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Linux で VTK バージョン 5 のダウンロードとビルドとインストール

VTK とは, 3次元コンピュータグラフィックス,画像処理,可視化のライブラリです. VTK は,本来,C++ のクラスライブラリで,Tcl/Tk, Java, Python のインタフェースを持つ この Web ページでは,Linux (Cent OS バージョン 5.3 を使用) での VTK ビルドとインストール手順を説明する.

Windows の Cygwin での手順は,別のページで説明している

FreeBSD での手順は,別のページで説明している

※ 関連Webページ: Linux で開発環境やツールを整備

◆ この Web ページで行うコマンドの概略 (Ubuntuで VTK バージョン 5 のダウンロードとビルドとインストールを行う場合)

# 前提ソフトウエア
cd /tmp
apt-get source vtk
sudo apt-get build-dep vtk

# cmake のダウンロードとビルドとインストール
cd /tmp
if [ ! -f cmake-2.8.5.tar.gz ]; then 
  wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.5.tar.gz
fi 
rm -rf /tmp/cmake-2.8.5
tar -xvzof cmake-2.8.5.tar.gz

if [ `arch` = 'i686' ]; then
  cd /tmp/cmake-2.8.5
  CFLAGS="-m32" ./configure --prefix=/usr/local
elif [ `arch` = 'x86_64' ]; then
  cd /tmp/cmake-2.8.5
  CFLAGS="-m64" ./configure --prefix=/usr/local
fi

make
sudo make install

# VTK のダウンロードとビルドとインストール
cd /tmp
if [ ! -f vtk-5.8.0.tar.gz ]; then 
  wget http://www.vtk.org/files/release/5.8/vtk-5.8.0.tar.gz
fi
if [ ! -f vtkdata-5.8.0.tar.gz ]; then 
  wget http://www.vtk.org/files/release/5.8/vtkdata-5.8.0.tar.gz
fi

tar -xvzof /tmp/vtk-5.8.0.tar.gz
cd /usr/local
sudo tar -xvzof /tmp/vtkdata-5.8.0.tar.gz

cd /tmp/VTK
VTK_DATA_ROOT=/usr/local/VTKData cmake .

make
sudo make install

前準備


■ Ubuntu でパッケージを用いてインストールする場合の手順

◆ Ubuntu での操作手順(例)(パッケージを用いてインストールする場合

sudo apt-get -yV install libvtk-java
sudo apt-get -yV install libvtk5.4-qt3
sudo apt-get -yV install vtk-doc
sudo apt-get -yV install libvtk5-dev
sudo apt-get -yV install libvtk5.4-qt4
sudo apt-get -yV install vtk-examples
sudo apt-get -yV install libvtk5-qt3-dev
sudo apt-get -yV install libvtk5.4
sudo apt-get -yV install vtk-tcl
sudo apt-get -yV install libvtk5-qt4-dev
sudo apt-get -yV install python-vtk
sudo apt-get -yV install vtkdata
sudo apt-get -yV install vtk-examples

◆ Ubuntu での操作手順(例)(ソースパッケージを用いてビルドとインストールを行う場合

※ソースパッケージに関する設定については,別のページで説明している.

mkdir /tmp/vtk
cd /tmp/vtk

apt-get source vtk
sudo apt-get -yV build-dep vtk
cd vtk-5.4.2
sudo dpkg-buildpackage -uc -us -rfakeroot 
cd ..
sudo dpkg -i *.deb

mkdir /tmp/vtkdata
cd /tmp/vtkdata

apt-get source vtkdata
sudo apt-get -yV build-dep vtkdata
cd vtkdata-5.2.1
sudo dpkg-buildpackage -uc -us -rfakeroot 
cd ..
sudo dpkg -i *.deb

sudo apt-get -yV install vtk-examples

■ Fedora でパッケージを用いてインストールする場合の手順

◆ Fedora での操作手順(例)(パッケージを用いてインストールする場合

sudo yum -y install vtk-devel
sudo yum -y install vtk-examples
sudo yum -y install vtk-java
sudo yum -y install vtk-python
sudo yum -y install vtk-qt
sudo yum -y install vtk-tcl
sudo yum -y install vtk-testing
sudo yum -y install vtkdata
sudo yum -y install vtk

■ Linux で VTK バージョン 5.8.0 のソースコードのダウンロードとビルドとインストールを行う場合の手順 (Ubuntu や Fedora を使用)

最新版を追いかけたい場合など

◆ VTK バージョン 5.8.0 のソースコードのダウンロード

cd /tmp
wget http://www.vtk.org/files/release/5.8/vtk-5.8.0.tar.gz
wget http://www.vtk.org/files/release/5.8/vtkdata-5.8.0.tar.gz

tar -xvzof /tmp/vtk-5.8.0.tar.gz
cd /usr/local
sudo tar -xvzof /tmp/vtkdata-5.8.0.tar.gz

[image]

◆ ソフトウエア開発環境などのインストール

◆ (オプション) cmakeのインストール

  1. cmake ソースコードのダウンロードと解凍

    ※ wget を使わない場合には, http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html からダウンロードする。

    cd /tmp
    wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.5.tar.gz
    rm -rf /tmp/cmake-2.8.5
    tar -xvzof cmake-2.8.5.tar.gz
    
  2. (オプション)環境変数 CC, CXX の設定

    ※ C/C++ コンパイラを明示的に指定したいときに限り,次のように設定する. (CentOS など,最新バージョンの gcc, g++ が別の名前になっているような場合)

    # 設定例2
    export CC=gcc
    export CXX=g++
    # 設定例2
    export CC=/usr/local/bin/gcc-4
    export CXX=/usr/local/bin/g++-4
    
  3. configure の実行

    の実行手順例

    「CFLAGS="-m32"」を付ける。

    cd /tmp/cmake-2.8.5
    CFLAGS="-m32" ./configure --prefix=/usr/local
    

    [image]

    64 ビット Linux (x86_64) の場合の実行手順例

    「CFLAGS="-m64"」を付ける。

    cd /tmp/cmake-2.8.5
    CFLAGS="-m64" ./configure --prefix=/usr/local
    

    [image]
  4. configure の結果の確認

    エラーメッセージが出ていないことを確認する.

    [image]
  5. make の実行

    make
    

    [image]

    ※「make が無い」という ようなエラーメッセージが出たときは「gmake」を使ってください。

    [image]
  6. make の結果の確認

    エラーメッセージが出ていないことを確認する.

    [image]
  7. make install の実行

    必ずスーパーユーザで実行すること.

    sudo make install
    

    [image]

    ※「make が無い」という ようなエラーメッセージが出たときは「gmake」を使ってください。

    sudo gmake install
    

    [image]
  8. make install の結果の確認

    [image]

    ◆ ビルドの前に決めておく事項

    ◆VTKの ビルドとインストール

    1. 「cmake .」の実行

      cd /tmp/VTK
      VTK_DATA_ROOT=/usr/local/VTKData cmake .
      

      [image]
    2. 「cmake .」の結果の確認

      エラーメッセージが出ていないことを確認する.

      [image]
    3. make の実行

      make
      

      [image]

      ※「make が無い」という ようなエラーメッセージが出たときは「gmake」を使ってください。

    4. make の結果の確認

      エラーメッセージが出ていないことを確認する.

      [image]
    5. make install の実行

      必ずスーパーユーザで実行すること.

      sudo make install
      

      [image]

      [image]

      ※「make が無い」という ようなエラーメッセージが出たときは「gmake」を使ってください。

      ld.so.confの設定

      スーパーユーザになって、下記を実行

      1. /etc/ld.so.confに以下の行を追加

        -------------ここから-----------
        /usr/local/lib
        --------------ここまで---------
        
      2. 「ldconfig」の実行

        「ldconfig が無いよ」とエラーが出たときは,「/sbin/ldconfig」のように実行してみる.


      VTK サンプルプログラムのテスト実行

      次の手順で,多数のサンプルプログラムのうち Medical をビルドし,実行する.

      cd /tmp/VTK/Examples/Medical/Cxx
      export VTK_DIR=/usr/local/lib/vtk-5.8/
      cmake .
      gmake
      ./Medical1 /usr/local/VTKData/Data/headsq/quarter
      

      実行の結果,連番の画像の大きさが64x64、16bitのRawデータquarter.1〜quarter.93を読み込み、 0〜500までの画素値を空気、それ以外を物体として描画される.

      マウスを使って,回転や拡大縮小ができる.

      [image]

      「skinExtractor->setValue(0,1200);」と書き換え、値を0~1200に変更すると,次のように表示される.

      [image]

      サンプル画像をMRIcroで描画してみた。quarter.45をquarter.45.imgに名前を変更し、Header Informationを下の図のように変更してHeader→Save header…でquarter.45.hdrで保存すると、MRICroで表示が可能となる。

      [image]

      今度は,Medical2 を実行してみる.

      ◆旧バージョン (5.4) での実行結果例

      ./Medical2 /usr/local/VTKData/Data/headsq/quarter
      

      [image]

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