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berenslab/uneye を動かしてみる

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謝辞:作者に感謝します https://github.comberenslab/uneye


前準備

Anaconda, git のインストール

Windows での Anaconda, git のインストール手順は、 別のページで説明している

Ubuntu での Anaconda のインストール手順は、 別のページで説明している


隔離された Python 環境の作成

  1. 今から作成するPython 環境の名前と、Pythonのバージョンを決めておく

  2. Windows のコマンドプロンプトを実行する.

  3. 隔離された Python 環境を作成する

    端末で,次のコマンドを実行.

    「Proceed ([y]/n) ?」 に対しては Enterキー

    conda create -n pytorch python=3
    

  4. Python 環境が作成できたことを確認
    conda info -e
    

これで、もとからの Python 環境と, 新規作成されたPython 環境(Python のバージョン 3名前は pytorch)の共存できた。


新規作成された Python 環境を使いたいとき


新規された Python 環境で、パッケージのインストールの前準備を行う

いま作成した Python 環境で、パッケージの更新などの前準備を行う

  1. Windows のコマンドプロンプトを実行する.

  2. いま作成した Python 環境を有効にする2

    端末で,次のコマンドを実行.

    activate pytorch
    

  3. Anaconda の conda パッケージの更新、古い conda パッケージファイルの削除

    「conda config --remove channels conda-forge」は,conda のチャンネルに「conda-forge」が入っていたら削除する操作(エラーメッセージが出たとしても無視してください).

    conda config --remove channels conda-forge
    

    conda upgrade --all
    

    conda clean --packages
    


    (途中省略)


    (以下省略)

berenslab/uneye を動かしてみる

  1. Windows で,コマンドプロンプトを管理者として実行

  2. Python 環境(名前は pytorch)を有効にする

    エラーメッセージが出ないことを確認

    「activate pytorch 」は Python 環境(名前はpytorch)を有効にするためのコマンド.(各自の環境の名前にあわせること

    activate pytorch
    

    「Could not find conda environment: pytorch」というメッセージが出たときは、 隔離された Python 環境の作成(名前は pytorch).Tensorflow, Keras のインストールを行う.

  3. 前提パッケージ などのインストール

    conda install -y numpy scipy scikit-image sklearn jupyter matplotlib
    http://download.pytorch.org/whl/cu92/torch-0.4.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl
    torchvision
    wheel pytest sphinx numpy opencv
    

  4. berenslab/uneye のインストー

    https://github.com/berenslab/uneye で公開のもの.感謝します.

    mkdir c:\pytools
    cd c:\pytools
    rmdir /s /q uneye
    

    git clone https://github.com/berenslab/uneye
    cd uneye
    

    以下、書きかけ

  5. C:\eye-motion のような作業用のディレクトリ(フォルダ)を作る

  6. https://github.com/berenslab/uneye で公開されているデータをダウンロードし、 いま作成した 「作業用のディレクトリ(フォルダ)」に保存する

    約2ギガバイトある。しばらく時間がかかる

    次のようになる

    -------------------------------------------------------------------------------------------------

  7. サンプルプログラム
    1. Web ブラウザで、 を開く
    2. ここに掲載されているプログラムをコピー

    3. Windows のメモ帳を開き, 貼り付け

    4. このファイルの中の画像ファイル名を書き換え(2か所).

      C:/eye-motion/126.png, C:/eye-motion/126-filtered.png,

    5. 後半部分は削除

    6. メモ帳で、ファイルを「名前を付けて保存」する。

      このとき、ファイル名は、skin.py のようなファイル名で保存(拡張子は「.py」

      保存するディレクトリ(フォルダ)は、「作業用のディレクトリ(フォルダ)」に保存する

    7. メモ帳を閉じる

  8. Windows のコマンドプロンプトを開く

  9. 次のように実行
    cd C:\face-image
    python skin.py
    

  10. 結果の確認


演習問題

もう1つの画像で確認

skin.py の中の画像ファイル名を 126 から 127 に書き換えて、python skin.py をもう一度実行しなさい。次のような結果になることを確認しなさい

----

conda install -y wheel pytest sphinx numpy opencv