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Linux で GSL (GNU Scientific Library) のビルドとインストール

GSL とは、 種々の関数,ベクトル,行列等の数値計算に関する C プログラムを集めたライブラリです. この Web ページでは,GSL のビルドとインストールの手順を図解で説明する.

GSL (GNU Scientific Library) のベクトル,行列に関する機能 (機能の一部を紹介)は 別の Web ページを見てください。

C プログラムから GSL (GNU Scientific Library) の機能を呼び出すプログラムの見本と実行手順 別の Web ページを見てください。

※ Windows 上の Cygwin を使用しての GSL のビルドとインストールについては別のページで説明している.

※ 関連Webページ: Linux で開発環境やツールを整備

参考 Web ページ:

GNU Scientific Libraryリファレンス・マニュアル 日本語版

http://cygwin.com/packages/gsl/


事前準備


■ gsl をパッケージを用いてインストール

Ubuntu でパッケージを用いてインストールする場合の手順

◆ Ubuntu での操作手順(例)(パッケージを用いてインストールする場合

sudo apt-get -yV install gsl-bin
sudo apt-get -yV install libgsl0-dbg
sudo apt-get -yV install libgsl0-dev
sudo apt-get -yV install libgsl0ldbl

◆ Ubuntu での操作手順(例)(ソースパッケージを用いてビルドとインストールを行う場合

※ソースパッケージに関する設定については,別のページで説明している.

mkdir /tmp/gsl
cd /tmp/gsl

apt-get source libgsl0-dev
sudo apt-get -yV build-dep libgsl0-dev
cd gsl-1.14+dfsg
sudo dpkg-buildpackage -uc -us -rfakeroot 
cd ..
sudo dpkg -i *.deb

■ Linux で GSL のソースコードのダウンロードとビルドとインストールを行う場合の手順 (Ubuntu や Fedora を使用)

最新版を追いかけたい場合など

◆ GSL のソースコードのダウンロード

  1. GSL の Web ページを開く

    http://www.gnu.org/software/gsl/

    [image]
  2. ソースコードをダウンロードするために,この Web ページの下の方にある「GNU Mirror」をクリックする.

    [image]
  3. ミラーサイト一覧の Web ページが開くので確認する.

    [image]
  4. 日本のミラーサイトを選ぶために,この Web ページの下の方にある「ftp://core.ring.gr.jp/pub/GNU」をクリックする.

    [image]
  5. ダウンロード用のサーバに接続し,GNU ソフトウエアのディレクトリ一覧が表示されるので確認する.

    [image]
  6. GSL をダウンロードするために,この Web ページの下の方にある「GSL」をクリックする.

    [image]
  7. さまざまな版のファイルが表示される.

    [image]
  8. 最新版の gsl-1.15.tar.gz をクリックする.ダウンロードが始まる

    [image]
  9. ダウンロードしたファイルを/tmp 下に置く.
  10. 解凍する.

    cd /tmp
    tar -xvzof gsl-1.15.tar.gz
    

    [image]

    解凍して出来るファイルは次のようになる.

    [image]

    ◆ ソフトウエア開発環境などのインストール

    ◆ ビルドの前に決めておく事項


    ◆ GSL のビルドとインストール

    1. configure の実行

      「CFLAGS="-O0 ..."」の「-O0」は,gcc バージョン 4.1 以降のオプティマイザのバグの回避のために入れる. これが無いと,make check のときにエラーが出る(2009/06 時点).

      ※ エラーメッセージが出ないことを確認すること.

      cd /tmp
      cd gsl-1.15
      CFLAGS="-O0 -fexceptions -ftree-vectorize" ./configure --prefix=/usr/local
      

      [image]

      Core2 プロセッサであり,かつ,64 ビット Linux を使っている場合.

      • 64 ビット Linux なので「-m64」を付ける.
      • Core2 プロセッサなので「-mfpmath=sse -msse4.1 -march=native」を付ける.

        ※ -march=native は Pentium 系のマシンにおいて「そのマシンの CPU に特化したコードを生成する」という意味.詳しくは「gcc -E -v -march=native -」

      つまり, 「CFLAGS="-O0 -fexceptions -m64 -mfpmath=sse -msse4.1 -march=native -ftree-vectorize" ./configure --prefix=/usr/local」のようにしてもいいでしょう

      [image]
    2. make の実行

      make
      

      [image]
    3. make の結果の確認

      ※ エラーメッセージが出ないことを確認すること.

      [image]
    4. make check の実行

      引き続き,次の操作を行い, GSL に付属のテストプログラムを起動してみる.テストに失敗するとエラーメッセージが出る.詳細は,ファイル名 log に起動される.

      ※ 長い時間(数分以上)を要する.エラーメッセージが出なければ安心していいでしょう.

      make check
      

      [image]
    5. make check の結果の確認

      「FAIL」と表示されていないこと.

      [image]
    6. sudo make install の実行

      引き続き,次の操作を行う.

      ※ エラーメッセージが出ないことを確認すること.

      sudo make install
      

      インストールの結果,/usr/local/lib には,libgsl.a, libgsl.la, libgslcblas.a, libgslcblas.la などが増えます.

      [image]
    7. /sbin/ldconfig の実行

      (参考)参考 Web ページの紹介

      「研究のツールボックス (4)」の Web ページ(http://www.ai-gakkai.or.jp/jsai/journal/toolbox/04/#FOURTH)に,GSL のとても分かりやすいサンプルファイルが公開されている.そのコンパイルと実行結果の様子を,参考のために,載せておきます.

      乱数

      [image]

      固有値,固有ベクトル

      [image]

      行列とベクトル

      [image]

      GSL のビルドとインストール (Intel コンパイラを使用する場合)

      1. configure の実行

        ※ エラーメッセージが出ないことを確認すること.

        cd /tmp
        cd gsl-1.12
        CC=icc CFLAGS="-O2 -prec-div -prec-sqrt -fp-model precise -static -ip -parallel -par-threshold=90" ./configure --prefix=/usr/local
        

        Core2 プロセッサ の場合は, 「CC=icc CFLAGS="-O2 -prec-div -prec-sqrt -fp-model precise -static -ip -xSSE4.1 -parallel -par-threshold=90" ./configure --prefix=/usr/local」 のようにしてもいいでしょう

        [image]
      2. make の実行

        make
        

        [image]
      3. make の結果の確認

        ※ エラーメッセージが出ないことを確認すること.

        [image]
      4. make check の実行

        引き続き,次の操作を行い, GSL に付属のテストプログラムを起動してみる.テストに失敗するとエラーメッセージが出る.詳細は,ファイル名 log に起動される.

        ※ 長い時間(数分以上)を要する.エラーメッセージが出なければ安心していいでしょう.

        make check
        

        [image]
      5. make check の結果の確認

        「FAIL」と表示されていないこと.

        [image]
      6. make install の実行

        引き続き,次の操作を行う.

        ※ エラーメッセージが出ないことを確認すること.

        make install
        

        インストールの結果,/usr/local/lib には,libgsl.a, libgsl.la, libgslcblas.a, libgslcblas.la が増えます.

        [image]
      7. /sbin/ldconfig の実行

        (参考)参考 Web ページの紹介

        「研究のツールボックス (4)」の Web ページ(http://www.ai-gakkai.or.jp/jsai/journal/toolbox/04/#FOURTH)に,GSL のとても分かりやすいサンプルファイルが公開されている.そのコンパイルと実行結果の様子を,参考のために,載せておきます.

        乱数

        [image]

        固有値,固有ベクトル

        [image]

        行列とベクトル

        [image]

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