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R バージョン 3.1.1 のインストール（Ubuntu 上）

このページでは，Ubuntu での R (バージョン 3.1.1) のインストール手順を説明する

【サイト内の関連ページ】

【関連する外部ページ】 http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%A4%CE%A5%D8%A5%EB%A5%D7%B5%A1%C7%BD （現在は存在しない）

前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは， 端末で，次のコマンドを実行する．

Ubuntu のインストールは別ページ »で説明 

sudo apt -y update
sudo apt -yV upgrade
sudo /sbin/shutdown -r now

R のインストール

  1. ミラーサイトの選択 (Select one from the CRAN Mirrors List)

    http://cran.r-project.org/mirrors.html

  2. R に関するレポジトリを設定するスクリプト　 (Automated Script to setup a repository for R)

    レポジトリを設定する．

    なるべく楽をしたいので，スクリプトを作った． 

    export RELEASE=`lsb_release -sc`
gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -
sudo add-apt-repository --yes "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu ${RELEASE}-cran40/"  
sudo apt -y update

    ◆ Ubuntu での実行結果の例

  3. R システムのパッケージのダウンロードとインストールを行うスクリプト　 (Automated Script to download and install R packages) 
    sudo apt-get -y update
sudo apt-get -y upgrade
#
sudo apt -y install   r-base
sudo apt -y install   r-base-core
sudo apt -y install   r-base-dev
sudo apt -y install   r-recommended
sudo apt -y install   r-mathlib
sudo apt -y install   r-cran-boot
sudo apt -y install   r-cran-class
sudo apt -y install   r-cran-cluster
sudo apt -y install   r-cran-codetools
sudo apt -y install   r-cran-foreign
sudo apt -y install   r-cran-hmisc
sudo apt -y install   r-cran-kernsmooth
sudo apt -y install   r-cran-lattice
sudo apt -y install   r-cran-mass
sudo apt -y install   r-cran-matrix
sudo apt -y install   r-cran-mgcv
sudo apt -y install   r-cran-nlme
sudo apt -y install   r-cran-nnet
sudo apt -y install   r-cran-rcmdr
sudo apt -y install   r-cran-rpart
sudo apt -y install   r-cran-spatial
sudo apt -y install   r-cran-survival
sudo apt -y install   r-cran-vr
sudo apt -y install   r-cran-rodbc
sudo apt -y install littler
  4. ライブラリの確認 (Examine R libraries installed) 
    ls /usr/lib/R/
  5. 起動してみる 
    R
  6. Cran Task View を用いて、 いくつかのタスク・ビューをインストール 
    #!/bin/bash

# ctv
echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r 
echo 'install.packages("ctv", repos="http://cran.rstudio.com/") ' >> /tmp/a.$$.r
cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 

for i in Cluster Graphics MachineLearning Multivariate NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do 
  echo $i
  rm -f /tmp/a.$$.r 
  echo "options(repos=\"http://cran.rstudio.com\") " > /tmp/a.$$.r 
  echo "library(ctv); install.views(\"$i\", repos=\"http://cran.rstudio.com/\") " >> /tmp/a.$$.r
  cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
done
  7. R システムのパッケージの更新

    操作手順例 

    #!/bin/bash

echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com/"); update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)' | sudo R --vanilla
  8. biocLite を用いて全パッケージをインストール 
    #!/bin/bash

rm -f /tmp/a.$$.r 
echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\") " > /tmp/a.$$.r 
echo "biocLite(groupName=\"all\") " >> /tmp/a.$$.r 
cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla

    一部分のパッケージのみをインストールしたい場合には次のように操作する． 

    #!/bin/bash

for i in eEBImage qvalue osmar Rgraphviz hypergraph RBGL GraphPart; do 
  echo $i
  rm -f /tmp/a.$$.r 
  echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > /tmp/a.$$.r 
  echo "biocLite(\"$i\")" >> /tmp/a.$$.r 
  cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
done

Ubuntu で R システムをソースコードからビルドしたい場合の手順例

  1. （オプション）パッケージを用いてインストールした R の削除 
    sudo apt-get --purge remove r-doc-html
sudo apt-get --purge remove r-base
sudo apt-get --purge remove r-base-core  
sudo apt-get --purge remove r-base-dev
sudo apt-get --purge remove r-recommended
  2. Oracle Java (JDK) 8 のインストール 
    add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt -y update
sudo apt -y install oracle-java8-installer
sudo update-java-alternatives -s java-8-oracle
java -version
  3. 前提ソフトウェアのインストール 
    sudo apt-get -y  install libgfortran3 
sudo apt-get -y  install liblapack-dev
sudo apt-get -y  install libopenblas-base
sudo apt-get -y  install libopenblas-dev
sudo apt-get -y  install texlive-latex-base
sudo apt -y install  cdbs dh-translations gfortran gfortran intltool 
sudo apt -y install  libbz2-dev libjpeg-dev libjpeg-turbo8-dev
sudo apt -y install  libjpeg8-dev libncurses5-dev libpng12-dev
sudo apt -y install  libreadline-dev libreadline6-dev libtinfo-dev 
sudo apt -y install  python-scour tcl tk tcl-dev tk-dev zlib1g-dev
  4. ソースコードからのビルド

    「JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle」や「JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64」の部分に設定するディレクトリは、前もって update-java-alternatives で確認してください

    * java-8-oracle を使う場合の手順例 

    cd /tmp
wget http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
rm -rf /tmp/R-3.1.1
tar -xvzof R-3.1.1.tar.gz
cd R-3.1.1
JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle R_HOME=/usr/local/lib/R ./configure --prefix=/usr/local --with-cairo --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk --with-system-bzlib --with-system-pcre --with-system-zlib  --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling --enable-R-shlib --disable-memory-profiling --with-recommended-packages
make
make pdf
sudo make install
sudo R CMD javareconf

    * /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64 を使う場合の手順例 

    cd /tmp
wget http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
rm -rf /tmp/R-3.1.1
tar -xvzof R-3.1.1.tar.gz
cd R-3.1.1
JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64 R_HOME=/usr/local/lib/R ./configure --prefix=/usr/local --with-cairo --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk --with-system-bzlib --with-system-pcre --with-system-zlib --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling --enable-R-shlib --disable-memory-profiling --with-tcltk --with-recommended-packages
make
make pdf
sudo make install
sudo R CMD javareconf
  5. Cran Task View を用いて、 いくつかのタスク・ビューをインストール 
    #!/bin/bash

# ctv
echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com") ' > /tmp/a.$$.r 
echo 'install.packages("ctv", repos="http://cran.rstudio.com/") ' >> /tmp/a.$$.r
cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 

for i in Cluster Graphics MachineLearning Multivariate NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do 
  echo $i
  rm -f /tmp/a.$$.r 
  echo "options(repos=\"http://cran.rstudio.com\") " > /tmp/a.$$.r 
  echo "library(ctv); install.views(\"$i\", repos=\"http://cran.rstudio.com/\") " >> /tmp/a.$$.r
  cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
done
  6. R システムのパッケージの更新

    操作手順例 

    #!/bin/bash

echo 'options(repos="http://cran.rstudio.com/"); update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)' | sudo R --vanilla
  7. biocLite を用いて全パッケージをインストール 
    #!/bin/bash

rm -f /tmp/a.$$.r 
echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\") " > /tmp/a.$$.r 
echo "biocLite(groupName=\"all\") " >> /tmp/a.$$.r 
cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla

    一部分のパッケージのみをインストールしたい場合には次のように操作する． 

    #!/bin/bash

for i in EBImage qvalue osmar Rgraphviz hypergraph RBGL GraphPart; do 
  echo $i
  rm -f /tmp/a.$$.r 
  echo "source(\"http://bioconductor.org/biocLite.R\")" > /tmp/a.$$.r 
  echo "biocLite(\"$i\")" >> /tmp/a.$$.r 
  cat /tmp/a.$$.r | sudo R --vanilla 
done