Fiji のインストール（Windows 上）

Fiji（FIJI Is Just ImageJ の略称）は、科学技術分野、特に生命科学分野などで広く利用されているオープンソースの画像処理・解析ソフトウェアです。ImageJをベースに、Java実行環境や便利なプラグインが同梱されており、すぐに高度な機能を利用でき、特に科学研究用途に適したプラグインが多く含まれています。主な構成要素は以下の通りです。

ImageJ: オープンソースの画像処理ソフトウェアの本体。画像の表示、編集、解析に関する豊富な基本機能を持ちます。
Java: 実行に必要な環境が同梱されています。
Java3D: 3D表示機能をサポートします。
多数のプラグイン: 画像の位置合わせ（レジストレーション）、領域分割（セグメンテーション）、処理の自動化（Scripting）、3次元可視化、特徴抽出（SIFT, MOPS）など、特定の解析目的のための拡張機能が多数含まれています。

インストール手順 (Windows)

1. Fiji公式サイトへアクセス
Fiji の Web ページを開く
https://fiji.sc/
2. インストーラーのダウンロード
Fijiのダウンロードページで、お使いのOS（Windows 64-bitなど）に対応するバージョンを選択し、クリックしてダウンロードを開始します。（補足: Webサイトのデザインや文言は変更される可能性があるため、適宜読み替えてください。）
Mac 版，Linux 版を選ぶこともできる
「Downloads」のところで，オペレーティングシステムの種類を選択
クリックすると，ダウンロードが始まる．
3. ダウンロードファイルの展開
ダウンロードした .zip ファイルを、任意のフォルダに展開（解凍）します。Windows標準の展開機能や、必要に応じて7-Zipなどのアーカイバソフトを使用してください。（補足: リンク先が不明なため、一般的な説明に修正しました。可能であれば7-Zipの説明ページへの有効なリンクを追記してください。）

Windows での展開（解凍）に便利な 7-Zip: 別ページ »で説明
4. Fijiの起動
展開したフォルダ内にある `ImageJ-win64.exe` （ファイル名はバージョン等により異なる場合があります）をダブルクリックして起動します。Fijiは一般的なインストーラー形式ではなく、展開したフォルダから直接実行するタイプのソフトウェアです。
5. 起動確認
そして Fiji の画面が出ることを確認する．

Linux でのインストールと起動

Linuxの場合、まずダウンロードしたファイルを展開します。その後、ターミナルを開き、Fijiを展開したディレクトリ（例: `Fiji.app`）に移動 (`cd`) して、以下のコマンドで起動します。（注意: 起動スクリプト名は `ImageJ-linux64` 等、バージョンや配布元によって異なる場合があります。展開後のファイルを確認してください。また、`/path/to/` はFijiを展開した実際のパスに置き換えてください。）

# Fijiを展開したディレクトリへ移動 (例)
cd /path/to/Fiji.app

# 実行権限がない場合は付与 (初回のみ、ファイル名は要確認)
# chmod +x ./ImageJ-linux64

# Fijiの起動 (64bit版の場合、ファイル名は要確認)
./ImageJ-linux64

# (32bit版の場合の例: ./ImageJ-linux32)

Fiji のメモリ割り当て量の調整（「Out of memory」エラー対策）

Fijiで大きな画像データなどを扱う際に、「メモリが足りない (Out of memory)」というエラーが表示されることがあります。これは、Fijiが利用できるメモリ（ヒープサイズ）の上限に達したことを示します。このメモリ割り当て量は調整可能です。

調整手順は、「Edit」→「Options」→「Memory & Threads ...」とメニューを操作します。

単位はメガバイト (MB) です。値を大きくしすぎると、PC全体の動作が不安定になる場合があるので注意が必要です。

設定を変更したら「OK」をクリックし、Fijiを再起動してください。これにより、メモリ不足エラーが解消されることがあります。