このページでは,プログラミング処理系と開発環境(プログラムの自作、オープンソフトウェアの活用)、 データベース処理、 メディア処理、 その他のアプリケーション(インターネット、ファイル操作など)、 NVIDIA ドライバや NVIDIA CUDA や NVIDIA cuDNN, ディープライニング応用のための各種ソフトウェアのインストール及び設定手順をまとめている。
Windows については別ページ »で説明している.
【目次】
注意事項
Ubuntu 22.04 のインストール: 別ページ »で説明している.
UbuntuUbuntu で OS のシステム更新を行うときは, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -yV upgrade sudo /sbin/shutdown -r now
Ubuntu 22.04 のインストール直後の設定: 別ページ »で説明している.
YouTube 動画へのリンク: https://www.youtube.com/watch?v=UY4yFbisfyo
今度の作業用に,使い慣れたエディタをインストールする. emacs をインストールする場合は,次のコマンド.
sudo apt -y update sudo apt -y install emacs emacs-mozc fcitx-libs-dev
Ubuntu での OpenSSHサーバーの運用を予定している場合には, OpenSSH サーバーのインストールと設定を行う.
手順は: 別ページ »で説明している.
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install build-essential gcc g++ make libtool texinfo dpkg-dev pkg-config
C/C++ コンパイラーの動作確認
次のコマンドを実行. ファイル名は /tmp/hello.c としている.
cd /tmp gedit hello.c
#include<stdio.h> int main() { printf("Hello,World!\n"); printf("sizeof(size_t)=%ld\n", sizeof(size_t)); return 0; }
結果として,「Hello,World!」「sizeof(size_t)=8」と表示されればOK.
cd /tmp gcc hello.c ./a.out
実行結果例
GPU は,グラフィックス・プロセッシング・ユニット(Graphics Processing Unit)の略である.現在は,3次元のビデオゲーム,さまざまな計算,ディープラーニングの高速な並列処理などに用いられている.
NVIDIA ドライバは,NVIDIA 社製の GPU を動作させるのに必要なドライバである.次の NVIDIA の公式サイトからダウンロードできる.ダウンロードのときは,使用しているオペレーティングシステムとGPUに適したものを選ぶこと.
【関連する外部ページ】
NVIDIA ドライバのダウンロードの公式ページ: https://www.nvidia.co.jp/Download/index.aspx?lang=jp
【インストール手順の詳細説明】
NVIDIA CUDA ツールキット は,NVIDIA社が提供する GPU 用のツールキットである.GPU を用いた演算のプログラム作成や動作のための各種機能を備えている.ディープラーニングでも利用されている.
【サイト内の関連ページ】
【関連する外部ページ】
NVIDIA cuDNN は, NVIDIA CUDA ツールキット上で動作するディープラーニング・ライブラリである. 畳み込みニューラルネットワークや リカレントニューラルネットワークなど,さまざまなディープラーニングで利用されている.
Windows で,NVIDIA cuDNN の利用時に 「Could not locate zlibwapi.dll. Please make sure it is in your library path!」と表示されるときは, ZLIB DLL をインストールすること.
【関連する外部ページ】
【NVIDIA cuDNN の動作に必要なもの】
最新のNVIDIA CUDA ツールキットでは動かないということもあるので注意.
NVIDIA Developer Program の公式ページ: https://developer.nvidia.com/developer-program
そのことについて,より詳しい説明は: 別ページ »で説明している.
NVIDIA CUDA ツールキットのアーカイブの公式ページ: https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive
NVIDIA cuDNN のページ: https://developer.nvidia.com/cudnn
必ず,使用する NVIDIA CUDA ツールキットにあう NVIDIA cuDNN を使うこと.
NVIDIA グラフィックス・カードがある場合に限り, あとで,NVIDIA CUDA ツールキット,NVIDIA cuDNN のインストールを行う.
CUDA 対応の GPU であるかを確認のため, 次のコマンドを実行.
(表示が空になるときは,NVIDIAのグラフィックス・カードが無い可能性がある).
lspci | grep -i nvidia | grep VGA
次のコマンドを実行.
echo 'blacklist nouveau' | sudo tee -a /etc/modprobe.d/blacklist-nouveau.conf echo 'options nouveau modeset=0' | sudo tee -a /etc/modprobe.d/blacklist-nouveau.conf cat /etc/modprobe.d/blacklist-nouveau.conf sudo update-initramfs -u
NVIDIA ドライバのインストール,NVIDIA CUDA ツールキットがインストールされていた場合には,アンイントールする. 次のコマンドを実行.
dpkg -l | grep cuda cd /tmp sudo apt --purge remove -y nvidia-* sudo apt --purge remove -y cuda-* sudo apt autoremove -y
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install linux-headers-$(uname -r)
「sudo ubuntu-drivers autoinstall」を用いて NVIDIA ドライバをインストールする.
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y upgrade sudo apt dist-upgrade ubuntu-drivers devices sudo ubuntu-drivers autoinstall sudo update-initramfs -u
グラフィックスドライバが入れ変わったので,Ubuntu システムを再起動する.
次のコマンドを実行.
sudo /sbin/shutdown -r now
システムの再起動後,端末で,次のコマンドを実行し,ドライバ等を確認する
先頭の「Driver Version」のところに,ドライバのバージョンが表示される.
nvidia-smi
Ubuntu で NVIDIA ドライバ,NVIDIA CUDA ツールキット 11.8 のインストールを行う.
NVIDIA CUDA ツールキット は,NVIDIA社が提供する GPU 用のツールキットである.GPU を用いた演算のプログラム作成や動作のための各種機能を備えている.ディープラーニングでも利用されている. NVIDIA 社のグラフィックス・カードが持つ GPU の機能を使うとき,NVIDIA CUDA ツールキット を利用することができる.
【関連する外部ページ】
次のコマンドを実行.
uname -m lsb_release -sc cat /etc/*release
Ubuntu のバージョンが表示されるので確認する.
Ubuntu のバージョンは,VERSION_ID の行などで確認できる.
NVIDIA CUDA パッケージレポジトリの URL: https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/
※ Linux の種類やバージョンごとに,ファイル名が違うので確認する.NVIDIA CUDA パッケージレポジトリでは, Ubuntu 以外の Linux についてのファイルも公開されている : https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/
Ubuntu 22.04 の場合
https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/ で確認.
「
複数あるときは,新しい方を確認.
「cuda-ubuntu...
使用したいバージョンのものを確認.
Ubuntu 20.04 の場合
https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/ で確認.
「
複数あるときは,新しい方を確認.
「cuda-ubuntu...
Ubuntu 18.04 の場合
https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/ で確認.
Ubuntu 18.04 の場合は cuda-repo パッケージをインストールする.
スクロールして「cuda-repo・・・」を探す
このとき,いま,確認したファイル名を指定すること.
端末で,次のように操作する.
Ubuntu 22.04 の場合
次の操作により,NVIDIA CUDA のパッケージレポジトリが Ubuntu システムに追加される.
Ubuntu 20.04 の場合
次の操作により,NVIDIA CUDA のパッケージレポジトリが Ubuntu システムに追加される.
Ubuntu 18.04 の場合
NVIDIA CUDA パッケージレポジトリを,Ubuntu システムに追加
(いま確認したファイル名のファイルを追加).
Ubuntu 22.04, Ubuntu 20.04 の場合
次の操作により,NVIDIA ドライバ,NVIDIA CUDA ツールキット 11.8 がインストールされる.
次のコマンドを実行.
Ubuntu 22.04, Ubuntu 20.04 の場合
次のコマンドを実行.
次のコマンドを実行.
sudo wget -O /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600 https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/cuda-ubuntu2204.pin
sudo apt-key adv --fetch-keys https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/3bf863cc.pub
sudo add-apt-repository "deb https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/ /"
sudo wget -O /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600 https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/cuda-ubuntu2004.pin
sudo apt-key adv --fetch-keys https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/7fa2af80.pub
sudo add-apt-repository "deb https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/ /"
cd /tmp
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/cuda-repo-ubuntu1804_10.1.243-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu1804_10.1.243-1_amd64.deb
sudo apt-key adv --fetch-keys https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/7fa2af80.pub
sudo apt -y update
apt-cache search cuda-11
sudo apt -y update
sudo apt -y install cuda-11-8
sudo update-initramfs -u
sudo /sbin/shutdown -r now
export CUDA_PATH=/usr/local/cuda-11.8
echo 'export CUDA_PATH=/usr/local/cuda-11.8' >> ${HOME}/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.8/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}
echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.8/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}' >> ${HOME}/.bashrc
export PATH=/usr/local/cuda-11.8/bin:${PATH}
echo 'export PATH=/usr/local/cuda-11.8/bin:${PATH}' >> ${HOME}/.bashrc
cat /usr/local/cuda-11.5/version.json
apt-cache search cudnn
sudo apt -y update sudo apt -y install libcudnn8 libcudnn8-dev
dpkg -l | grep cudnn
NVIDIA 機械学習パッケージレポジトリからダウンロードして,インストールするという手順を説明する.
NVIDIA 機械学習パッケージレポジトリの URL: https://developer.download.nvidia.com/compute/machine-learning/repos/
NVIDIA 機械学習パッケージレポジトリの URL: https://developer.download.nvidia.com/compute/machine-learning/repos/
Ubuntu 18.04 の場合は,https://developer.download.nvidia.com/compute/machine-learning/repos/ubuntu1804/x86_64/ で確認.
スクロールして「nvidia-machine-learning-repo ・・・」を探す
端末で,次のように操作する. このとき,確認したファイル名を指定すること.
cd /tmp wget https://developer.download.nvidia.com/compute/machine-learning/repos/ubuntu1804/x86_64/nvidia-machine-learning-repo-ubuntu1804_1.0.0-1_amd64.deb sudo dpkg -i nvidia-machine-learning-repo-ubuntu1804_1.0.0-1_amd64.deb sudo apt-key adv --fetch-keys https://developer.download.nvidia.com/compute/machine-learning/repos/ubuntu1804/x86_64/7fa2af80.pub sudo apt -y update
apt-cache search cudnn
sudo apt -y update sudo apt -y install libcudnn8 libcudnn8-dev
dpkg -l | grep cuda
nvccの動作確認のため, https://devblogs.nvidia.com/easy-introduction-cuda-c-and-c/に記載のソースコードを使用.
gedit hello.cu
ファイル hello.cu ができる.
「nvcc hello.cu」で a.out というファイルができる. 「Max error: 0.000000」と表示されればOK.
del a.exe nvcc hello.cu
./a.out
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install git cmake cmake-curses-gui cmake-gui curl wget p7zip-full
Python のインストールは行わない(Ubuntu のシステム Python を用いる.)
Python, pip, Python 開発環境,Python コンソールのコマンドでの起動のまとめ.
Ubuntu のシステム Python を用いるとき, python, pip, Jupyter Qt Console, Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Jupyter Lab, Nteract, Spyder は,次のコマンドで起動できる.
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install python-is-python3 python3-dev python-dev-is-python3 python3-pip python3-setuptools python3-venv build-essential
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install python-is-python3 python3-dev python-dev-is-python3 python3-pip python3-setuptools python3-venv build-essential sudo pip3 uninstall ptyprocess sniffio terminado tornado jupyterlab jupyter jupyter-console jupytext nteract_on_jupyter spyder sudo apt -y install jupyter jupyter-qtconsole spyder3 sudo apt -y install python3-ptyprocess python3-sniffio python3-terminado python3-tornado sudo pip3 install -U jupyterlab jupyter jupyter-console jupytext nteract_on_jupyter
python3 --version
まず,numpy, matplotlib のインストールのため, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install python3-numpy python3-matplotlib
次のコマンドを実行. Jupyter Qt Console が開けば OK.
jupyter qtconsole
import numpy as np %matplotlib inline import matplotlib.pyplot as plt import warnings warnings.filterwarnings('ignore') # Suppress Matplotlib warnings x = np.linspace(0, 6, 100) plt.style.use('default') plt.plot(x, np.sin(x))
次のコマンドを実行. ntetact が開けば OK.
jupyter nteract
そのために「Start a new notebook」の下の「Python」をクリック,次のプログラムを入れ実行.
import numpy as np %matplotlib inline import matplotlib.pyplot as plt import warnings warnings.filterwarnings('ignore') # Suppress Matplotlib warnings x = np.linspace(0, 6, 100) plt.style.use('default') plt.plot(x, np.sin(x))
jupyter notebook --generate-config
"jupytext": {"formats": "ipynb,py"}
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install python3-numpy python3-sklearn
numpy の動作確認のためPython プログラムの実行
Ubuntu では, Python プログラムを動かすために, 「python3」コマンドを使う.
Python プログラムを動かすために, python3のコマンドを使う. Python 開発環境(Jupyter Qt Console, Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Jupyter Lab, Nteract, Spyder, PyCharm, PyScripterなど)も便利である. Python 開発環境の説明: 別ページ »にまとめ
python3 import numpy as np print(np.sin(0)) exit()
Python プログラムの実行
Ubuntu では, Python プログラムを動かすために, 「python3」コマンドを使う.
Python プログラムを動かすために, python3のコマンドを使う. Python 開発環境(Jupyter Qt Console, Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Jupyter Lab, Nteract, Spyder, PyCharm, PyScripterなど)も便利である. Python 開発環境の説明: 別ページ »にまとめ
import time import numpy import numpy.linalg import sklearn.decomposition import sklearn.cluster X = numpy.random.rand(2000, 2000) Y = numpy.random.rand(2000, 2000) # 行列の積 a = time.time(); Z = numpy.dot(X, Y); print(time.time() - a) # 主成分分析 pca = sklearn.decomposition.PCA(n_components = 2) a = time.time(); pca.fit(X); X_pca = pca.transform(X); print(time.time() - a) # SVD a = time.time(); U, S, V = numpy.linalg.svd(X); print(time.time() - a) # k-means a = time.time(); kmeans_model = sklearn.cluster.KMeans(n_clusters=10, random_state=10).fit(X) labels = kmeans_model.labels_ print(time.time() - a)
実行結果の例
設定の要点
環境変数 TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH の設定: true
トラブルの可能性を減らすために,次の操作でアンインストールを行っておく.
sudo apt -y remove python3-keras sudo pip3 uninstall -y tensorflow tensorflow-cpu tensorflow-gpu tensorflow-intel tensorflow-text tensorflow-estimator tf-models-official tf_slim tensorflow_datasets tensorflow-hub keras keras-tuner keras-visualizer
次のコマンドを実行.
sudo pip3 uninstall -y six wheel astunparse tensorflow-estimator numpy keras-preprocessing absl-py wrapt gast flatbuffers grpcio opt-einsum protobuf termcolor typing-extensions google-pasta h5py tensorboard-plugin-wit markdown werkzeug requests-oauthlib rsa cachetools google-auth google-auth-oauthlib tensorboard tensorflow sudo apt -y install python3-six python3-wheel python3-numpy python3-grpcio python3-protobuf python3-termcolor python3-typing-extensions python3-h5py python3-markdown python3-werkzeug python3-requests-oauthlib python3-rsa python3-cachetools python3-google-auth
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install python3-numpy python3-pil python3-pydot python3-matplotlib sudo apt -y install libopencv-dev libopencv-core-dev python3-opencv libopencv-contrib-dev opencv-data sudo pip3 install -U tensorflow tf-models-official tf_slim tensorflow_datasets tensorflow-hub keras keras-tuner keras-visualizer sudo pip3 install git+https://github.com/tensorflow/docs sudo pip3 install git+https://github.com/tensorflow/examples.git sudo pip3 install git+https://www.github.com/keras-team/keras-contrib.git
バージョン番号が表示されれば OK.下の図とは違うバージョンが表示されることがある.
python3 -c "import tensorflow as tf; print( tf.__version__ )"
次のコマンドを実行.
python3 -c "from tensorflow.python.client import device_lib; print(device_lib.list_local_devices())"
実行結果の中に,次のように「device_type: "GPU"」があれば,GPUが認識できている.エラーメッセージが出ていないことを確認しておくこと.
環境変数の名前 TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH 値 true
次のコマンドを実行.
export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true echo 'export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true' >> ${HOME}/.bashrc
sudo apt -y update sudo apt -y install python3-h5py python3-pillow
10.png のようなファイル名で保存しておく
cd <画像を置いたディレクトリ> python3
次のプログラムをコピー&ペースト
Kerasのサイトで公開されているものを少し書き換えて使用。
「'10.png'」のところは,実際に使用する画像ファイル名に書き換えること.
Python プログラムの実行
Ubuntu では, Python プログラムを動かすために, 「python3」コマンドを使う.
Python プログラムを動かすために, python3のコマンドを使う. Python 開発環境(Jupyter Qt Console, Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Jupyter Lab, Nteract, Spyder, PyCharm, PyScripterなど)も便利である. Python 開発環境の説明: 別ページ »にまとめ
import h5py from tensorflow.keras.preprocessing import image from tensorflow.keras.applications.vgg16 import VGG16 from tensorflow.keras.applications.vgg16 import preprocess_input import numpy as np m = VGG16(weights='imagenet', include_top=False) img_path = '10.png' img = image.load_img(img_path, target_size=(299, 299)) x = image.img_to_array(img) x = np.expand_dims(x, axis=0) x = preprocess_input(x) features = m.predict(x) print(features)
python3 の終了は「exit()」
次のプログラムをコピー&ペースト
Kerasのサイトで公開されているものを少し書き換えて使用。
「'10.png'」のところは,実際に使用する画像ファイル名に書き換えること.
Python プログラムの実行
Ubuntu では, Python プログラムを動かすために, 「python3」コマンドを使う.
Python プログラムを動かすために, python3のコマンドを使う. Python 開発環境(Jupyter Qt Console, Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Jupyter Lab, Nteract, Spyder, PyCharm, PyScripterなど)も便利である. Python 開発環境の説明: 別ページ »にまとめ
import h5py from tensorflow.keras.preprocessing import image from tensorflow.keras.applications.inception_v3 import preprocess_input, decode_predictions, InceptionV3 import numpy as np m = InceptionV3(weights='imagenet') img_path = '10.png' img = image.load_img(img_path, target_size=(299, 299)) x = image.img_to_array(img) x = np.expand_dims(x, axis=0) x = preprocess_input(x) preds = m.predict(x) print('Predicted:') for p in decode_predictions(preds, top=5)[0]: print("Score {}, Label {}".format(p[2], p[1]))
python3 の終了は「exit()」
Web ブラウザで最新情報を確認ののち,所定のコマンドによりインストールを行う.
PyTorch の URL: https://pytorch.org/
Linux, pip, Python,NVIDIA CUDA ツールキット 11.6 での実行例
但し,Ubuntu の場合は,「pip」を「sudo pip3」に変えて実行.
sudo pip3 install -U torch torchvision torchaudio --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu117
次のコマンドを実行.
バージョン番号が表示されれば OK.下の図とは違うバージョンが表示されることがある.
python3 -c "import torch; print( torch.__version__ )"
https://pytorch.org/get-started/locally/ に記載のサンプルプログラムを実行してみる
Python プログラムの実行
Ubuntu では, Python プログラムを動かすために, 「python3」コマンドを使う.
Python プログラムを動かすために, python3のコマンドを使う. Python 開発環境(Jupyter Qt Console, Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Jupyter Lab, Nteract, Spyder, PyCharm, PyScripterなど)も便利である. Python 開発環境の説明: 別ページ »にまとめ
from __future__ import print_function import torch x = torch.rand(5, 3) print(x) exit()
Python プログラムを実行する
import torch torch.cuda.is_available() exit()
次のコマンドを実行.
終了までしばらく待つ.
cd /tmp rm -rf chainer git clone https://github.com/chainer/chainer.git cd /tmp/chainer sudo CUDA_PATH="/usr/local/cuda" CFLAGS="-I/usr/local/cuda/include" LDFLAGS="-L/usr/local/cuda/lib64" pip3 -v install .
その他,Python パッケージは,必要なものをインストール.次に手順を例示している. 利用者で判断すること.
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install python-is-python3 python3-dev python-dev-is-python3 python3-pip python3-setuptools python3-venv build-essential sudo apt -y install libgeographic-dev gdal-bin gdal-data libgdal-dev sudo apt -y install python3-numpy python3-scipy python3-h5py python3-sklearn python3-skimage python3-seaborn python3-pandas python3-pil cython3 python3-pytest python3-yaml cython3 python3-statsmodels python3-plotly python3-sympy python3-csvkit python3-docopt python3-pyproj python3-flake8 python3-protobuf python3-bs4 python3-html5lib python3-rope python3-wrapt python3-cffi python3-wheel python3-six python3-sphinx python3-bottleneck python3-pygments python3-numexpr python3-xlrd python3-xlwt python3-lxml python3-graphviz python3-pydot python3-flask python3-django python3-redis python3-pylint-common python3-bz2file python3-opengl python3-msgpack python3-mecab python3-matplotlib-venn python3-pygame python3-bottle python3-rtree python3-shapely python3-fiona python3-gdal python3-geopandas python3-geopy python3-geographiclib python3-requests sudo pip3 install -U pandasql pyyaml bokeh pymc3 mkl mkl-include holoviews pandas-bokeh ggplot prettyplotlib pybrain3 firebase-admin googletrans google-cloud-vision gpyocr azure-cognitiveservices-vision-computervision gensim gloo scikit-video scikits.datasmooth scikits.example scikits.fitting scikits.optimization scikits.vectorplot zodb gdata pyr2 pycaret
次のコマンドを実行.
sudo pip3 install git+https://github.com/jrosebr1/imutils.git python3 -c "import imutils; print(imutils.__version__)" sudo pip3 install git+https://github.com/DinoTools/python-overpy.git python3 -c "import overpy; print(overpy.__version__)" sudo pip3 install git+https://github.com/ianare/exif-py.git python3 -c "import exifread; print(exifread.__version__)" sudo pip3 install git+https://github.com/mapado/haversine.git sudo pip3 install git+https://github.com/Turbo87/utm.git
sudo apt -y update sudo apt -y install python3-pyproj python3-rtree python3-shapely python3-fiona gdal-bin gdal-data python3-gdal python3-geopandas libgdal-dev # cd /usr/local # sudo rm -rf geopandas # sudo git clone https://github.com/geopandas/geopandas # cd geopandas # sudo python3 setup.py build # sudo python3 setup.py install # folium sudo pip3 install -q git+https://github.com/python-visualization/folium.git
ここでの手順では,次のように設定する. Python の仮想環境の名前は変えて良い.使用するPythonのバージョンは,より新しいバージョンがあれば,そちらの利用を検討すること
pyenv は Python のインストールが簡単にできる機能などを持つソフトウェア.
rm -rf ~/.pyenv
cd /tmp git clone https://github.com/pyenv/pyenv.git ~/.pyenv cd ~/.pyenv git pull src/configure make -C src
echo 'export PYENV_ROOT="${HOME}/.pyenv"' >> ~/.profile echo 'if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then' >> ~/.profile echo ' export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH' >> ~/.profile echo ' eval "$(pyenv init --path)"' >> ~/.profile echo 'fi' >> ~/.profile echo -e 'if command -v pyenv 1>/dev/null 2>&1; then\n eval "$(pyenv init -)"\nfi' >> ~/.profile exec $SHELL -l source ~/.profile
sudo apt -y update sudo apt -y install --no-install-recommends make build-essential libssl-dev zlib1g-dev libbz2-dev libreadline-dev libsqlite3-dev wget curl llvm libncurses5-dev xz-utils tk-dev libxml2-dev libxmlsec1-dev libffi-dev liblzma-dev
pyenv rehash pyenv install -l
pyenv install -l | grep 3.10
pyenv install 3.10.5
pyenv shell 3.10.5 python -m pip install -U pip setuptools
Python の切り替えは次のようなコマンドで行う.
デフォルトで pyenv 配下の Python 3.10.5 を使いたいときは, 次のように設定する
echo 'pyenv shell 3.10.5' >> ~/.bashrc exec $SHELL -l
下の例では,Python の仮想環境のためのディレクトリを ~/py310に作成している.
pyenv shell 3.10.5 python -m pip install -U pip setuptools rm -rf ~/py310 python -m venv ~/py310
この操作が終わったら,「exit」で端末を閉じる(続きの作業での混乱を防ぐため)
source ~/py310/bin/activate python -m pip install -U pip setuptools exit
Python, pip, Python 開発環境,Python コンソールのコマンドでの起動のまとめ.
Ubuntu のシステム Python を用いるとき, python, pip, Jupyter Qt Console, Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Jupyter Lab, Nteract, Spyder は,次のコマンドで起動できる.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
source ~/py310/bin/activate python -m pip install -U jupyterlab jupyter jupyter-console jupytext nteract_on_jupyter spyder
まず,numpy, matplotlib のインストールのため, 次のコマンドを実行.
python -m pip install -U numpy matplotlib
次のコマンドを実行. Jupyter Qt Console が開けば OK.
jupyter qtconsole
import numpy as np %matplotlib inline import matplotlib.pyplot as plt import warnings warnings.filterwarnings('ignore') # Suppress Matplotlib warnings x = np.linspace(0, 6, 100) plt.style.use('default') plt.plot(x, np.sin(x))
次のコマンドを実行. ntetact が開けば OK.
jupyter nteract
そのために「Start a new notebook」の下の「Python」をクリック,次のプログラムを入れ実行.
import numpy as np %matplotlib inline import matplotlib.pyplot as plt import warnings warnings.filterwarnings('ignore') # Suppress Matplotlib warnings x = np.linspace(0, 6, 100) plt.style.use('default') plt.plot(x, np.sin(x))
インストールするには, 次のコマンドを実行.
source ~/py310/bin/activate python -m pip install -U numpy
numpy の動作確認
python import numpy as np print(np.sin(0)) exit()
設定の要点
環境変数 TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH の設定: true
インストールするには, 次のコマンドを実行.
source ~/py310/bin/activate python -m pip uninstall -y tensorflow tensorflow-cpu tensorflow-gpu tensorflow-intel tensorflow-text tensorflow-estimator tf-models-official tf_slim tensorflow_datasets tensorflow-hub keras keras-tuner keras-visualizer python -m pip install -U pip setuptools sudo apt -y install libopencv-dev libopencv-core-dev python3-opencv python -m pip install -U tensorflow==2.10.1 tf_slim tensorflow_datasets tensorflow-hub keras keras-tuner keras-visualizer numpy pillow pydot matplotlib seaborn pandas scipy scikit-learn scikit-learn-intelex opencv-python opencv-contrib-python python -m pip install git+https://github.com/tensorflow/docs python -m pip install git+https://github.com/tensorflow/examples.git python -m pip install git+https://www.github.com/keras-team/keras-contrib.git
次のコマンドを実行.
python -c "from tensorflow.python.client import device_lib; print(device_lib.list_local_devices())"
実行結果の中に,次のように「device_type: "GPU"」があれば,GPUが認識できている.エラーメッセージが出ていないことを確認しておくこと.
環境変数の名前 TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH 値 true
次のコマンドを実行.
export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true echo 'export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true' >> ${HOME}/.bashrc
python -m pip install -U h5py pillow
10.png のようなファイル名で保存しておく
cd <画像を置いたディレクトリ> python
次のプログラムをコピー&ペースト
Kerasのサイトで公開されているものを少し書き換えて使用。
「'10.png'」のところは,実際に使用する画像ファイル名に書き換えること.
import h5py from tensorflow.keras.preprocessing import image from tensorflow.keras.applications.vgg16 import VGG16 from tensorflow.keras.applications.vgg16 import preprocess_input import numpy as np m = VGG16(weights='imagenet', include_top=False) img_path = '10.png' img = image.load_img(img_path, target_size=(299, 299)) x = image.img_to_array(img) x = np.expand_dims(x, axis=0) x = preprocess_input(x) features = m.predict(x) print(features)
python の終了は「exit()」
次のプログラムをコピー&ペースト
Kerasのサイトで公開されているものを少し書き換えて使用。
「'10.png'」のところは,実際に使用する画像ファイル名に書き換えること.
import h5py from tensorflow.keras.preprocessing import image from tensorflow.keras.applications.inception_v3 import preprocess_input, decode_predictions, InceptionV3 import numpy as np m = InceptionV3(weights='imagenet') img_path = '10.png' img = image.load_img(img_path, target_size=(299, 299)) x = image.img_to_array(img) x = np.expand_dims(x, axis=0) x = preprocess_input(x) preds = m.predict(x) print('Predicted:') for p in decode_predictions(preds, top=5)[0]: print("Score {}, Label {}".format(p[2], p[1]))
python の終了は「exit()」
その他,Python パッケージは,必要なものをインストール.次に手順を例示している. 利用者で判断すること.
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install libmecab-dev source ~/py310/bin/activate python -m pip install -U pip setuptools sudo apt -y install libgeographic-dev gdal-bin gdal-data libgdal-dev python -m pip install -U numpy scipy h5py scikit-learn scikit-learn-intelex scikit-image seaborn pandas pillow pytest cython bokeh statsmodels plotly sympy csvkit docopt pyproj flake8 protobuf bs4 html5lib rope wrapt cffi wheel six sphinx bottleneck pygments numexpr xlrd xlsxwriter lxml graphviz pydot flask django redis pylint bz2file PyOpenGL PyOpenGL-accelerate msgpack mecab ggplot matplotlib-venn pyglet pygame cocos2d bottle rtree shapely fiona geopandas geopy geographiclib requests \ pandasql pyyaml bokeh pymc3 mkl mkl-include holoviews pandas-bokeh ggplot prettyplotlib pybrain3 firebase-admin googletrans google-cloud-vision gpyocr azure-cognitiveservices-vision-computervision gensim gloo scikit-video scikits.datasmooth scikits.example scikits.fitting scikits.optimization scikits.vectorplot zodb gdata pyr2 pycaret python -m pip install -U gdal
次のコマンドを実行.
python -m pip install git+https://github.com/jrosebr1/imutils.git python -c "import imutils; print(imutils.__version__)" python -m pip install git+https://github.com/DinoTools/python-overpy.git python -c "import overpy; print(overpy.__version__)" python -m pip install git+https://github.com/ianare/exif-py.git python -c "import exifread; print(exifread.__version__)" python -m pip install git+https://github.com/mapado/haversine.git python -m pip install git+https://github.com/Turbo87/utm.git
python -m pip install pyproj rtree shapely fiona geopandas python -m pip install gdal python -m pip install -q git+https://github.com/python-visualization/folium.git
操作が終わったら,「exit」で端末を閉じる(続きの作業での混乱を防ぐため)
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install libopenblas-dev liblapack-dev
cd /tmp wget -O - https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS-2019.PUB | sudo apt-key add - sudo wget https://apt.repos.intel.com/setup/intelproducts.list -O /etc/apt/sources.list.d/intelproducts.list sudo apt -y update sudo apt install intel-mkl-64bit intel-ipp-64bit intel-tbb intel-daal-64bit intel-mpi
sudo apt -y update sudo apt -y install intel-mkl-64bit-2020.4-912 intel-ipp-64bit-2020.3-912 intel-tbb-2020.2-102 intel-daal-64bit-2020.3-912 intel-mpi-2019.9-912
次のコマンドを実行.
終了までしばらく待つ.
cd /tmp rm -rf cupy git clone https://github.com/cupy/cupy.git cd cupy git submodule update --init sudo CUDA_PATH="/usr/local/cuda" CFLAGS="-I/usr/local/cuda/include" LDFLAGS="-L/usr/local/cuda/lib64" pip3 -v install .
前準備として, OpenBLAS, LAPACK のインストールが終わっていること.
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install libdlib-data libdlib-dev sudo apt -y install libdlib19 sudo apt -y install liblapack-dev libblas-dev
Dlib の確認のため,次の顔検出 (face detection) のプログラムを動かしてみる.
#include<dlib/image_processing/frontal_face_detector.h> #include<dlib/image_io.h> #include<iostream> using namespace dlib; using namespace std; int main(int argc, char** argv) { frontal_face_detector detector = get_frontal_face_detector(); array2d<unsigned char> img; load_image(img, argv[1]); pyramid_up(img); std::vector<rectangle> dets = detector(img); std::vector<rectangle>::iterator it; for( it = dets.begin(); it != dets.end(); it++ ) cout << *it << endl; }
このプログラムを a.cpp のようなファイル名で保存する.次のコマンドでビルドする.
g++ -o a.out a.cpp -ldlib -llapack -lblas
次のように、画像ファイル名を指定して実行する
実行の結果,顔検出 (face detection) ができていることを確認.
./a.out /usr/share/doc/libdlib19/examples/faces/2007_007763.jpg
Dlib のソースコードをダウンロードしてインストールする. このとき,Dlib の python_examples, tools のファイルを /usr/share/doc/libdlib19 以下にコピーすることも行う.
次のコマンドを実行.
「/usr/local/cuda」のところは,NVIDIA CUDA ツールキット をインストールしたディレクトリに読み替えること.
次のコマンドを実行.
cd /tmp sudo rm -rf dlib sudo git clone https://github.com/davisking/dlib sudo chown -R $USER dlib # cd /tmp/dlib CUDA_PATH="/usr/local/cuda" CFLAGS="-I/usr/local/cuda/include" LDFLAGS="-L/usr/local/cuda/lib64" \ sudo python3 setup.py build CUDA_PATH="/usr/local/cuda" CFLAGS="-I/usr/local/cuda/include" LDFLAGS="-L/usr/local/cuda/lib64" \ sudo python3 setup.py install cd /tmp/dlib sudo rm -f /tmp/dlib.tar sudo tar -cpf /tmp/dlib.tar ./python_examples ./tools cd /usr/share/doc/libdlib19 sudo tar -xpf /tmp/dlib.tar
次のコマンドを実行.
エラーメッセージが出ないこと
python3 -c "import dlib;print(dlib.__version__)"
次のコマンドを実行.することにより, 顔識別などに利用できるファイルの ダウンロードと展開(解凍)が行われる.
次のコマンドを実行.
cd /usr/share/dlib sudo curl -O http://dlib.net/files/mmod_human_face_detector.dat.bz2 sudo curl -O http://dlib.net/files/dlib_face_recognition_resnet_model_v1.dat.bz2 sudo curl -O http://dlib.net/files/shape_predictor_5_face_landmarks.dat.bz2 sudo curl -O http://dlib.net/files/shape_predictor_68_face_landmarks.dat.bz2 sudo bzip2 -d mmod_human_face_detector.dat.bz2 sudo bzip2 -d dlib_face_recognition_resnet_model_v1.dat.bz2 sudo bzip2 -d shape_predictor_5_face_landmarks.dat.bz2 sudo bzip2 -d shape_predictor_68_face_landmarks.dat.bz2
次のコマンドを実行.
「/usr/local/cuda」のところは,NVIDIA CUDA ツールキット をインストールしたディレクトリに読み替えること.
sudo rm -rf /tmp/dlib.tar /tmp/tools cd /usr/share/doc/libdlib19 tar -cpf /tmp/dlib.tar ./tools cd /tmp tar -xpf /tmp/dlib.tar sudo chown -R $USER tools # cd /tmp cd tools/htmlify sudo rm -rf build mkdir build cd build cmake .. cmake --build . --config RELEASE sudo make install cd /tmp cd tools/imglab sudo rm -rf build mkdir build cd build cmake .. cmake --build . --config RELEASE sudo make install cd /tmp cd examples sudo rm -rf build mkdir build cd build cmake .. cmake --build . --config RELEASE
【face_recognition のインストール操作 】
cd /usr/local sudo rm -rf face_recognition sudo apt -y install python3-click python3-numpy python3-pillow python3-scipy sudo git clone https://github.com/ageitgey/face_recognition cd face_recognition sudo python3 setup.py build sudo python3 setup.py install
インストールするには, 次のコマンドを実行.
cd /usr/local sudo rm -rf head-pose-estimation sudo git clone https://github.com/lincolnhard/head-pose-estimation cd head-pose-estimation sudo curl -O http://dlib.net/files/shape_predictor_68_face_landmarks.dat.bz2 sudo bzip2 -d shape_predictor_68_face_landmarks.dat.bz2
cd /usr/local sudo rm -rf PupilTracker sudo git clone https://github.com/TobiasRoeddiger/PupilTracker
次のコマンドを実行.
■ GPU 版をインストールしたい場合
「/usr/local/cuda」のところは,NVIDIA CUDA ツールキット をインストールしたディレクトリに読み替えること.
Intel MKL を使わないときは「-DUSE_MKL=ON」を「-DUSE_MKL=OFF」に変えること.
「/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/include/mkl」のところは,Intel MKL の mkl.h があるディレクトリに読み替えること.
sudo apt -y update sudo apt -y install libopencv-dev libhdf5-dev libboost-dev libboost-filesystem-dev libboost-system-dev libboost-thread-dev libboost-regex-dev libatlas-base-dev libprotobuf-dev protobuf-compiler protobuf-c-compiler libgoogle-glog-dev libleveldb-dev liblmdb-dev sudo rm -rf /usr/local/openpose sudo mkdir /usr/local/openpose sudo chmod 755 /usr/local/openpose sudo chown -R ${USER} /usr/local/openpose cd /usr/local sudo git clone --recursive https://github.com/CMU-Perceptual-Computing-Lab/openpose sudo chown -R ${USER} /usr/local/openpose cd /usr/local/openpose sudo rm -f CMakeCache.txt CUDA_PATH="/usr/local/cuda" CFLAGS="-I/usr/local/cuda/include -I/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/include" LDFLAGS="-L/usr/local/cuda/lib64" \ cmake -DDOWNLOAD_BODY_COCO_MODEL=ON \ -DBUILD_PYTHON=ON \ -DBUILD_EXAMPLES=ON \ -DINSTRUCTION_SET=AVX2 \ -DUSE_MKL=ON \ -DBUILD_CAFFE=ON \ -DBUILD_PYTHON=ON \ -DGPU_MODE=CUDA \ -DCUDNN_INCLUDE=/usr/local/cuda/include \ -DCUDNN_LIBRARY=/usr/lib/x86_64-linux-gnu . CUDA_PATH="/usr/local/cuda" CFLAGS="-I/usr/local/cuda/include -I/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/include" LDFLAGS="-L/usr/local/cuda/lib64" sudo make -k sudo make -k install
cd /usr/local/openpose/models sudo bash /usr/local/openpose/models/getModels.sh
cd /usr/local/openpose ./examples/openpose/openpose.bin --video ./examples/media/video.avi
cd /usr/local/openpose sudo make -k install cd /usr/local/openpose/examples sudo chmod 755 */*.bin sudo cp */*.bin /usr/local/bin/ sudo /sbin/ldconfig
説明ページ https://www.kkaneko.jp/ai/ubuntu/tesseract.html
動画リンク: https://www.youtube.com/watch?v=dQu4GHy754o
次のコマンドを実行.
cd /usr/local rm -rf alpr_jp sudo git clone https://github.com/dyama/alpr_jp
次のコマンドを実行.
sudo pip3 install git+https://github.com/ipazc/mtcnn.git python3 -c "import mtcnn; print(mtcnn.__version__)"
matterplot/masked_rcnn の URL: https://github.com/matterport/Mask_RCNN
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install python3-skimage cython3 sudo pip3 install git+https://github.com/philferriere/cocoapi.git#subdirectory=PythonAPI cd /usr/local sudo git clone --recursive https://github.com/matterport/Mask_RCNN cd Mask_RCNN cat requirements.txt sudo apt -y install python3-numpy python3-scipy python3-pil cython3 python3-matplotlib python3-skimage python3-h5py python3-ipython sudp apt -y install libopencv-dev libopencv-core-dev python3-opencv libopencv-contrib-dev opencv-data sudo pip3 install -U tensorflow keras imgaug sudo python3 setup.py build sudo python3 setup.py install
https://github.com/matterport/Mask_RCNN/blob/master/samples/demo.ipynb に記載のプログラムを実行してみる.
【関連する外部ページ 】
【Meshroom のインストール操作(Windows 上) 】
次のコマンドを実行.
cd /usr/local sudo rm -rf muzero-general sudo git clone https://github.com/werner-duvaud/muzero-general.git cd muzero-general sudo apt -y install python3-pil python3-aiohttp python3-aiohttp-cors python3-aioredis python3-async-timeout python3-blessings python3-filelock python3-hiredis python3-u-msgpack python3-multidict python3-pyglet python3-redis python3-yarl sudo pip3 install -r requirements.txt
確認のため実行してみる.
cd /usr/local/muzero-general python3 muzero.py tensorboard --logdir ./results
次のコマンドを実行.
cd /usr/local sudo rm -rf gym sudo git clone https://github.com/openai/gym.git cd gym sudo pip3 install -e . sudo apt -y install libglu1-mesa-dev libgl1-mesa-dev libosmesa6-dev xvfb ffmpeg curl patchelf libglfw3 libglfw3-dev cmake zlib1g zlib1g-dev swig
シンタックスハイライト,自動補完などの機能を持つエディタ. geany で起動.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install geany geany-plugins
オートコンプリート,シンタックスハイライトを特色とするエディタ. subl で起動.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
wget -qO - https://download.sublimetext.com/sublimehq-pub.gpg | sudo apt-key add - sudo apt -y install apt-transport-https echo "deb https://download.sublimetext.com/ apt/stable/" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/sublime-text.list sudo apt -y update sudo apt -y install sublime-text
Visual Studio Code はエディタ.軽快動作.操作法は簡単. プログラム作成に向いた拡張機能が充実.Windows などでも動く.
インストール手順
ダウンロードしインストールする.
上のURLからダウンロードし,次のコマンドを実行.
sudo dpkg -i ./code_1.*_amd64.deb
拡張機能は,必要なものをインストールする.次に拡張機能を例示している.利用者で判断すること.
ファイル「HelloWorld.java」の作成
public class HelloWorld { public static void main(String args[]) { System.out.println("Hello Java World !"); } }
コンパイルと実行
javac HelloWorld.java java HelloWorld
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install emacs emacs-mozc mozc-data mozc-utils-gui
mozc の設定
/usr/lib/mozc/mozc_tool --mode=config_dialog
mozc を使うための .emacs.d/init.el の設定例
(require 'mozc) (load-library "mozc") (set-language-environment "Japanese") (setq default-input-method "japanese-mozc") (global-set-key [zenkaku-hankaku] 'toggle-input-method) (prefer-coding-system 'utf-8)
追加の設定例
;; キーバインド. CTRL + Z を無視.CTRL + H でバックスペース. (global-unset-key "\C-z") (keyboard-translate ?\C-h ?\C-?) ;; 表示を単純化(スタートアップメッセージなし.スクラッチは空.ツールバー無し, ;; スクロールバーなし).,ベル無し. (setq ring-bell-function 'ignore) (setq inhibit-startup-message t) (setq initial-scratch-message "") (tool-bar-mode -1) (menu-bar-mode 0) (set-scroll-bar-mode nil) (setq frame-title-format (format "%%f - Emacs@%s" (system-name))) ;; 行番号表示 (global-linum-mode t) (column-number-mode t) ;; かっこの対応の表示に関する設定 ;; (show-paren-mode t) ;; (setq show-paren-delay 0) ;; (setq show-paren-style 'expression) ;; 余計な空白を色付きで表示 (setq-default show-trailing-whitespace t) (set-face-background 'trailing-whitespace "#b14770") ;; yes, no は,y, n で済むように (fset 'yes-or-no-p 'y-or-n-p) ;; 履歴 (recentf-mode t) (setq recentf-max-menu-items 30) (setq recentf-max-saved-items 5000) ;; スクロールの量 (setq scroll-conservatively 35 scroll-margin 0 scroll-step 1) (setq comint-scroll-show-maximum-output t) ;; タブ (electric-indent-mode -1) (setq-default indent-tabs-mode nil) (custom-set-variables '(tab-width 4)) ;; 補完 (when (require 'auto-complete-config nil t) (ac-config-default)) (setq text-mode-hook 'turn-off-auto-fill)
Firefox は Web ブラウザ.firefox で起動.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install firefox firefox-locale-ja
Chromium は Web ブラウザ.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install chromium-browser chromium-browser-l10n
FileZilla はファイル転送に便利なソフト.filezilla で起動.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install filezilla
xrdp はリモートデスクトップのソフトウェア.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install xrdp
locate で起動.
sudo apt -y update sudo apt -y install mlocate
catfish で起動.
sudo apt -y update sudo apt -y install catfish
sudo apt -y update sudo apt -y install jq jsonlint
pinta で起動.
sudo apt -y update sudo apt -y install pinta
shutter で起動.
sudo add-apt-repository -y -n ppa:sicklylife/ppa sudo apt -y update sudo apt -y install libgoocanvas2-perl sudo add-apt-repository -y --remove ppa:sicklylife/ppa sudo add-apt-repository -y -n ppa:shutter/ppa sudo apt -y update sudo apt -y install shutter
ニューラルネットの描画(例えば「tf.keras.utils.plot_model(model, show_shapes=True」で描画)のときにも役に立つツール.
sudo apt -y update sudo apt -y install graphviz libgraphviz-dev
ER図,UML図,回路図,ネットワーク図などの簡単作成。 利用条件等は,利用者で確認すること。 drawio で起動.
上のURLからダウンロードし,次のコマンドを実行.
sudo dpkg -i ./draw.io-amd64-13.9.9.deb sudo apt -y install draw.io
PlotDigitizer は,画面上でマウスクリックして座標値を得る機能を持ったソフトウェア).
sudo apt -y update sudo apt -y install inotify-tools
hardinfo で起動.
sudo apt -y update sudo apt -y install hardinfo
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install netcat net-tools
PostgreSQL はリレーショナル・データベース管理システム. コマンドラインクライアントは psql で起動.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install postgresql-12 postgresql-client-12 postgresql-client-common postgresql-common postgresql-contrib odbc-postgresql pgadmin3 postgresql-12-postgis-3 postgresql-server-dev-12 python3-psycopg2 default-jdk libpostgresql-jdbc-java postgresql-plpython3-12 libpq-dev
エラーメッセージが出ていなければ OK.
sudo pg_ctlcluster 12 main start sudo pg_ctlcluster 12 main status
Ubuntu のサービスアカウント postgres と peer 認証により,PostgreSQL の psql を使ってみる.
「\c」により,使用されている PostgreSQL のロール名と,オープンされているデータベース名を確認.
確認したら,「\q」により終了.
sudo -u postgres psql \c \q
postgres, template0, template1 の 3 つのデータベースが表示されることを確認.
sudo -u postgres psql \l \q
psql --version
ファイルは, 「sudo find -name "postgresql.conf" -print」で探すことができる.
設定例
shared_buffers = 1GB work_mem = 1GB max_files_per_process = 1000 effective_cache_size = 4GB
パーソナルに使う場合は,オンライントランザクション処理を行わないので,WAL の機能を実質オフににして運用する可能性がある.
wal_level = minimal archive_mode = off max_wal_senders = 0
データベースファイルを SSD, NVMe に置くときは,次のように設定
random_page_cost = 1.1
psql の種々の操作について: 別ページ »で説明
psql の種々の操作について: 別ページ »で説明
Ubuntu のユーザ postgres と peer 認証により,PostgreSQL の psql を使ってみる.
sudo -u postgres psql create table T (id integer, name text); insert into T values(1, 'hello'); select * from T; \q exit
psql を用いて外部ファイルを実行する場合
sudo -u postgres psql \i hoge.sql \q exit
psql を起動し,次のコマンドを実行することにより,インストールする. インストールがうまく行かない場合には,Python のバージョンが合致しないことが考えられる. Python のバージョンについては,インストールのドキュメントや Dependency (https://github.com/lucasg/Dependencies) で確認することができる.
sudo -u postgres psql CREATE EXTENSION plpython3u; SELECT * FROM pg_language; \c \q exit
DBeaver Community Edition はデータベースツール. dbeaver で起動.
動作には,Java 11 以上が必要.「java -version」でバージョンを確認できる.
【インストール手順 (Ubuntu の場合)】
インストールするには, 次のコマンドを実行.
cd /tmp sudo apt -y install default-jdk curl -O https://dbeaver.io/files/dbeaver-ce_latest_amd64.deb sudo dpkg -i dbeaver-ce_latest_amd64.deb
SQL Workbench/J はデータベースツール. sqlworkbench.sh で起動.
cd /tmp curl -O https://www.sql-workbench.eu/Workbench-Build128-with-optional-libs.zip cd /usr/local sudo mkdir /usr/local/sqlworkbench cd /usr/local/sqlworkbench sudo unzip /tmp/Workbench-Build128-with-optional-libs.zip sudo bash sqlworkbench.sh cd /usr/local/bin sudo rm -f sqlworkbench.sh sudo ln -s /usr/local/sqlworkbench/sqlworkbench.sh .
SQLite 3はリレーショナル・データベース管理システム.sqlite3 で起動.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install sqlite3
sqlitestudio, sqlitestudiocli で起動.
cd /tmp curl -LO https://github.com/pawelsalawa/sqlitestudio/releases/download/3.3.3/sqlitestudio-3.3.3.tar.xz xz -d sqlitestudio-3.3.3.tar.xz cd /usr/local sudo tar -xvof /tmp/sqlitestudio-3.3.3.tar cd /usr/local/bin sudo ln -s /opt/SQLiteStudio/sqlitestudio . sudo ln -s /opt/SQLiteStudio/sqlitestudiocli .
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install cloudera-manager-daemons cloudera-manager-agent cloudera-manager-server
地理情報(ポイント,ライン,ポリゴン,ラスター)を扱う機能を持ったシステム
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install grass sudo apt -y install gdal-bin gdal-data python3-gdal python3-geopandas libgdal-dev libgdal-dev pktools pktools-dev sudo apt -y install postgis qgis postgresql-12-pgrouting osm2pgsql
PostgreSQL で,データベース名 pgis のデータベースを新規作成し,そのデータベースに PostGIS 拡張を行ってみる
sudo -u postgres createdb pgis sudo -u postgres psql -d pgis \c create extension postgis; create extension postgis_topology; \q exit
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install mecab libmecab-dev mecab-utils mecab-jumandic-utf8 mecab-naist-jdic python3-mecab
Juman++ は,次のURLで公開されている形態素解析のソフトウェア.利用条件等は利用者自身で確認すること.
URL: https://github.com/ku-nlp/jumanpp
次のコマンドは,2.0.0-rc3 を試したいときの手順
sudo apt -y update sudo apt -y install libeigen3-dev libprotobuf-dev protobuf-c-compiler sudo pip3 install -U pyknp cd /tmp sudo curl -O https://github.com/ku-nlp/jumanpp/releases/download/v2.0.0-rc3/jumanpp-2.0.0-rc3.tar.xz tar -xvJof jumanpp-2.0.0-rc3.tar.xz cd jumanpp-2.0.0-rc3 mkdir build cd build rm CMakeCache.txt cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local make sudo make install echo 'こんにちは,今日は晴れです' | jumanpp
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install imagemagick
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install vlc
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install openshot
インストールするには, 次のコマンドを実行. そして,起動時に「日本語」を選ぶ.
sudo apt -y update sudo apt -y install blender blender-data
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo add-apt-repository -y ppa:makehuman-official/makehuman-community sudo apt -y update sudo apt -y install makehuman-community makehuman-community-blendertools
Windows の場合での説明ページ https://www.kkaneko.jp/db/win/makehumaninst.html
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install meshlab
前準備として,C/C++ コンパイラー, makeのインストールが終わっていること.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install qtbase5-dev qtdeclarative5-dev qt5-default qttools5-dev libqt5widgets5 libqwt-qt5-dev libqt5svg5-dev cd /tmp rm -f master.zip sudo rm -rf CloudCompare-master # sudo curl -O https://github.com/CloudCompare/CloudCompare/archive/master.zip git clone --recursive https://github.com/CloudCompare/CloudCompare cd CloudCompare rm -rf build mkdir build cd build cmake .. cmake --build . sudo make install
davidcaron/pclpy を使いたい.次のページによれば,バージョンは 1.9.1 が指定されている.
davidcaron/pclpy の URL: https://github.com/davidcaron/pclpy
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install libboost-all-dev libeigen3-dev libvtk9-dev libflann-dev cd /usr/local sudo rm -rf pcl-pcl-1.9.1 cd /tmp curl -O -L https://github.com/PointCloudLibrary/pcl/archive/refs/tags/pcl-1.9.1.tar.gz cd /usr/local sudo tar -xvzof /tmp/pcl-1.9.1.tar.gz sudo chown -R $USER pcl-pcl-1.9.1 cd pcl-pcl-1.9.1 mkdir build cd build cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release .. make -j2 sudo make install
次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install openni2-utils libopenni2-dev sudo apt -y install primesense-nite-nonfree sudo apt -y install libpcl-dev
※ OpenCV で NVIDIA cuDNN を使いたい場合には,NVIDIA の所定のページで,登録を行い,利用条件を確認した上で,別途インストールしておくこと.
次のコマンドを実行.
cd /tmp sudo rm -rf opencv git clone --recursive https://github.com/opencv/opencv.git cd /usr/local sudo rm -rf opencv_contrib sudo git clone --recursive https://github.com/opencv/opencv_contrib.git sudo apt -y install python3-dev pylint3 flake8 python3-flake8 cd /tmp cd opencv sudo rm -rf build mkdir build cd build CUDA_PATH="/usr/local/cuda" CFLAGS="-I/usr/local/cuda/include" LDFLAGS="-L/usr/local/cuda/lib64" \ cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE \ -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local \ -D OPENCV_EXTRA_MODULES_PATH=/usr/local/opencv_contrib/modules \ -D OpenBLAS_INCLUDE_DIR=/usr/include/x86_64-linux-gnu \ -D OpenBLAS_LIB=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so \ -D INSTALL_TESTS=ON \ -D INSTALL_C_EXAMPLES=ON \ -D INSTALL_PYTHON_EXAMPLES=ON \ -D WITH_PYTHON=ON \ -D BUILD_opencv_python2=OFF \ -D BUILD_opencv_python3=ON \ -D PYTHON_DEFAULT_EXECUTABLE=python3 \ -D BUILD_EXAMPLES=ON .. CUDA_PATH="/usr/local/cuda" CFLAGS="-I/usr/local/cuda/include" LDFLAGS="-L/usr/local/cuda/lib64" \ make -j4 sudo make install export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH} echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH}' >> ${HOME}/.bashrc sudo /sbin/ldconfig
ソースコードの取得のために,EPIC Game Account アカウントの取得,GitHub アカウントの取得, EpicGamesのアカウントとGitHubアカウントの連携を行っておくこと.
利用条件を確認すること. UnrealEngine 4 本体のソースコードやビルドの成果物を他者に開示しないのがよい(くれぐれも,利用条件は,利用者自身で確認すること).
※ UnrealEngine4 で NVIDIA cuDNN を使いたい場合には,インストールしておくこと.
次のコマンドを実行.
# ue4 cd /usr/local sudo git clone --recursive https://github.com/EpicGames/UnrealEngine.git # github username and password cd UnrealEngine sudo ./Setup.sh sudo ./GenerateProjectFiles.sh sudo make # UE4Editor で起動 cd /usr/local sudo git clone --recursive https://github.com/EpicGames/BlenderTools.git cd /usr/local sudo git clone --recursive https://github.com/EpicGames/UGCExample.git
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install default-jdk sudo update-java-alternatives -l sudo update-java-alternatives --jre -s java-1.11.0-openjdk-amd64 sudo update-java-alternatives --jre-headless -s java-1.11.0-openjdk-amd64 sudo update-alternatives --config java java -version
「java -version」でバージョンを確認できる.
~/.bashrc または ~/.bash_profile に次のように設定(設定例)
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64 export PATH=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/bin:$PATH export CLASSPATH=.:/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib
sudo apt -y update sudo apt -y install eclipse-titan
ファイル「HelloWorld.java」の作成し、動作確認を行う.
public class HelloWorld { public static void main(String args[]) { System.out.println("Hello Java World !"); } }
コンパイルと実行
javac HelloWorld.java java HelloWorld
Web ブラウザで最新情報を確認ののち,インストールを行う.
インストールするには, 次のコマンドを実行.
cd /tmp sudo curl -O https://www.greenfoot.org/download/files/Greenfoot-linux-361.deb sudo dpkg -i Greenfoot-linux-361.deb
Web ブラウザで最新情報を確認ののち,インストールを行う.
BlueJ の URL: http://www.bluej.org
インストールするには, 次のコマンドを実行.
sudo apt -y update sudo apt -y install libopenjfx-java openjfx cd /tmp sudo rm -f BlueJ-linux-422.deb sudo curl -O http://www.bluej.org/download/files/BlueJ-linux-422.deb sudo dpkg -i BlueJ-linux-422.deb
ファイル「HelloWorld.java」の作成
public class HelloWorld { public static void main(String args[]) { System.out.println("Hello Java World !"); } }
コンパイルと実行
javac HelloWorld.java java HelloWorld
インストールするには, 次のコマンドを実行.
export RELEASE=`lsb_release -sc` gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add - sudo add-apt-repository --yes "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu ${RELEASE}-cran40/" sudo apt -y update # sudo apt -y install r-base sudo apt -y install r-base-core sudo apt -y install r-base-dev sudo apt -y install r-recommended sudo apt -y install r-mathlib sudo apt -y install r-cran-boot sudo apt -y install r-cran-class sudo apt -y install r-cran-cluster sudo apt -y install r-cran-codetools sudo apt -y install r-cran-foreign sudo apt -y install r-cran-hmisc sudo apt -y install r-cran-kernsmooth sudo apt -y install r-cran-lattice sudo apt -y install r-cran-mass sudo apt -y install r-cran-matrix sudo apt -y install r-cran-mgcv sudo apt -y install r-cran-nlme sudo apt -y install r-cran-nnet sudo apt -y install r-cran-rcmdr sudo apt -y install r-cran-rpart sudo apt -y install r-cran-spatial sudo apt -y install r-cran-survival sudo apt -y install r-cran-vr sudo apt -y install r-cran-rodbc sudo apt -y install littler sudo apt -y install libjpeg62 ls /usr/lib/R/
インストールするには, 次のコマンドを実行.
echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com"); update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)' | sudo R --vanilla sudo rm /tmp/a.$$.r echo 'source("http://bioconductor.org/biocLite.R")' > /tmp/a.$$.r echo 'biocLite("EBImage") ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'install.packages("dplyr", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla echo 'install.packages("plyr", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla echo 'install.packages("dplyr", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla echo 'install.packages("reshape2", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla echo 'install.packages("ggplot2", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla echo 'install.packages("knitr", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla echo 'install.packages("sp", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla echo 'install.packages("raster", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla sudo apt -y install gdal-bin echo 'install.packages("rgdal", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html"))' | sudo R --vanilla # # sudo apt -y install r-recommended rstudio sudo apt -y install echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # EBImage sudo rm /tmp/a.$$.r echo 'source("http://bioconductor.org/biocLite.R")' > /tmp/a.$$.r echo 'biocLite("EBImage") ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # dplyr echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("dplyr", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # qvalue sudo rm /tmp/a.$$.r echo 'source("http://bioconductor.org/biocLite.R")' > /tmp/a.$$.r echo 'biocLite("qvalue") ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # pam echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("pam", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # pca3d echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("pca3d", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # tm echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("tm", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # mmand echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("mmand", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # devtools echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("devtools", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # ctv echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("ctv", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # osmar echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("osmar", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # pi0 echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("pi0", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # leaps echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("leaps", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # ifs echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("ifa", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # BMA echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("BMA", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # WriteXLS echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("WriteXLS", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # CHsharp echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("CHsharp", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # brew echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("brew", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # data.table echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("data.table", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # pcaPP echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("pcaPP", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # fastICA echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("fastICA", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # zoo echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("zoo", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # for i in Cluster Graphics MachineLearning Multivariate NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do echo $i rm -f /tmp/a.$$.r echo "options(repos=\"http://cran.rstudio.com\") " > /tmp/a.$$.r echo "library(ctv); install.views(\"$i\", repos=\"http://cran.rstudio.com/\") " >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla done # base echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("abind", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("boot", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("car", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("chron", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("cluster", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("codetools", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("colorspace", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("effects", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("foreign", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("lattice", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("lmtest", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("mgcv", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("multcomp", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("mvtnorm", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("relimp", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("rpart", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("sandwich", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("sm", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("spatial", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("strucchange", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("survival", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # additional echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("catspec", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("cluster", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("deldir", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("diagram", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("fields", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("fftw", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("gregmisc", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("igraph", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("nlme", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("nnclust", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("png", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("pixmap", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("pvclust", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("rgl", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("scatterplot3d", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("som", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("Hmisc", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("Rcmdr", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("RcmdrPlugin.KMggplot2", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("RSQLite", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("CCA", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("KernSmooth", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("MASS", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("Matrix", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("Rcmdr", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # more echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("ggplot2", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("xlsxjars", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("xlsx", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("shiny", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 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'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("RWekajars", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # sudo rm /tmp/a.$$.r echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("RWeka", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # sudo rm /tmp/a.$$.r echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("Snowball", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # sudo rm /tmp/a.$$.r echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("lsa", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # sudo rm /tmp/a.$$.r echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r echo 'install.packages("stringdist", repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # again echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com")' > /tmp/a.$$.r echo 'update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE, repos="http://cran.rstudio.com/", clean=TRUE, INSTALL_opts=c("--no-docs", "--no-html")) ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla # again and again echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com")' > /tmp/a.$$.r echo 'update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE, repos="http://cran.rstudio.com/") ' >> /tmp/a.$$.r cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla
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