Alphafold のインストール（Ubuntu 上）（書きかけ）

【Alphafold】

Alphafold は，AI を用いたタンパク質構造解析のソフトウェア．

【関連する外部ページ】

Alphahold の公式 Github ページ: https://github.com/deepmind/alphafold

前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは，端末で，次のコマンドを実行する．

Ubuntu のインストールは別ページ »で説明

sudo apt -y update
sudo apt -yV upgrade
sudo /sbin/shutdown -r now

Alphafold のインストール（Ubuntu 上）

https://github.com/deepmind/alphafold に記載の手順に従う．

Alphafold のソースコードと reduced データベースのダウンロード

cd /usr/local
sudo rm -rf alphafold
sudo git clone https://github.com/deepmind/alphafold.git
sudo chown -R $USER alphafold

sudo apt install -y aria2

sudo mkdir /usr/local/reduced_genetic_db
sudo chown $USER /usr/local/reduced_genetic_db
cd /usr/local/alphafold
scripts/download_all_data.sh /usr/local/reduced_genetic_db reduced_dbs

前提ソフトウエアのインストール
pip3 install -r docker/requirements.txt
エラーメッセージが出たので，ここであきらめた．

Alphafold を実行してみる（書きかけ）

「your_protein.fasta」のところには FASTA ファイル名を指定．

python3 docker/run_docker.py \
  --fasta_paths=your_protein.fasta \
  --max_template_date=2022-01-01 \
  --data_dir=/usr/local/reduced_genetic_db \
  --output_dir=/home/user/absolute_path_to_the_output_dir