トップページインストール,使い方Windows の種々のソフトウェア(インストール,使い方)velocyto のインストール(Windows 上)

velocyto のインストール(Windows 上)

velocyto は,シングルセル RNA 解析の機能をもったソフトウェア

前準備

R システム,RTools のインストール(Windows 上)

Windows でのR システム,RTools のインストール: 別ページで説明している.

Boost のインストール

velocyto に必要.

Windows での Boost のインストール: 別ページで説明している.

velocyto のインストール手順

RTools の MinGW 64-bit に,必要なソフトウェアを追加

  1. Windows のスタートメニューで, 「Rtools 4.0」の下の「Rtools MinGW 64-bit 」を管理者として実行(右クリックメニューで「その他」,「管理者として実行」)
  2. 次の操作を行う
    pacman -Syy
    pacman -Su
    pacman -Ss toolchain
    pacman -S mingw-w64-i686-toolchain
    Enter キー
    Y
    pacman -S mingw-w64-x86_64-toolchain
    Enter キー
    Y
    pacman -Ss boost
    pacman -S mingw-w64-i686-boost
    Y
    pacman -S mingw-w64-x86_64-boost
    Y
    pacman -S mingw-w64-i686-cmake
    Y
    

RTools の MinGW 64-bit で Boost のインストール

  1. Windows のスタートメニューで, 「Rtools 4.0」の下の「Rtools MinGW 64-bit 」を管理者として実行(右クリックメニューで「その他」,「管理者として実行」)
  2. 次の操作を行う

    boost_1_75_0」は,実際のディレクトリに読み替えること

    cd "/C/Program Files/boost/boost_1_75_0"
    cd tools
    cd build
    bash bootstrap.sh
    cd "/C/Program Files/boost/boost_1_75_0"
    ./tools/build/b2 --build-dir=/usr/local/build --prefix=/usr/local --build-type=complete toolset=gcc link=static,shared threading=multi variant=release address-model=64 --layout=versioned install
    
  3. 引き続き,次の操作を行う
    cd /usr/local/lib
    ln -s libboost_system-mgw8-mt-x64-1_75.a libboost_system.a
    ln -s libboost_filesystem-mgw8-mt-x64-1_75.a libboost_filesystem.a
    

Windowsシステム環境変数の設定

Windowsシステム環境変数 LOCAL_LIBS を次のように設定

環境変数の設定は,マイコンピュータを右クリック → プロパティ→ 詳細設定 → 環境変数をクリック

    変数名:LOCAL_LIBS
    変数値:-L/usr/local/lib

R システムで devtools, BiocManager, pcaMethods, velocyto のインストール

  1. R システムを管理者として実行
  2. R で次を実行
    install.packages("devtools")
    library(devtools)
    install.packages("BiocManager")
    BiocManager::install("pcaMethods")
    install_github("velocyto-team/velocyto.R")