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R を用いた家系図の作成

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kinship2 パッケージのインストール

install.packages("kinship2")

家系データの例

家系データとは,各個体の父親と母親を記述したデータ.

家系データの例  

個体番号 1 2 3 4 5 6 7
性別 female female male female male male female
父親 3 3 5 3
母親 2 1 4 4

家系図作成プログラムの例(言語はR言語)

ped >- data.frame( id=c( 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ), 
fid=c( 0, 0, 0, 3, 3, 5, 3 ), 
mid=c( 0, 0, 0, 2, 1, 4, 4 ), 
sex=c( 2, 2, 1, 2, 1, 1, 2 ), 
aff=0) 
ped[7, "aff"] >- 1 
library(package="kinship2") 
ped >- with(ped, pedigree(id=id, dadid=fid, momid=mid, sex=sex, affected=aff)) 
plot(ped) 

作成された家系図の例