R のプログラム例（目次）

目次

Rシステムの基本機能と使用方法

• R のバッチモード
• 端末からの１行データ読み込み

Rシステムのパッケージ管理とインストール

• R システムでのパッケージのインストール
• R の CRAN Task View
• R で bioclite のインストール
• R で パッケージの更新

データ処理例と統計分析

• 時系列データの例
• 経時観測データの縦長形式と横長形式
• R システムで多次元尺度法を行う（R システム，stats を使用）
• R システムでデータを補間する（R システム を使用）
• 検定

Shinyを用いたインタラクティブなアプリケーション開発

• Shiny を使ってみる（R システム，Shiny を使用）

グラフ作成：散布図，散布図，折れ線グラフ，ヒストグラム，3次元グラフ，ネットワーク図その他

• データフレームからの散布図作成，画像ファイルに保存（R システム，ggplot2，plot を使用）
  • データフレームからの散布図の作成
  • グラフのファイルへの保存
• 散布図，折れ線グラフ，ヒストグラムのバリエーション（R システム，ggplot2 を使用）
• CSV ファイルの読み込み，散布図と近似線，スケールの信頼性（R システムを利用）

  散布図内での平均と分散の図示，散布図行列，スケールの信頼性

• R システムで3次元散布図の作成（R システム，rgl，scatterplot3d を使用）
• R システムで有向グラフ，無向グラフの描画（R システム，kinship2 を使用）
• R システムを用いた家系図の作成（R システム，kinship2 を使用）
• R システムの plot を用いた散布図，棒グラフ，ヒストグラム，Q-Q プロット，帯グラフ
• R システムの plot を用いた種々の散布図と折れ線グラフ

  plot 各種パラメータを使って，グラフを細かく調整する． 点と折れ線の重ね合わせ，タイトル付け， x,y値の範囲，対数目盛り，xy比，グラフィックパラメータ（点の色や大きさや形，線の色やスタイルや太さ）を調整する．

PDF, SVG, HTML ファイルへのグラフ出力

• R システムで，データフレームを PDF, SVG 形式で保存（R システム，gridExtra）
• R システムで，R システムで，グラフを PDF, SVG, HTML 形式で保存（R システム，ggplot2，gridExtra，gridSVG を使用）

木構造解析

• R システムで最小全域木 (Minimum Spannning Tree) の作成（R システム，nnclust，igraph を使用）

木構造データの分析と可視化

• R システムでボロノイ図の作成（R システム，deldir を使用）

地理情報システム（GIS）との連携，地図作成

• R システムで Google Earth の kml ファイルを作成（R システム，maptool を使用）
• R システムで緯度，経度１秒あたりの長さ（メートル）を求める（R システムを使用）

テキストデータの処理と分析

• R システムで編集距離を求める（R システムを使用）

二項分布

• R システムでの二項分布

クラスタリング

• 階層的クラスタ分析の例（R, pvclust パッケージを使用）
• 1次元データのクラスタリング (R, Ckmeans.1d.dp パッケージを使用)

データマイニング

• R でアプリオリ・アルゴリズムを動かしてみる (arules パッケージを使用)

タイマー，ソケット通信

• R システムのタイマー
• R でソケット通信

Excel 連携

• R システムでデータフレームを Excel の xls 形式で保存（R システム，WriteXLS を使用）
• R システムでの Excel ファイルの読み出しと書き込み （R システム，xlsReadWrite を使用）

構造化データの処理：JSON，XML

• R システムで XML 文書の XPath 式処理を行なう（R システム，XML を使用）
• データフレームと JSON の変換（R システム，RJSONIO を使用）

ファイル操作

• R システムでのファイル情報の取得と，作業ディレクトリの設定

  ファイル一覧の取得，作業ディレクトリの設定

• R システムでのテキストファイル読み出しと書き込み

  テキストファイルの読み出し，テキストファイルの書き込み，書式付の出力

• R システムでのバイナリファイルの読み出しと書き込み（R システムを使用）

画像ファイル

• PNG ファイル読み込み (png パッケージを使用)
• JPEG ファイルの画像処理の例 (rimage パッケージを使用)

データベース連携

• sqldf パッケージのインストール

  SQLite は軽量のデータベース管理システムソフトウェア. sqldf は，手軽にSQLiteの SQL 問い合わせ機能を使うためのパッケージ．データベースファイルに保存したりなど、SQLite 3のフル機能はありません．

• RSQLite パッケージ

  SQLite 3のフル機能を使いたいならこちら．

  SQLite は軽量のデータベース管理システムソフトウェア

• RMySQL パッケージ

  私のパソコンでは，RMySQL パッケージが動かない．残念．

• R 言語処理系のオブジェクトを MongoDB に格納してみる

他言語との相互運用：C++、Java、Cとの連携

• R で Rcpp を使いパッケージを作成してみる (Rcpp パッケージを使用)
• Java から R の機能を呼び出し (Rserve を使用)

  Java では，データベースアクセス，Web との連携，グラフィカルユーザインタフェース． R では，グラフの描画，統計処理という分担を考えています．

• R から C の関数を呼び出し（Windows 上の Cygwin を使用）
• R から C の関数を呼び出し（Windows 上の MinGW を使用）