Cython 最新版のインストール（ソースコードを使用）（Ubuntu 上）

Cython は，Python に似た構文で書いたソースコードを C コードに変換し，コンパイルして Python の拡張モジュールを作る処理系である。このページでは，GitHub の公式リポジトリからソースコードを取得し，ビルドしてインストールする手順を説明する。

前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは， 端末で，次のコマンドを実行する。これは、パッケージ情報を最新の状態に保ち、インストール済みのパッケージをセキュリティアップデートやバグ修正を含めて更新するためである。

# パッケージリストの情報を更新
sudo apt update
# インストール済みのパッケージを包括的に更新 (依存関係も考慮)
sudo apt full-upgrade
# カーネル更新等で実際に再起動が必要な場合のみ実行を推奨
# sudo shutdown -r now

C/C++ コンパイラと Make とビルドツールのインストール

Cython はソースコードを C に変換し，それを C コンパイラでコンパイルする。そのため，C/C++ コンパイラ (GCC) や make が必要である。Ubuntu では，これらは build-essential パッケージにまとめられている。インストールするには，端末で，次のコマンドを実行する。

sudo apt update
sudo apt -y install build-essential pkg-config

Python 開発用パッケージのインストール

Python の拡張モジュールをビルドするには，Python のヘッダファイルを含む python3-dev が必要である。また，仮想環境の作成に python3-venv を使用する。インストールするには，端末で，次のコマンドを実行する。

sudo apt update
sudo apt -y install python3 python3-dev python3-venv python3-pip
python3 --version

Ubuntu に標準で含まれる Python は，Ubuntu 24.04 LTS では Python 3.12，Ubuntu 26.04 LTS では Python 3.14 である。python3 --version の表示で確認できる。

Git のインストール

ソースコードは Git リポジトリから取得する。インストールするには， 端末で，次のコマンドを実行する。

# パッケージリストの情報を更新
sudo apt update
sudo apt -y install git

Ubuntu パッケージ版 Cython の削除

Ubuntu パッケージ版の Cython（cython3）がインストールされている場合，コマンド名や参照されるモジュールが競合することがある。削除するには，端末で，次のコマンドを実行する。表示される削除対象の一覧を確認してから実行する。

sudo apt remove cython3

Cython 最新版のインストール

ソースコードの取得

端末で，次のコマンドを実行する。

cd /tmp
rm -rf cython
git clone https://github.com/cython/cython
cd cython

仮想環境の作成とインストール

Ubuntu 24.04 LTS 以降の Python は 外部管理環境 (externally-managed-environment) として設定されており，システムの Python に pip で直接インストールするとエラーになる。そのため，Python 仮想環境 (venv) を作り，その中にインストールする。

端末で，次のコマンドを実行する。

python3 -m venv $HOME/cython-venv
source $HOME/cython-venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip setuptools wheel
cd /tmp/cython
python -m pip install .

Cython の公式のインストール手順（ソースコードのトップディレクトリにある INSTALL.txt）でも，ソースコードからのインストールに pip install . を使用する。python3 setup.py install は非推奨であり，新しい setuptools では動作しない。

cd /tmp/cython
sudo python3 -m pip install --break-system-packages .

インストールの確認

端末で，次のコマンドを実行する。バージョン番号が表示されればインストールは成功している。

source $HOME/cython-venv/bin/activate
cython --version
python -c "import Cython; print(Cython.__version__)"

動作確認

簡単な Cython のソースコードをコンパイルして動作を確認する。端末で，次のコマンドを実行する。

source $HOME/cython-venv/bin/activate
mkdir -p /tmp/cytest && cd /tmp/cytest

cat > hello.pyx <<'EOF'
def say_hello():
    print("Hello from Cython")
EOF

cat > setup.py <<'EOF'
from setuptools import setup
from Cython.Build import cythonize
setup(ext_modules=cythonize("hello.pyx"))
EOF

python setup.py build_ext --inplace
python -c "import hello; hello.say_hello()"

Hello from Cython と表示されれば，C コードの生成とコンパイル，拡張モジュールの読み込みが正しく行われている。

仮想環境の終了

仮想環境から抜けるには，端末で，次のコマンドを実行する。

deactivate