Fiji のインストール

【概要】

Fiji（FIJI Is Just ImageJ の略称）は、科学技術分野で広く利用されているオープンソースの画像処理・解析ソフトウェアである。ImageJをベースに、Java実行環境や多数のプラグインが同梱されており、インストール後すぐに高度な機能を利用できる。本記事では、Windows環境およびLinux環境でのインストール手順と、メモリ割り当て量の調整方法について説明する。

Fijiの主な構成要素は以下の通りである。

ImageJ: 画像処理ソフトウェアの本体。画像の表示、編集、解析に関する基本機能を持つ。
Java実行環境: Fijiの動作に必要な環境が同梱されている。
プラグイン: 画像の位置合わせ（レジストレーション）、領域分割（セグメンテーション）、処理の自動化（Scripting）、3次元可視化、特徴抽出（SIFT、MOPS）など、多数の拡張機能が含まれている。

【目次】

インストール手順（Windows）
インストール手順（Linux）
メモリ割り当て量の調整

インストール手順（Windows）

Fiji公式サイトへアクセス
Fijiの公式サイトを開く。
https://fiji.sc/
インストーラーのダウンロード
ダウンロードページで、使用するOS（Windows 64-bitなど）に対応するバージョンを選択し、ダウンロードを開始する。
Mac版、Linux版も選択可能である。
ダウンロードファイルの展開
ダウンロードした.zipファイルを任意のフォルダに展開する。Windows標準の展開機能、または7-Zipなどのアーカイバソフトを使用する。
7-Zipについては別ページで説明している。
Fijiの起動
展開したフォルダ内にある実行ファイル（ImageJ-win64.exe等）をダブルクリックして起動する。Fijiはインストーラー形式ではなく、展開したフォルダから直接実行する形式のソフトウェアである。
起動確認
Fijiの画面が表示されることを確認する。

インストール手順（Linux）

ダウンロードした.zipファイルを展開した後、ターミナルを開き、Fijiを展開したディレクトリに移動して起動する。以下にコマンド例を示す。

# Fijiを展開したディレクトリへ移動
cd /path/to/Fiji.app

# 実行権限の付与（初回のみ）
chmod +x ./ImageJ-linux64

# Fijiの起動
./ImageJ-linux64

起動スクリプト名はバージョンにより異なる場合がある。展開後のファイルを確認すること。また、/path/to/はFijiを展開した実際のパスに置き換えること。

メモリ割り当て量の調整

大きな画像データを扱う際に「Out of memory」エラーが表示されることがある。これはFijiが利用できるメモリの上限に達したことを示す。以下の手順でメモリ割り当て量を調整できる。

メニューから「Edit」→「Options」→「Memory & Threads...」を選択する。

表示されるダイアログでメモリ割り当て量を設定する。単位はメガバイト（MB）である。値を大きくしすぎるとPC全体の動作が不安定になる場合があるため、搭載メモリの75%程度を上限とすることを推奨する。

設定変更後、「OK」をクリックしてFijiを再起動すると設定が反映される。