velocyto のインストール（Windows 上）

【概要】

velocyto は、単一細胞 RNA シーケンス解析（single-cell RNA-seq）で RNA velocity（細胞ごとの遺伝子発現の変化の向きと速さ）を推定するソフトウェアである。ここでは、Windows での velocyto.R のインストール手順を説明する。R システムと Rtools45 を導入し、Rtools45 に同梱の Boost ライブラリを velocyto.R がリンクできる名前で用意したうえで、R のパッケージとしてインストールする。

【目次】

1. 前準備
2. Boost ライブラリの準備
3. velocyto.R のインストールと確認

【関連する外部ページ】

velocyto.R の GitHub のページ：https://github.com/velocyto-team/velocyto.R
R システムの URL：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
Rtools の URL：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

【サイト内の関連情報】

Windows での R システムと Rtools のインストール：別ページ »で説明している。
Windows での Boost のインストール：別ページ »で説明している。

1. 前準備

R システムと Rtools45 のインストール（Windows 上）

R システムの URL：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
「Download R-4.6.1 for Windows」をクリックする。ダウンロードしたら実行し、画面の指示に従う。
Rtools の URL：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
「RTools 4.5」を選び、Rtools45 のインストーラをダウンロードする。ダウンロードしたら実行し、画面の指示に従う。Rtools45 は、R 4.5.0 以降（開発版を含む）で使用する現行のツールチェーンであり、R 4.6.1 でもこれを使用する。
インストール先は、既定の C:\rtools45 のままにする。既定の場所であれば、R が Rtools45 に同梱のヘッダとライブラリを自動的に見つけるため、環境変数の追加設定が不要になる。

Windows での R システムと Rtools のインストール：別ページ »で説明している。

2. Boost ライブラリの準備

velocyto.R は、C++ で書かれた部分を持ち、Boost（C++ の汎用ライブラリ集）の filesystem と system をリンクする。Rtools45 には Boost が同梱されているため、Boost を別途ビルドする必要はない。

ただし、Rtools45 に同梱の Boost のライブラリファイルは libboost_filesystem-mt-x64.a のように接尾辞が付いた名前である。一方、velocyto.R は接尾辞のない名前（-lboost_filesystem、-lboost_system）を指定してリンクする。そこで、接尾辞のない名前のコピーを作る。

管理者権限でコマンドプロンプトを起動する（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー → cmd と入力 → 右クリック → 「管理者として実行」）。

次のコマンドを実行する。1 行目でライブラリのあるディレクトリへ移動し、2 行目で実際のファイル名を確認し、3 行目と 4 行目で接尾辞のない名前のコピーを作る。

cd /d C:\rtools45\x86_64-w64-mingw32.static.posix\lib
dir libboost_filesystem*.a libboost_system*.a
copy libboost_filesystem-mt-x64.a libboost_filesystem.a
copy libboost_system-mt-x64.a libboost_system.a

dir で表示されたファイル名が上と異なる場合は、表示された名前に読み替えて copy を実行する。

3. velocyto.R のインストールと確認

velocyto.R が公式に対応を明示しているのは Unix 系システムである。Windows では、Rtools45 の GCC ツールチェーンを使ってソースからビルドする。

velocyto.R は、Bioconductor のパッケージである pcaMethods を必要とする。pcaMethods は CRAN にはないため、BiocManager を使って先にインストールする。

R システムを管理者として実行する。

R で次を実行する。

install.packages("devtools")
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("pcaMethods")
devtools::install_github("velocyto-team/velocyto.R")

インストールができたことを確認するため、R で次を実行する。エラーメッセージが出ずにプロンプトが戻れば、インストールは成功している。
```
library(velocyto.R)
```