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Ubuntu で R バージョン 3.1.1 のインストール

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この Web ページでは,Ubuntu での R (バージョン 3.1.1) のインストール手順を説明する

参考Webページ: http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%A4%CE%A5%D8%A5%EB%A5%D7%B5%A1%C7%BD


Ubuntu で,R をパッケージを用いてインストールしたい場合の手順

前準備

Ubuntu でパッケージを用いてインストールする場合の手順

  1. ミラーサイトの選択 (Select one from the CRAN Mirrors List)

    http://cran.r-project.org/mirrors.html

  2. R に関するレポジトリを設定するスクリプト  (Automated Script to setup a repository for R)

    レポジトリを設定する.

    なるべく楽をしたいので,スクリプトを作った.

    export RELEASE=`lsb_release -sc`
    sudo add-apt-repository --yes "deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu ${RELEASE}/" 
    sudo apt-get update
    

    ◆ Ubuntu での実行結果の例

  3. R のパッケージのダウンロードとインストールを行うスクリプト  (Automated Script to download and install R packages)

    sudo apt-get -y update
    sudo apt-get -y upgrade
    #
    sudo apt-get install   r-base
    sudo apt-get install   r-base-core
    sudo apt-get install   r-base-dev
    sudo apt-get install   r-recommended
    sudo apt-get install   r-mathlib
    sudo apt-get install   r-cran-boot
    sudo apt-get install   r-cran-class
    sudo apt-get install   r-cran-cluster
    sudo apt-get install   r-cran-codetools
    sudo apt-get install   r-cran-foreign
    sudo apt-get install   r-cran-hmisc
    sudo apt-get install   r-cran-kernsmooth
    sudo apt-get install   r-cran-lattice
    sudo apt-get install   r-cran-mass
    sudo apt-get install   r-cran-matrix
    sudo apt-get install   r-cran-mgcv
    sudo apt-get install   r-cran-nlme
    sudo apt-get install   r-cran-nnet
    sudo apt-get install   r-cran-rcmdr
    sudo apt-get install   r-cran-rpart
    sudo apt-get install   r-cran-spatial
    sudo apt-get install   r-cran-survival
    sudo apt-get install   r-cran-vr
    sudo apt-get install   r-cran-rodbc
    sudo apt-get install littler 
    

  4. ライブラリの確認 (Examine R libraries installed)

    ls /usr/lib/R/
    

  5. 起動してみる

    R
    

  6. Cran Task View を用いて、 いくつかのタスク・ビューをインストール
    #!/bin/bash
    
    # ctv
    echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r 
    echo 'install.packages("ctv", repos="http://cran.rstudio.com/") ' >> /tmp/a.$$.r
    cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    
    for i in Cluster Graphics MachineLearning Multivariate NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do 
      echo $i
      rm -f /tmp/a.$$.r 
      echo "options(repos=\"http://cran.rstudio.com\") " > /tmp/a.$$.r 
      echo "library(ctv); install.views(\"$i\", repos=\"http://cran.rstudio.com/\") " >> /tmp/a.$$.r
      cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    done
    

  7. R のパッケージの更新

    操作手順例

    #!/bin/bash
    
    echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com/"); update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)' | sudo R --vanilla
    

  8. biocLite を用いて全パッケージをインストール
    #!/bin/bash
    
    rm -f /tmp/a.$$.r 
    echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\") " > /tmp/a.$$.r 
    echo "biocLite(groupName=\"all\") " >> /tmp/a.$$.r 
    cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    

    一部分のパッケージのみをインストールしたい場合には次のように操作する.

    #!/bin/bash
    
    for i in eEBImage qvalue osmar Rgraphviz hypergraph RBGL GraphPart; do 
      echo $i
      rm -f /tmp/a.$$.r 
      echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > /tmp/a.$$.r 
      echo "biocLite(\"$i\")" >> /tmp/a.$$.r 
      cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    done
    

Ubuntu で R をソースコードからビルドしたい場合の手順例

  1. (オプション)パッケージを用いてインストールした R の削除

    sudo apt-get --purge remove r-doc-html
    sudo apt-get --purge remove r-base
    sudo apt-get --purge remove r-base-core  
    sudo apt-get --purge remove r-base-dev
    sudo apt-get --purge remove r-recommended
    

  2. Oracle Java (JDK) 8 のインストール

    add-apt-repository ppa:webupd8team/java
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install oracle-java8-installer
    sudo update-java-alternatives -s java-8-oracle
    java -version
    

  3. 前提ソフトウエアのインストール

    sudo apt-get -y  install libgfortran3 
    sudo apt-get -y  install liblapack-dev
    sudo apt-get -y  install libopenblas-base
    sudo apt-get -y  install libopenblas-dev
    sudo apt-get -y  install texlive-latex-base
    sudo apt-get -y install  cdbs dh-translations gfortran gfortran intltool 
    sudo apt-get -y install  libbz2-dev libjpeg-dev libjpeg-turbo8-dev
    sudo apt-get -y install  libjpeg8-dev libncurses5-dev libpng12-dev
    sudo apt-get -y install  libreadline-dev libreadline6-dev libtinfo-dev 
    sudo apt-get -y install  python-scour tcl tk tcl-dev tk-dev zlib1g-dev
    

  4. ソースコードからのビルド

    「JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle」や「JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64」の部分に設定するディレクトリは、前もって update-java-alternatives で確認してください

    ■ java-8-oracle を使う場合の手順例

    cd /tmp
    wget http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
    rm -rf /tmp/R-3.1.1
    tar -xvzof R-3.1.1.tar.gz
    cd R-3.1.1
    JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle R_HOME=/usr/local/lib/R ./configure --prefix=/usr/local --with-cairo --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk --with-system-bzlib --with-system-pcre --with-system-zlib  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling --enable-R-shlib --disable-memory-profiling --with-recommended-packages
    make
    make pdf
    sudo make install
    sudo R CMD javareconf 
    

    ■ /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64 を使う場合の手順例

    cd /tmp
    wget http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
    rm -rf /tmp/R-3.1.1
    tar -xvzof R-3.1.1.tar.gz
    cd R-3.1.1
    JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64 R_HOME=/usr/local/lib/R ./configure --prefix=/usr/local --with-cairo --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk --with-system-bzlib --with-system-pcre --with-system-zlib --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling --enable-R-shlib --disable-memory-profiling --with-tcltk --with-recommended-packages
    make
    make pdf
    sudo make install
    sudo R CMD javareconf 
    

  5. Cran Task View を用いて、 いくつかのタスク・ビューをインストール
    #!/bin/bash
    
    # ctv
    echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r 
    echo 'install.packages("ctv", repos="http://cran.rstudio.com/") ' >> /tmp/a.$$.r
    cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    
    for i in Cluster Graphics MachineLearning Multivariate NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do 
      echo $i
      rm -f /tmp/a.$$.r 
      echo "options(repos=\"http://cran.rstudio.com\") " > /tmp/a.$$.r 
      echo "library(ctv); install.views(\"$i\", repos=\"http://cran.rstudio.com/\") " >> /tmp/a.$$.r
      cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    done
    

  6. R のパッケージの更新

    操作手順例

    #!/bin/bash
    
    echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com/"); update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)' | sudo R --vanilla
    

  7. biocLite を用いて全パッケージをインストール
    #!/bin/bash
    
    rm -f /tmp/a.$$.r 
    echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\") " > /tmp/a.$$.r 
    echo "biocLite(groupName=\"all\") " >> /tmp/a.$$.r 
    cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    

    一部分のパッケージのみをインストールしたい場合には次のように操作する.

    #!/bin/bash
    
    for i in EBImage qvalue osmar Rgraphviz hypergraph RBGL GraphPart; do 
      echo $i
      rm -f /tmp/a.$$.r 
      echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > /tmp/a.$$.r 
      echo "biocLite(\"$i\")" >> /tmp/a.$$.r 
      cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    done