トップページ -> インストール,設定,利用 -> Ubuntu -> R バージョン 3.1.1 のインストール(Ubuntu 上)
[サイトマップへ], [サイト内検索へ]

R バージョン 3.1.1 のインストール(Ubuntu 上)

この Web ページでは,Ubuntu での R (バージョン 3.1.1) のインストール手順を説明する

サイト内の関連ページ

参考Webページ: http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%A4%CE%A5%D8%A5%EB%A5%D7%B5%A1%C7%BD


Ubuntu で,R をパッケージを用いてインストールしたい場合の手順

前準備

Ubuntu でパッケージを用いてインストールする場合の手順

  1. ミラーサイトの選択 (Select one from the CRAN Mirrors List)

    http://cran.r-project.org/mirrors.html

    [image]
  2. R に関するレポジトリを設定するスクリプト  (Automated Script to setup a repository for R)

    レポジトリを設定する.

    なるべく楽をしたいので,スクリプトを作った.

    export RELEASE=`lsb_release -sc`
    sudo add-apt-repository --yes "deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu ${RELEASE}/" 
    sudo apt-get update
    

    ◆ Ubuntu での実行結果の例

    [image]
  3. R のパッケージのダウンロードとインストールを行うスクリプト  (Automated Script to download and install R packages)

    sudo apt-get -y update
    sudo apt-get -y upgrade
    #
    sudo apt-get install   r-base
    sudo apt-get install   r-base-core
    sudo apt-get install   r-base-dev
    sudo apt-get install   r-recommended
    sudo apt-get install   r-mathlib
    sudo apt-get install   r-cran-boot
    sudo apt-get install   r-cran-class
    sudo apt-get install   r-cran-cluster
    sudo apt-get install   r-cran-codetools
    sudo apt-get install   r-cran-foreign
    sudo apt-get install   r-cran-hmisc
    sudo apt-get install   r-cran-kernsmooth
    sudo apt-get install   r-cran-lattice
    sudo apt-get install   r-cran-mass
    sudo apt-get install   r-cran-matrix
    sudo apt-get install   r-cran-mgcv
    sudo apt-get install   r-cran-nlme
    sudo apt-get install   r-cran-nnet
    sudo apt-get install   r-cran-rcmdr
    sudo apt-get install   r-cran-rpart
    sudo apt-get install   r-cran-spatial
    sudo apt-get install   r-cran-survival
    sudo apt-get install   r-cran-vr
    sudo apt-get install   r-cran-rodbc
    sudo apt-get install littler 
    
  4. ライブラリの確認 (Examine R libraries installed)

    ls /usr/lib/R/
    

    [image]
  5. 起動してみる

    R
    

    [image]
  6. Cran Task View を用いて、 いくつかのタスク・ビューをインストール
    #!/bin/bash
    
    # ctv
    echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r 
    echo 'install.packages("ctv", repos="http://cran.rstudio.com/") ' >> /tmp/a.$$.r
    cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    
    for i in Cluster Graphics MachineLearning Multivariate NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do 
      echo $i
      rm -f /tmp/a.$$.r 
      echo "options(repos=\"http://cran.rstudio.com\") " > /tmp/a.$$.r 
      echo "library(ctv); install.views(\"$i\", repos=\"http://cran.rstudio.com/\") " >> /tmp/a.$$.r
      cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    done
    
  7. R のパッケージの更新

    操作手順例

    #!/bin/bash
    
    echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com/"); update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)' | sudo R --vanilla
    
  8. biocLite を用いて全パッケージをインストール
    #!/bin/bash
    
    rm -f /tmp/a.$$.r 
    echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\") " > /tmp/a.$$.r 
    echo "biocLite(groupName=\"all\") " >> /tmp/a.$$.r 
    cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    

    一部分のパッケージのみをインストールしたい場合には次のように操作する.

    #!/bin/bash
    
    for i in eEBImage qvalue osmar Rgraphviz hypergraph RBGL GraphPart; do 
      echo $i
      rm -f /tmp/a.$$.r 
      echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > /tmp/a.$$.r 
      echo "biocLite(\"$i\")" >> /tmp/a.$$.r 
      cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
    done
    

    Ubuntu で R をソースコードからビルドしたい場合の手順例

    1. (オプション)パッケージを用いてインストールした R の削除

      sudo apt-get --purge remove r-doc-html
      sudo apt-get --purge remove r-base
      sudo apt-get --purge remove r-base-core  
      sudo apt-get --purge remove r-base-dev
      sudo apt-get --purge remove r-recommended
      
    2. Oracle Java (JDK) 8 のインストール

      add-apt-repository ppa:webupd8team/java
      sudo apt-get update
      sudo apt-get install oracle-java8-installer
      sudo update-java-alternatives -s java-8-oracle
      java -version
      

      [image]

      [image]

      [image]

      [image]
    3. 前提ソフトウエアのインストール

      sudo apt-get -y  install libgfortran3 
      sudo apt-get -y  install liblapack-dev
      sudo apt-get -y  install libopenblas-base
      sudo apt-get -y  install libopenblas-dev
      sudo apt-get -y  install texlive-latex-base
      sudo apt-get -y install  cdbs dh-translations gfortran gfortran intltool 
      sudo apt-get -y install  libbz2-dev libjpeg-dev libjpeg-turbo8-dev
      sudo apt-get -y install  libjpeg8-dev libncurses5-dev libpng12-dev
      sudo apt-get -y install  libreadline-dev libreadline6-dev libtinfo-dev 
      sudo apt-get -y install  python-scour tcl tk tcl-dev tk-dev zlib1g-dev
      
    4. ソースコードからのビルド

      「JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle」や「JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64」の部分に設定するディレクトリは、前もって update-java-alternatives で確認してください

      ■ java-8-oracle を使う場合の手順例

      cd /tmp
      wget http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
      rm -rf /tmp/R-3.1.1
      tar -xvzof R-3.1.1.tar.gz
      cd R-3.1.1
      JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle R_HOME=/usr/local/lib/R ./configure --prefix=/usr/local --with-cairo --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk --with-system-bzlib --with-system-pcre --with-system-zlib  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling --enable-R-shlib --disable-memory-profiling --with-recommended-packages
      make
      make pdf
      sudo make install
      sudo R CMD javareconf 
      

      ■ /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64 を使う場合の手順例

      cd /tmp
      wget http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
      rm -rf /tmp/R-3.1.1
      tar -xvzof R-3.1.1.tar.gz
      cd R-3.1.1
      JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64 R_HOME=/usr/local/lib/R ./configure --prefix=/usr/local --with-cairo --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk --with-system-bzlib --with-system-pcre --with-system-zlib --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling --enable-R-shlib --disable-memory-profiling --with-tcltk --with-recommended-packages
      make
      make pdf
      sudo make install
      sudo R CMD javareconf 
      
    5. Cran Task View を用いて、 いくつかのタスク・ビューをインストール
      #!/bin/bash
      
      # ctv
      echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r 
      echo 'install.packages("ctv", repos="http://cran.rstudio.com/") ' >> /tmp/a.$$.r
      cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
      
      for i in Cluster Graphics MachineLearning Multivariate NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do 
        echo $i
        rm -f /tmp/a.$$.r 
        echo "options(repos=\"http://cran.rstudio.com\") " > /tmp/a.$$.r 
        echo "library(ctv); install.views(\"$i\", repos=\"http://cran.rstudio.com/\") " >> /tmp/a.$$.r
        cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
      done
      
    6. R のパッケージの更新

      操作手順例

      #!/bin/bash
      
      echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com/"); update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)' | sudo R --vanilla
      
    7. biocLite を用いて全パッケージをインストール
      #!/bin/bash
      
      rm -f /tmp/a.$$.r 
      echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\") " > /tmp/a.$$.r 
      echo "biocLite(groupName=\"all\") " >> /tmp/a.$$.r 
      cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
      

      一部分のパッケージのみをインストールしたい場合には次のように操作する.

      #!/bin/bash
      
      for i in EBImage qvalue osmar Rgraphviz hypergraph RBGL GraphPart; do 
        echo $i
        rm -f /tmp/a.$$.r 
        echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > /tmp/a.$$.r 
        echo "biocLite(\"$i\")" >> /tmp/a.$$.r 
        cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
      done
      

    本サイトは金子邦彦研究室のWebページです.サイトマップは,サイトマップのページをご覧下さい. 本サイト内の検索は,サイト内検索のページをご利用下さい.

    問い合わせ先: 金子邦彦(かねこ くにひこ) [image]