velocyto のインストール（Windows 上）

velocyto は，シングルセル RNA 解析の機能をもったソフトウェア

前準備

R システム，RTools のインストール（Windows 上）

R システムの URL: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
「Download R 4.x.x for Windows」をクリック．ダウンロードしたら実行する．画面の指示に従う．
RTools の URL: https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
「On Windows 64-bit:」の右横からダウンロード．ダウンロードしたら実行する．画面の指示に従う．

Windows でのR システム，RTools のインストール: 別ページ »で説明

Boost のインストール

velocyto に必要．

Windows での Boost のインストール: 別ページ »で説明

velocyto のインストール手順

RTools の MinGW 64-bit に，必要なソフトウェアを追加

Windows のスタートメニューで，「Rtools 4.0」の下の「Rtools MinGW 64-bit 」を管理者として実行（右クリックメニューで「その他」，「管理者として実行」）

次の操作を行う

pacman -Syy
pacman -Su
pacman -Ss toolchain
pacman -S mingw-w64-i686-toolchain
Enter キー
Y
pacman -S mingw-w64-x86_64-toolchain
Enter キー
Y
pacman -Ss boost
pacman -S mingw-w64-i686-boost
Y
pacman -S mingw-w64-x86_64-boost
Y
pacman -S mingw-w64-i686-cmake
Y

RTools の MinGW 64-bit で Boost のインストール

Windows のスタートメニューで，「Rtools 4.0」の下の「Rtools MinGW 64-bit 」を管理者として実行（右クリックメニューで「その他」，「管理者として実行」）

次の操作を行う

「boost_1_75_0」は，実際のディレクトリに読み替えること

cd "/C/Program Files/boost/boost_1_75_0"
cd tools
cd build
bash bootstrap.sh
cd "/C/Program Files/boost/boost_1_75_0"
./tools/build/b2 --build-dir=/usr/local/build --prefix=/usr/local --build-type=complete toolset=gcc link=static,shared threading=multi variant=release address-model=64 --layout=versioned install

引き続き，次の操作を行う

cd /usr/local/lib
ln -s libboost_system-mgw8-mt-x64-1_75.a libboost_system.a
ln -s libboost_filesystem-mgw8-mt-x64-1_75.a libboost_filesystem.a

Windows のシステム環境変数の設定

Windows のシステム環境変数 LOCAL_LIBS を次のように設定

環境変数の設定は，マイコンピュータを右クリック → プロパティ→ 詳細設定 → 環境変数をクリック

    変数名：LOCAL_LIBS
    変数値：-L/usr/local/lib

R システムで devtools, BiocManager, pcaMethods, velocyto のインストール

R システムを管理者として実行

R で次を実行

install.packages("devtools")
library(devtools)
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("pcaMethods")
install_github("velocyto-team/velocyto.R")