Fiji のインストール（Windows 上）

【概要】

Fiji（FIJI Is Just ImageJ の略称）は、科学技術分野、特に生命科学分野などで広く利用されているオープンソースの画像処理・解析ソフトウェアである。ImageJをベースに、Java実行環境や便利なプラグインが同梱されており、すぐに高度な機能を利用できる。本記事では、Windows環境でのFijiのインストール手順、Linux環境での起動方法、およびメモリ割り当て量の調整方法について説明する。

【目次】

インストール手順 (Windows)
Linux でのインストールと起動
Fiji のメモリ割り当て量の調整（「Out of memory」エラー対策）

Fijiは、科学研究用途に適したプラグインが多く含まれている。主な構成要素は以下の通りである。

ImageJ: オープンソースの画像処理ソフトウェアの本体。画像の表示、編集、解析に関する豊富な基本機能を持つ。
Java: 実行に必要な環境が同梱されている。
Java3D: 3D表示機能をサポートする。
多数のプラグイン: 画像の位置合わせ（レジストレーション）、領域分割（セグメンテーション）、処理の自動化（Scripting）、3次元可視化、特徴抽出（SIFT、MOPS）など、特定の解析目的のための拡張機能が多数含まれている。

インストール手順 (Windows)

1. Fiji公式サイトへアクセス
Fiji の Web ページを開く。
https://fiji.sc/
2. インストーラーのダウンロード
Fijiのダウンロードページで、お使いのOS（Windows 64-bitなど）に対応するバージョンを選択し、クリックしてダウンロードを開始する（補足: Webサイトのデザインや文言は変更される可能性があるため、適宜読み替えること）。
Mac 版、Linux 版を選ぶこともできる。
「Downloads」のところで、オペレーティングシステムの種類を選択する。
クリックすると、ダウンロードが始まる。
3. ダウンロードファイルの展開
ダウンロードした .zip ファイルを、任意のフォルダに展開（解凍）する。Windows標準の展開機能や、必要に応じて7-Zipなどのアーカイバソフトを使用する（補足: リンク先が不明なため、一般的な説明に修正した。可能であれば7-Zipの説明ページへの有効なリンクを追記すること）。

Windows での展開（解凍）に便利な 7-Zip: 別ページ »で説明
4. Fijiの起動
展開したフォルダ内にある `ImageJ-win64.exe`（ファイル名はバージョン等により異なる場合がある）をダブルクリックして起動する。Fijiは一般的なインストーラー形式ではなく、展開したフォルダから直接実行するタイプのソフトウェアである。
5. 起動確認
Fiji の画面が表示されることを確認する。

Linux でのインストールと起動

Linuxの場合、まずダウンロードしたファイルを展開する。その後、ターミナルを開き、Fijiを展開したディレクトリ（例: `Fiji.app`）に移動（`cd`）して、以下のコマンドで起動する（注意: 起動スクリプト名は `ImageJ-linux64` 等、バージョンや配布元によって異なる場合がある。展開後のファイルを確認すること。また、`/path/to/` はFijiを展開した実際のパスに置き換えること）。

# Fijiを展開したディレクトリへ移動 (例)
cd /path/to/Fiji.app

# 実行権限がない場合は付与 (初回のみ、ファイル名は要確認)
# chmod +x ./ImageJ-linux64

# Fijiの起動 (64bit版の場合、ファイル名は要確認)
./ImageJ-linux64

# (32bit版の場合の例: ./ImageJ-linux32)

Fiji のメモリ割り当て量の調整（「Out of memory」エラー対策）

Fijiで大きな画像データなどを扱う際に、「メモリが足りない（Out of memory）」というエラーが表示されることがある。これは、Fijiが利用できるメモリ（ヒープサイズ）の上限に達したことを示す。このメモリ割り当て量は調整可能である。

調整手順は、「Edit」→「Options」→「Memory & Threads ...」とメニューを操作する。

単位はメガバイト（MB）である。値を大きくしすぎると、PC全体の動作が不安定になる場合があるので注意が必要である。

設定を変更したら「OK」をクリックし、Fijiを再起動する。これにより、メモリ不足エラーが解消されることがある。