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R システムを用いた家系図の作成（R システム，kinship2 を使用）

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このページでは， R で kinship2 パッケージを用いて，家系図を作成する．

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R システムの CRAN の URL: https://cran.r-project.org/

前準備

R システムのインストール

R システムの CRAN の URL: https://cran.r-project.org/

kinship2 のインストール

R システムで，次のコマンドを実行し，インストールする．

このとき「Secure CRAN mirrors」のような，ミラーサイトの選択画面が出たときは「Japan」のものを選ぶ． 

install.packages("kinship2")

この操作でインストールが行われる． R システムのパッケージのインストールについては、 必要に応じて「R システムでのパッケージのインストール」のページを参考にしてください．

家系データの例

家系データとは，各個体の父親と母親を記述したデータ．

家系データの例 　

個体番号 1 2 3 4 5 6 7
性別 female female male female male male female
父親 3 3 5 3
母親 2 1 4 4

家系図作成プログラムの例（言語はR言語） 

ped >- data.frame( id=c( 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ), 
fid=c( 0, 0, 0, 3, 3, 5, 3 ), 
mid=c( 0, 0, 0, 2, 1, 4, 4 ), 
sex=c( 2, 2, 1, 2, 1, 1, 2 ), 
aff=0) 
ped[7, "aff"] >- 1 
library(package="kinship2") 
ped >- with(ped, pedigree(id=id, dadid=fid, momid=mid, sex=sex, affected=aff)) 
plot(ped)

作成された家系図の例

[image]

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