R のインストール（Ubuntu 上）

このページでは，Ubuntu での R のインストール手順を説明する．CRAN が提供する Ubuntu 用リポジトリを用いることで，Ubuntu の標準リポジトリよりも新しい R 4.6 系を導入できる．

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前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは， 端末で，次のコマンドを実行する。これは、パッケージ情報を最新の状態に保ち、インストール済みのパッケージをセキュリティアップデートやバグ修正を含めて更新するためである。

Ubuntu のインストールはこちらの別ページで説明する。 
# パッケージリストの情報を更新
sudo apt update
# インストール済みのパッケージを包括的に更新 (依存関係も考慮)
sudo apt full-upgrade
# カーネル更新等で実際に再起動が必要な場合のみ実行を推奨
# sudo shutdown -r now

R のインストール

  1. CRAN ミラーサイトの確認 (CRAN Mirrors List)

    https://cran.r-project.org/mirrors.html

    後述の手順で使用する https://cloud.r-project.org は，接続元に近いミラーサイトへ自動的に振り分けられるため，ミラーサイトを個別に指定する必要はない．

  2. R のリポジトリの設定 (Setup a repository for R)

    端末で，次のコマンドを実行する． lsb_release -cs により，Ubuntu のコード名（jammy, noble, resolute など）が自動的に設定される．リポジトリ名の cran40 は R 4.0 でのバイナリ互換性の区切りに由来する名前であり，実際にインストールされるのは現行の R 4.6 系である． 

    # 補助パッケージのインストール
sudo apt update
sudo apt -y install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr wget
# CRAN の署名鍵 (Michael Rutter による署名鍵) の追加
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# 署名鍵のフィンガープリントの確認 (E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 であること)
gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# リポジトリの追加
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
sudo apt update

    ◆ Ubuntu での実行結果の例

  3. R システムのパッケージのインストール

    r-base のインストールにより，r-base-core と r-recommended も同時に導入される．R のパッケージをソースからビルドする場合には r-base-dev が必要である． 

    sudo apt update
sudo apt -y install   r-base
sudo apt -y install   r-base-core
sudo apt -y install   r-base-dev
sudo apt -y install   r-recommended
sudo apt -y install   r-mathlib
sudo apt -y install   r-cran-boot
sudo apt -y install   r-cran-class
sudo apt -y install   r-cran-cluster
sudo apt -y install   r-cran-codetools
sudo apt -y install   r-cran-foreign
sudo apt -y install   r-cran-hmisc
sudo apt -y install   r-cran-kernsmooth
sudo apt -y install   r-cran-lattice
sudo apt -y install   r-cran-mass
sudo apt -y install   r-cran-matrix
sudo apt -y install   r-cran-mgcv
sudo apt -y install   r-cran-nlme
sudo apt -y install   r-cran-nnet
sudo apt -y install   r-cran-rcmdr
sudo apt -y install   r-cran-rpart
sudo apt -y install   r-cran-spatial
sudo apt -y install   r-cran-survival
sudo apt -y install   r-cran-rodbc
sudo apt -y install   r-cran-littler
    CRAN と Bioconductor の多数のパッケージを Ubuntu のバイナリパッケージとして導入したい場合は，r2u プロジェクト（https://github.com/eddelbuettel/r2u）を利用する．従来の c2d4u プロジェクトは更新が停止している．
  4. ライブラリの確認 (Examine R libraries installed) 
    ls /usr/lib/R/
  5. バージョンの確認と起動 
    R --version
R
  6. CRAN Task View を用いた，タスク・ビューのインストール

    タスク・ビューは，特定の分野に関連するパッケージ群をまとめたものである．ctv パッケージによりまとめて導入できる． 

    #!/bin/bash

sudo Rscript -e 'install.packages("ctv", repos="https://cloud.r-project.org/")'

for i in Cluster DynamicVisualizations MachineLearning NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do
  echo $i
  sudo Rscript -e "ctv::install.views(\"$i\", repos=\"https://cloud.r-project.org/\")"
done
  7. R システムのパッケージの更新

    操作手順例 

    #!/bin/bash

sudo Rscript -e 'update.packages(repos="https://cloud.r-project.org/", checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)'
  8. BiocManager を用いた Bioconductor パッケージのインストール

    Bioconductor のパッケージ管理は，BiocManager パッケージで行う（旧来の biocLite() は廃止されている）． 

    #!/bin/bash

sudo Rscript -e 'install.packages("BiocManager", repos="https://cloud.r-project.org/")'

for i in EBImage qvalue Rgraphviz graph RBGL; do
  echo $i
  sudo Rscript -e "BiocManager::install(\"$i\", ask=FALSE, update=FALSE)"
done
    インストール済みの Bioconductor パッケージの更新は次のコマンドで行う． 
    sudo Rscript -e 'BiocManager::install(ask=FALSE)'

Ubuntu で R システムをソースコードからビルドしたい場合の手順例

  1. （オプション）パッケージを用いてインストールした R の削除 
    sudo apt-get --purge remove r-doc-html
sudo apt-get --purge remove r-base
sudo apt-get --purge remove r-base-core
sudo apt-get --purge remove r-base-dev
sudo apt-get --purge remove r-recommended
  2. Java 開発環境 (OpenJDK) のインストール

    R から Java を利用する機能（rJava など）を有効にする場合に必要である．Ubuntu の標準リポジトリの OpenJDK を用いる． 

    sudo apt update
sudo apt -y install default-jdk
java -version
# JAVA_HOME に設定するディレクトリの確認
sudo update-java-alternatives -l
  3. 前提ソフトウェアのインストール 
    sudo apt -y install build-essential gfortran
sudo apt -y install libreadline-dev libncurses5-dev
sudo apt -y install libbz2-dev liblzma-dev zlib1g-dev libpcre2-dev
sudo apt -y install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev
sudo apt -y install libblas-dev liblapack-dev libopenblas-dev
sudo apt -y install libpng-dev libjpeg-dev libtiff-dev libcairo2-dev
sudo apt -y install libx11-dev libxt-dev tcl-dev tk-dev
sudo apt -y install texinfo texlive-latex-base texlive-fonts-extra
  4. ソースコードからのビルド

    JAVA_HOME に設定するディレクトリは，前もって update-java-alternatives -l で確認する．次の手順例では /usr/lib/jvm/java-21-openjdk-amd64 を用いている．

    ビルドするバージョンは https://cran.r-project.org/src/base/R-4/ で確認する．次の手順例は R 4.6.1 の場合である． 

    cd /tmp
wget https://cloud.r-project.org/src/base/R-4/R-4.6.1.tar.gz
rm -rf /tmp/R-4.6.1
tar -xvzof R-4.6.1.tar.gz
cd R-4.6.1
JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-21-openjdk-amd64 ./configure --prefix=/usr/local --with-cairo --with-jpeglib --with-readline --with-tcltk --with-system-bzlib --with-pcre2 --with-system-zlib --with-blas --with-lapack --enable-R-profiling --enable-R-shlib --disable-memory-profiling --with-recommended-packages
make
sudo make install
sudo R CMD javareconf
  5. インストールされた R のバージョンの確認 
    R --version
  6. CRAN Task View を用いた，タスク・ビューのインストール 
    #!/bin/bash

sudo Rscript -e 'install.packages("ctv", repos="https://cloud.r-project.org/")'

for i in Cluster DynamicVisualizations MachineLearning NaturalLanguageProcessing Robust Spatial SpatioTemporal TimeSeries; do
  echo $i
  sudo Rscript -e "ctv::install.views(\"$i\", repos=\"https://cloud.r-project.org/\")"
done
  7. R システムのパッケージの更新

    操作手順例 

    #!/bin/bash

sudo Rscript -e 'update.packages(repos="https://cloud.r-project.org/", checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)'
  8. BiocManager を用いた Bioconductor パッケージのインストール 
    #!/bin/bash

sudo Rscript -e 'install.packages("BiocManager", repos="https://cloud.r-project.org/")'

for i in EBImage qvalue Rgraphviz graph RBGL; do
  echo $i
  sudo Rscript -e "BiocManager::install(\"$i\", ask=FALSE, update=FALSE)"
done
    インストール済みの Bioconductor パッケージの更新は次のコマンドで行う． 
    sudo Rscript -e 'BiocManager::install(ask=FALSE)'