表示
    help(som)
    

    [image]

SOM の例

ここでは,iris をクラスタリングする.iris は,Rシステムに組み込み済みのデータ.

  1. som() : SOM の実行
    library(som)
    data(iris)
    a <- som( iris[1:4], xdim=5, ydim=6 )
    print(a)
    

    [image]
  2. プロット
    plot(a)
    

    [image]