velocyto のインストール（Windows 上）

前準備

R システム，RTools のインストール（Windows 上）

• R システムの URL: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/

  「Download R 4.x.x for Windows」をクリック． ダウンロードしたら実行する．画面の指示に従う．

• RTools の URL: https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

  「On Windows 64-bit:」の右横からダウンロード． ダウンロードしたら実行する．画面の指示に従う．

Windows でのR システム，RTools のインストール: 別ページ »で説明している．

Boost のインストール

velocyto に必要．

Windows での Boost のインストール: 別ページ »で説明している．

velocyto のインストール手順

RTools の MinGW 64-bit に，必要なソフトウェアを追加

1. Windows のスタートメニューで， 「Rtools 4.0」の下の「Rtools MinGW 64-bit 」を管理者として実行（右クリックメニューで「その他」，「管理者として実行」）
2. 次の操作を行う

   pacman -Syy
   pacman -Su
   pacman -Ss toolchain
   pacman -S mingw-w64-i686-toolchain
   Enter キー
   Y
   pacman -S mingw-w64-x86_64-toolchain
   Enter キー
   Y
   pacman -Ss boost
   pacman -S mingw-w64-i686-boost
   Y
   pacman -S mingw-w64-x86_64-boost
   Y
   pacman -S mingw-w64-i686-cmake
   Y
   

RTools の MinGW 64-bit で Boost のインストール

1. Windows のスタートメニューで， 「Rtools 4.0」の下の「Rtools MinGW 64-bit 」を管理者として実行（右クリックメニューで「その他」，「管理者として実行」）
2. 次の操作を行う

   「boost_1_75_0」は，実際のディレクトリに読み替えること

   cd "/C/Program Files/boost/boost_1_75_0"
   cd tools
   cd build
   bash bootstrap.sh
   cd "/C/Program Files/boost/boost_1_75_0"
   ./tools/build/b2 --build-dir=/usr/local/build --prefix=/usr/local --build-type=complete toolset=gcc link=static,shared threading=multi variant=release address-model=64 --layout=versioned install
   

3. 引き続き，次の操作を行う

   cd /usr/local/lib
   ln -s libboost_system-mgw8-mt-x64-1_75.a libboost_system.a
   ln -s libboost_filesystem-mgw8-mt-x64-1_75.a libboost_filesystem.a
   

Windows のシステム環境変数の設定

Windows のシステム環境変数 LOCAL_LIBS を次のように設定

    変数名：LOCAL_LIBS
    変数値：-L/usr/local/lib

R システムで devtools, BiocManager, pcaMethods, velocyto のインストール

1. R システムを管理者として実行
2. R で次を実行

   install.packages("devtools")
   library(devtools)
   install.packages("BiocManager")
   BiocManager::install("pcaMethods")
   install_github("velocyto-team/velocyto.R")