Java から R の機能を呼び出し (Rserve を使用)

Rserve とは， TCP/IP 接続できるサーバで，R の機能を、他のプログラムから使うことができるというものです．詳しくは，http://www.rforge.net/Rserve/ を見てください．

R の機能を呼び出した結果は，Java 側の int,　double,　arrays, String, Vector や，その他の特定の R オブジェクトを扱うためのクラス（RBool, RList といったもので，RServe に付属のもの）のオブジェクトに格納される．

Java プログラムから R の機能を呼び出したい．
Java のプログラムの中に R のプログラムを埋め込む．ファイルが分かれるようなことは無い．
（補足）Windows で Rserve を使うとき，UNIX で使う場合と比べて，いくつかの機能が使えないが，支障はない．
cooperative mode でのみ動く．このモードでは，(1) 1度に1つの接続しかできない． (2) 一連の接続では，同じ名前空間(name space)が使用される．

Rserve のインストール

R システムでの操作
Rserve を rforge の http://www.rforge.net/Rserve/ からインストールするために，下記の関数を実行する．
install.packages("Rserve", repos="http://cran.rstudio.com/")
インストール終了の確認

* 「・・・を作成できません: 許可がありません」というエラーメッセージが出た場合には、 R システムを管理者の権限で起動し、このWebページの手順を最初からやり直す.
Rserve のファイルがインストールされたディレクトリを探す
以下 /usr/local/lib/R/library/rJava 下にあるものとして説明を続ける
R がインストールされたディレクトリを探す
以下 /usr/local/lib/R 下にあるものとして説明を続ける
確認のため、付属のサンプルプログラムを動かしてみる
◆ Ubuntu での操作手順例
cd /usr/local/lib/R/library/rJava/jri/examples ./run rtest

今度は「run」を使わずに、付属のサンプルプログラムを動かしてみる

◆ Ubuntu での操作手順例

cd /usr/local/lib/R/library/rJava/jri
javac  -cp .:examples:src/JRI.jar:JRI.jar examples/rtest.java
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib/R/lib:/usr/local/lib/R/bin  java -Djava.library.path=.: -cp .:examples:src/JRI.jar:JRI.jar rtest

使用法

Rserver の起動
library(Rserve) Rserve(args="--no-save")
* もし，「library(Rserve)」の実行で，「'Rserve' という名前のパッケージはありません」というようなエラーが出たときは「install.packages("Rserve", repos="http://cran.rstudio.com/")」を実行してインストールする．
(オプション) ヘルプの表示
? Rserve

Java ファイル「HelloWorld.java」の作成

ここでの例は

パッケージ名: hoge.hoge.com
クラス名: HelloWorld

としている．必要があれば，パッケージ名，クラス名を変えてください．

◆ Java ファイル「HelloWorld.java」の作成例

package hoge.hoge.com;

import java.io.*;
import java.awt.Frame;
import java.awt.FileDialog;

import java.util.Enumeration;

import org.rosuda.JRI.Rengine;
import org.rosuda.JRI.REXP;
import org.rosuda.JRI.RList;
import org.rosuda.JRI.RVector;
import org.rosuda.JRI.RMainLoopCallbacks;

public class HelloWorld {
    public static void main(String[] args) {
    // just making sure we have the right version of everything
    if (!Rengine.versionCheck()) {
        System.err.println("** Version mismatch - Java files don't match library version.");
        System.exit(1);
    }
    Rengine re=new Rengine(args, false, null);
        if (!re.waitForR()) {
            System.out.println("Cannot load R");
            return;
        }

    try {
        REXP x1, x2, x3, x4;

        System.out.println(x1 = re.eval("rnorm(10)"));
        double d1[] = x1.asDoubleArray(); 
        for ( int i = 0; i < 10; i++ )
        System.out.println(d1[i]);

        System.out.println(x2 = re.eval("iris[[1]]"));
        double d2[] = x2.asDoubleArray(); 
        for ( int i = 0; i < 50; i++ ) 
        System.out.print(d2[i]+", ");

        System.out.println(x3 = re.eval("print(1:10/3)"));
        double d3[] = x3.asDoubleArray(); 
        for ( int i = 0; i < 10; i++ )
        System.out.println(d3[i]);
        System.out.println(x4 = re.eval("q()"));

    } catch (Exception e) {
        System.out.println("EX:"+e);
            e.printStackTrace();
    }
    }
}

◆ Ubuntu での操作手順例

cd /usr/local/lib/R/library/rJava/jri
javac  -cp .:examples:src/JRI.jar:JRI.jar examples/HelloWorld.java
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib/R/lib:/usr/local/lib/R/bin  java -Djava.library.path=.: -cp .:examples:src/JRI.jar:JRI.jar rtest