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Linux で VTK バージョン 5 のダウンロードとビルドとインストール

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VTK とは, 3次元コンピュータグラフィックス,画像処理,可視化のライブラリです. VTK は,本来,C++ のクラスライブラリで,Tcl/Tk, Java, Python のインタフェースを持つ この Web ページでは,Linux (Cent OS バージョン 5.3 を使用) での VTK ビルドとインストール手順を説明する.

Windows の Cygwin での手順は,別のページで説明している

FreeBSD での手順は,別のページで説明している

※ 関連Webページ: Linux で開発環境やツールを整備

◆ この Web ページで行うコマンドの概略 (Ubuntuで VTK バージョン 5 のダウンロードとビルドとインストールを行う場合)

# 前提ソフトウエア
cd /tmp
apt-get source vtk
sudo apt-get build-dep vtk

# cmake のダウンロードとビルドとインストール
cd /tmp
if [ ! -f cmake-2.8.5.tar.gz ]; then 
  wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.5.tar.gz
fi 
rm -rf /tmp/cmake-2.8.5
tar -xvzof cmake-2.8.5.tar.gz

if [ `arch` = 'i686' ]; then
  cd /tmp/cmake-2.8.5
  CFLAGS="-m32" ./configure --prefix=/usr/local
elif [ `arch` = 'x86_64' ]; then
  cd /tmp/cmake-2.8.5
  CFLAGS="-m64" ./configure --prefix=/usr/local
fi

make
sudo make install

# VTK のダウンロードとビルドとインストール
cd /tmp
if [ ! -f vtk-5.8.0.tar.gz ]; then 
  wget http://www.vtk.org/files/release/5.8/vtk-5.8.0.tar.gz
fi
if [ ! -f vtkdata-5.8.0.tar.gz ]; then 
  wget http://www.vtk.org/files/release/5.8/vtkdata-5.8.0.tar.gz
fi

tar -xvzof /tmp/vtk-5.8.0.tar.gz
cd /usr/local
sudo tar -xvzof /tmp/vtkdata-5.8.0.tar.gz

cd /tmp/VTK
VTK_DATA_ROOT=/usr/local/VTKData cmake .

make
sudo make install

事前準備


■ Ubuntu でパッケージを用いてインストールする場合の手順

◆ Ubuntu での操作手順(例)(パッケージを用いてインストールする場合

sudo apt-get -yV install libvtk-java
sudo apt-get -yV install libvtk5.4-qt3
sudo apt-get -yV install vtk-doc
sudo apt-get -yV install libvtk5-dev
sudo apt-get -yV install libvtk5.4-qt4
sudo apt-get -yV install vtk-examples
sudo apt-get -yV install libvtk5-qt3-dev
sudo apt-get -yV install libvtk5.4
sudo apt-get -yV install vtk-tcl
sudo apt-get -yV install libvtk5-qt4-dev
sudo apt-get -yV install python-vtk
sudo apt-get -yV install vtkdata
sudo apt-get -yV install vtk-examples

◆ Ubuntu での操作手順(例)(ソースパッケージを用いてビルドとインストールを行う場合

※ソースパッケージに関する設定については,別のページで説明している.

mkdir /tmp/vtk
cd /tmp/vtk

apt-get source vtk
sudo apt-get -yV build-dep vtk
cd vtk-5.4.2
sudo dpkg-buildpackage -uc -us -rfakeroot 
cd ..
sudo dpkg -i *.deb

mkdir /tmp/vtkdata
cd /tmp/vtkdata

apt-get source vtkdata
sudo apt-get -yV build-dep vtkdata
cd vtkdata-5.2.1
sudo dpkg-buildpackage -uc -us -rfakeroot 
cd ..
sudo dpkg -i *.deb

sudo apt-get -yV install vtk-examples

■ Fedora でパッケージを用いてインストールする場合の手順

◆ Fedora での操作手順(例)(パッケージを用いてインストールする場合

sudo yum -y install vtk-devel
sudo yum -y install vtk-examples
sudo yum -y install vtk-java
sudo yum -y install vtk-python
sudo yum -y install vtk-qt
sudo yum -y install vtk-tcl
sudo yum -y install vtk-testing
sudo yum -y install vtkdata
sudo yum -y install vtk

■ Linux で VTK バージョン 5.8.0 のソースコードのダウンロードとビルドとインストールを行う場合の手順 (Ubuntu や Fedora を使用)

最新版を追いかけたい場合など

◆ VTK バージョン 5.8.0 のソースコードのダウンロード

cd /tmp
wget http://www.vtk.org/files/release/5.8/vtk-5.8.0.tar.gz
wget http://www.vtk.org/files/release/5.8/vtkdata-5.8.0.tar.gz

tar -xvzof /tmp/vtk-5.8.0.tar.gz
cd /usr/local
sudo tar -xvzof /tmp/vtkdata-5.8.0.tar.gz

◆ ソフトウエア開発環境などのインストール

◆ (オプション) cmakeのインストール

  1. cmake ソースコードのダウンロードと解凍

    ※ wget を使わない場合には, http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html からダウンロードする。

    cd /tmp
    wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.5.tar.gz
    rm -rf /tmp/cmake-2.8.5
    tar -xvzof cmake-2.8.5.tar.gz
    

  2. (オプション)環境変数 CC, CXX の設定

    ※ C/C++ コンパイラを明示的に指定したいときに限り,次のように設定する. (CentOS など,最新バージョンの gcc, g++ が別の名前になっているような場合)

    # 設定例2
    export CC=gcc
    export CXX=g++
    # 設定例2
    export CC=/usr/local/bin/gcc-4
    export CXX=/usr/local/bin/g++-4
    

  3. configure の実行

    の実行手順例

    「CFLAGS="-m32"」を付ける。

    cd /tmp/cmake-2.8.5
    CFLAGS="-m32" ./configure --prefix=/usr/local
    

    64 ビット Linux (x86_64) の場合の実行手順例

    「CFLAGS="-m64"」を付ける。

    cd /tmp/cmake-2.8.5
    CFLAGS="-m64" ./configure --prefix=/usr/local
    

  4. configure の結果の確認

    エラーメッセージが出ていないことを確認する.

  5. make の実行

    make
    

    ※「make が無い」という ようなエラーメッセージが出たときは「gmake」を使ってください。

  6. make の結果の確認

    エラーメッセージが出ていないことを確認する.

  7. make install の実行

    必ずスーパーユーザで実行すること.

    sudo make install
    

    ※「make が無い」という ようなエラーメッセージが出たときは「gmake」を使ってください。

    sudo gmake install
    

  8. make install の結果の確認

◆ ビルドの前に決めておく事項

◆VTKの ビルドとインストール

  1. 「cmake .」の実行

    cd /tmp/VTK
    VTK_DATA_ROOT=/usr/local/VTKData cmake .
    

  2. 「cmake .」の結果の確認

    エラーメッセージが出ていないことを確認する.

  3. make の実行

    make
    

    ※「make が無い」という ようなエラーメッセージが出たときは「gmake」を使ってください。

  4. make の結果の確認

    エラーメッセージが出ていないことを確認する.

  5. make install の実行

    必ずスーパーユーザで実行すること.

    sudo make install
    

    ※「make が無い」という ようなエラーメッセージが出たときは「gmake」を使ってください。

ld.so.confの設定

スーパーユーザになって、下記を実行

  1. /etc/ld.so.confに以下の行を追加

    -------------ここから-----------
    /usr/local/lib
    --------------ここまで---------
    

  2. 「ldconfig」の実行

    「ldconfig が無いよ」とエラーが出たときは,「/sbin/ldconfig」のように実行してみる.


VTK サンプルプログラムのテスト実行

次の手順で,多数のサンプルプログラムのうち Medical をビルドし,実行する.

cd /tmp/VTK/Examples/Medical/Cxx
export VTK_DIR=/usr/local/lib/vtk-5.8/
cmake .
gmake
./Medical1 /usr/local/VTKData/Data/headsq/quarter

実行の結果,連番の画像の大きさが64x64、16bitのRawデータquarter.1〜quarter.93を読み込み、 0〜500までの画素値を空気、それ以外を物体として描画される.

マウスを使って,回転や拡大縮小ができる.

「skinExtractor->setValue(0,1200);」と書き換え、値を0~1200に変更すると,次のように表示される.

サンプル画像をMRIcroで描画してみた。quarter.45をquarter.45.imgに名前を変更し、Header Informationを下の図のように変更してHeader→Save header…でquarter.45.hdrで保存すると、MRICroで表示が可能となる。

今度は,Medical2 を実行してみる.

◆旧バージョン (5.4) での実行結果例

./Medical2 /usr/local/VTKData/Data/headsq/quarter



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