Ubuntu で pyenv, Anaconda 5.3.0, Python 2.7.15, 各種パッケージのインストール

pyenvは，Python をインストールするのに便利なツールである．システムの Python とPython の仮想環境の作成と利用が簡単にできる機能もある． Anaconda は，Python バージョン 3 の言語処理系と，開発環境 (Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Spyder) と，各種ツールの詰め合わせである．

ここで行うこと．

pyenv をインストールする．pyenv の配下に Anaconda 5.3.0 (Python 3.6 同封）、Python 2.7.15 をインストールする．それらにパッケージを追加する．

【目次】

前準備 (preparation)
pyenv のインストールと設定 (Install pyenv, and its settings)
pyenv を用いて Anaconda 5.3.0 のインストール
pyenv を用いて Python 2.7.15 のインストール
pyenv の確認 (Examine pyenv)
pyenv の Anaconda 5.3.0 環境での各種パッケージのインストール
pyenv の Anaconda 5.3.0 環境で spyder 開発版のインストール
pyenv の Anaconda 5.3.0 環境で SWIG を使ってみる
Python 3.6 系での既知のバグ
pyenv の Python 2.7.15 環境での各種パッケージのインストール
(オプション) Ubuntu 版 Graphviz のインストール (Optionally, Install Graphviz for Ubuntu)
Python パッケージのインストール (Install / Upgrade Recommended Python Packages)

サイト内の関連 Web ページ:

前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは，端末で，次のコマンドを実行する．

Ubuntu のインストールは別ページ »で説明

sudo apt -y update
sudo apt -yV upgrade
sudo /sbin/shutdown -r now

C/C++ コンパイラー，make，パッケージツールのインストール（Ubuntu 上）

インストールするには，端末で，次のコマンドを実行する．

sudo apt -y install build-essential gcc g++ make libtool texinfo dpkg-dev pkg-config

git, wget，libbz2-dev，libreadline-dev，libssl-dev，libsqlite3-dev のインストール

端末で，次のコマンドを実行する．

sudo apt -y update
sudo apt -y install --no-install-recommends make build-essential libssl-dev zlib1g-dev libbz2-dev libreadline-dev libsqlite3-dev wget curl llvm libncurses5-dev xz-utils tk-dev libxml2-dev libxmlsec1-dev libffi-dev liblzma-dev

pyenv のインストールと設定

pyenv のダウンロード (Download pyenv)

cd /tmp
git clone https://github.com/pyenv/pyenv.git ~/.pyenv

pyenv の更新 (Updata pyenv)
```
cd ~/.pyenv
git pull
```

pyenv の設定 (Settings of pyenv)

echo 'export PYENV_ROOT="${HOME}/.pyenv"' >> ~/.bashrc
echo 'if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then' >> ~/.bashrc
echo '    export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
echo '    eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
echo 'fi' >> ~/.bashrc
exec $SHELL -l

pyenv を用いて Anaconda 5.3.0 のインストール

新しく端末を開く
インストールするPython のバージョンの確認 (decide the version)
```
pyenv rehash 
pyenv install -l 
```
インストールできる Anaconda3 のバージョンの確認 (Anaconda Versions)
```
pyenv install -l | grep anaconda 
```

Anaconda3 の前提ソフトウェアのインストール (Install libraries)

sudo apt -y update
sudo apt -y install libbz2-dev libsqlite3-dev libssl-dev libreadline-dev libpng-dev libjpeg-dev zlib1g-dev libx11-dev libfreetype6-dev

Anaconda3 の最新版のインストールと設定 (Install Anaconda latest version)
下の実行例では anaconda3-5.3.0 をインストールしている
```
pyenv install anaconda3-5.3.0
```
確認 (Examine the python versions)
```
pyenv versions
```
「anaconda3-5.3.0」がインストールされたことが分かる
試しに、anaconda3-5.3.0 のPython を起動してみる (Try to launch anaconda3-5.3.0 Python)
「pyenv shell anaconda3-5.3.0」は、anaconda3-5.3.0 のPythonの使用を開始するためのコマンド
```
pyenv shell anaconda3-5.3.0
python 
print(1 + 2)
exit()
```
試しに spyder を起動してみる
```
pyenv shell anaconda3-5.3.0
spyder
```
spyder の画面が開くことを確認する

pyenv を用いて Python 2.7.15 のインストール

新しく端末を開く
システムの python のバージョンの確認
Ubuntu 18.04 での実行結果の例
インストールするPython のバージョンの確認 (decide the version)
```
pyenv rehash 
pyenv install -l 
```
インストールできる Python 2 のバージョンの確認
```
pyenv install -l | grep 2.
```
Python 2.7.15 のインストールと設定 (Install Python 2.7.15 and Settings)
```
pyenv install 2.7.15
```
確認 (Examine the python versions)
```
pyenv versions
```
複数のPython がインストールされていることが分かる。
使用する Python の切り替えは次のコマンドで行う
- pyenv shell system
- pyenv shell 2.7.15
- pyenv shell anaconda3-5.3.0

試しに Python を起動してみる (Try to launch Python)

pyenv shell 2.7.15
python 
print(1 + 2)
exit()
pyenv shell anaconda3-5.3.0
python 
print(1 + 2)
exit()

（オプション）デフォルトで使用する Python の設定　(optionally, setting of default python)
- デフォルトで pyenv 配下の python 2.7.15 を使いたいときの設定
```
echo 'pyenv shell 2.7.15' >> ~/.bashrc
exec $SHELL -l
```
- デフォルトで pyenv 配下の anaconda3-5.3.0 を使いたいときの設定
```
echo 'pyenv shell anaconda3-5.3.0' >> ~/.bashrc
exec $SHELL -l
```

pyenv の確認 (Examine pyenv)

新しく端末を開く
~/.pyenv/versions ディレクトリ (~/.pyenv/versions directory)
```
ls ~/.pyenv/versions
```
pyenv により、pip と easy_install も設定される (pyenv do setting up easy_install and pip)
```
which pip
which easy_install
```

Python のパッケージも同時にインストールされる (Python packages are also installed)

pyenv shell 2.7.15
which pip
which easy_install
pip list

pyenv shell anaconda3-5.3.0
which pip
which easy_install
pip list

pyenv の Anaconda 5.3.0 環境での各種パッケージのインストール

まずは，Anaconda3 に、最新の conda-build パッケージが欲しい．次のコマンドを実行
* conda-buildパッケージは，condaパッケージを自前で作成するなどが簡単にできるためのツール．
```
pyenv shell anaconda3-5.3.0
conda install -y conda-build
```
* 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら， y + Enter で続行する．「反応が遅いなあ」と思ったら、Enter キーを押してみる．

pip の更新 (Update pip)

cd /tmp
sudo rm -f get-pip.py
curl -O https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python get-pip.py

setuptools, conda, conda-build の更新 (Update setuptools, conda and conda-build)
```
conda update -y setuptools
conda update -y conda
conda update -y conda-build
```
* 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら， y + Enter で続行する．「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる．
gcc_linux, gxx_linux のインストール・インストール済みパッケージの更新
```
conda install -y gcc_linux-64
conda install -y gxx_linux-64
conda update -y --all
```

各種パッケージのインストール

Anaconda では，「conda」という形式の Python のパッケージも、簡単に扱うことができる． Python のパッケージを追加することで，Python にいろいろな機能を追加することができる．conda を用いてPythonパッケージ以外のソフトウェアをインストールすることもできる

端末で，次のコマンドを実行する．

pyenv shell anaconda3-5.3.0
conda install -y numpy
conda install -y six
conda install -y protobuf
conda install -y pillow
conda install -y hdf5
conda install -y h5py
conda install -y chainer
#
conda install -y scikit-learn
conda install -y scikit-image
conda install -y matplotlib
conda install -y seaborn
conda install -y graphviz
conda install -y pydot
conda install -y yaml
conda install -y flask
conda install -y django
conda install -y sympy
conda install -y pandas
conda install -y sqlite
conda install -y redis
conda install -y scipy
conda install -y gensim
conda install -y opencv
conda install -y pylint
conda install -y bz2file
conda install -y PyOpenGL 
conda install -y ipykernel
# pip install ... か  github を使うもの
#  最初の conda ... は、下の pip でいれているものの前提ソフトウェア
conda install -y termcolor astor wheel setuptools six protobuf werkzeug markdown absl-py grpcio gast future six click cligj click-plugins munch fiona python-dateutil pytz pyproj shapely 
pip install git+https://github.com/msgpack/msgpack-python
pip install git+https://github.com/davisking/dlib
pip install git+https://github.com/ageitgey/face_recognition
pip install git+https://github.com/jrosebr1/imutils

pip install --ignore-installed --upgrade pyglet
pip install --ignore-installed --upgrade pygame
pip install --ignore-installed --upgrade cocos2d
pip install --ignore-installed --upgrade geopandas
pip install git+https://github.com/DinoTools/python-overpy
# conda-forge か pip install git+https://github... でインストールするもの
pip install git+https://github.com/python-visualization/folium
conda install -y -c conda-forge exifread
conda install -y -c conda-forge haversine
conda install -y -c conda-forge utm
conda install -y -c conda-forge gdal
#again
conda install -y conda
conda update -y --all

* 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら， y + Enter で続行する．「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる．

pyenv の Anaconda 5.3.0 環境で spyder 開発版のインストール

https://github.com/spyder-ide/spyder に記載の手順に従う

pyenv shell anaconda3-5.3.0
pip install -U PyQt5
pip install git+https://github.com/spyder-ide/spyder-kernels
pip install git+https://github.com/spyder-ide/qtpy
cd /tmp
git clone https://github.com/spyder-ide/spyder.git
cd spyder 
git pull 
python bootstrap.py
python setup.py install

「spyder」で、試しに起動してみる．

pyenv の Anaconda 5.3.0 環境で SWIG を使ってみる

SWIG のインストール (Install swig)

sudo apt -y update
sudo apt -y install swig

プログラムファイルの作成

http://www.swig.org/Doc1.3/Python.html#Python_nn6 に記載のサンプルプログラム

example.i

%module example

%{
#define SWIG_FILE_WITH_INIT
#include "example.h"
%}

int fact(int n);

example.c

#include "example.h"

int fact(int n) {
    if (n < 0){ /* This should probably return an error, but this is simpler */
        return 0;
    }
    if (n == 0) {
        return 1;
    }
    else {
        /* testing for overflow would be a good idea here */
        return n * fact(n-1);
    }
}

example.h
```
int fact(int n);
```

setup.py

#!/usr/bin/env python

"""
setup.py file for SWIG example
"""

from distutils.core import setup, Extension


example_module = Extension('_example',
                           sources=['example_wrap.c', 'example.c'],
                           )

setup (name = 'example',
       version = '0.1',
       author      = "SWIG Docs",
       description = """Simple swig example from docs""",
       ext_modules = [example_module],
       py_modules = ["example"],
       )

新しく端末を開く
プログラムファイルから、Python で実行可能にするためのファイルを作る
端末で次のように操作
```
pyenv shell anaconda3-5.3.0
swig -python example.i
python setup.py build_ext --inplace
ls -la example.* build 
```
python 処理系を起動し、次のプログラムを試してみる
```
import example
example.fact(4)
exit()
```

Python 3.6 系での既知のバグ

参考Webページ https://qiita.com/ruteshi_SI_shiteru/items/be6a58276bdbd67dc096

~/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.0/pkgs/pip-9.0.3-py36_0/lib/python3.6/site-packages/pip/compat/__init__.py をエディタで修正．

* 「pip-9.0.3-py36_0」のところは違うかも．

修正前

修正後

修正前

修正後

pyenv の Python 2.7.15 環境での各種パッケージのインストール

まずは，pip の更新
```
pyenv shell 2.7.15
cd /tmp
sudo rm -f get-pip.py
curl -O https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python get-pip.py
```
* 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら， y + Enter で続行する．「反応が遅いなあ」と思ったら、Enter キーを押してみる．