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R で MST(Minimum Spannning Tree) を作ってみる

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nnclust パッケージを使う場合

インストール

install.packages("nnclust")
library("nnclust")
vignette("nnclust")

MST(Minimum Spannning Tree) を作ってみる

MST(Minimum Spannning Tree) を用いたクラスタリング


irgraph パッケージを使用

install.packages("igraph")
library(igraph)
Y <-  matrix( c(iris[,1], iris[,2], iris[,3], iris[,4] ), ncol=4 )
plot(Y)
G <- graph.adjacency(dist(Y))
mst <- minimum.spanning.tree(G)
lay <- layout.reingold.tilford(G, mode="all")
plot(mst)