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階層的クラスタ分析

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pvclust を使用した階層的クラスタ分析

pvclust を使用


hclust を使用した階層的クラスタ分析の例

CSVファイルを読み込み,データテーブルに格納

  1. (前準備) 使用する CSV ファイルの作成

    ※ ここでは Book1.csv をダウンロードし,分かりやすいディレクトリに置く

    (参考: 「外国為替データ(時系列データ)の情報源の紹介」の Web ページ

    以下の説明では、

    として説明を続ける.

    自前の CSV ファイルを使うときの注意: read.table() 関数を使うので, 属性名は英語になっていること.属性名は,CSV ファイルの第一行目に書いていること.

  2. 使用する CSV ファイルの確認

    属性名が CSV ファイルの1行目に書かれていることを確認する.

    [image]
  3. R の起動

    ◆ Windows での動作画面例

    [image]

    ◆ Ubuntu での動作画面例

    [image]
  4. read.table」を用いて,ファイルを変数に読み込み

    端末で,次のコマンドを実行.

    ◆ Windows での動作手順例

    X <- read.table("C:/R/Book1.csv", header=TRUE, sep=",", na.strings="NA", dec=".", strip.white=TRUE);
    

    ◆ Linux での動作手順例

    X <- read.table("/tmp/Book1.csv", header=TRUE, sep=",", na.strings="NA", dec=".", strip.white=TRUE);
    

    オプション

    [image]
  5. 変数 X の中身の確認

    端末で,次のコマンドを実行.。

    edit(X);
    

    [image]

    端末で,次のコマンドを実行.。

    str(X)
    

    [image]

    hclust() の実行

    HClust.1 <- hclust(dist(model.matrix(~-1 + USD+EUR+AUD, X)) , method= "ward")
    plot(HClust.1, main= "Cluster Dendrogram for Solution HClust.1", xlab= "Observation Number in Data Set Dataset", sub="Method=ward; Distance=euclidian")
    

    [image]

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問い合わせ先: 金子邦彦(かねこ くにひこ) [image]