金子邦彦研究室人工知能Ubuntu で動く人工知能関係 Pythonアプリケーション,オープンソースソフトウエアAlphafold のインストール(Ubuntu 上)n

Alphafold のインストール(Ubuntu 上)(書きかけ)

Alphafold

Alphafold は,AI を用いたタンパク質構造解析のソフトウェア.

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前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは, 端末で,次のコマンドを実行する.

Ubuntu のインストールは別ページ »で説明

sudo apt -y update
sudo apt -yV upgrade
sudo /sbin/shutdown -r now

Alphafold のインストール(Ubuntu 上)

https://github.com/deepmind/alphafold に記載の手順に従う.

  1. Alphafold のソースコードと reduced データベースのダウンロード
    cd /usr/local
    sudo rm -rf alphafold
    sudo git clone https://github.com/deepmind/alphafold.git
    sudo chown -R $USER alphafold
    
    sudo apt install -y aria2
    
    sudo mkdir /usr/local/reduced_genetic_db
    sudo chown $USER /usr/local/reduced_genetic_db
    cd /usr/local/alphafold
    scripts/download_all_data.sh /usr/local/reduced_genetic_db reduced_dbs
    
  2. 前提ソフトウエアのインストール
    pip3 install -r docker/requirements.txt
    

    エラーメッセージが出たので,ここであきらめた.

    [image]
  3. Alphafold を実行してみる(書きかけ

    「your_protein.fasta」のところには FASTA ファイル名を指定.

    python3 docker/run_docker.py \
      --fasta_paths=your_protein.fasta \
      --max_template_date=2022-01-01 \
      --data_dir=/usr/local/reduced_genetic_db \
      --output_dir=/home/user/absolute_path_to_the_output_dir
    

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