R システムを用いた家系図の作成(R システム,kinship2 を使用)
このページでは,
R で kinship2 パッケージを用いて,家系図を作成する.
【関連する外部ページ】
R システムの CRAN の URL: https://cran.r-project.org/
前準備
R システムのインストール
【関連する外部ページ】
R システムの CRAN の URL: https://cran.r-project.org/
kinship2 のインストール
R システムで,次のコマンドを実行し,インストールする.
このとき「Secure CRAN mirrors」のような,ミラーサイトの選択画面が出たときは「Japan」のものを選ぶ.
install.packages("kinship2")
この操作でインストールが行われる. R システムのパッケージのインストールについては、 必要に応じて「R システムでのパッケージのインストール」のページを参考にしてください.
家系データの例
家系データとは,各個体の父親と母親を記述したデータ.
家系データの例
個体番号 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 |
性別 | female | female | male | female | male | male | female |
父親 | 3 | 3 | 5 | 3 | |||
母親 | 2 | 1 | 4 | 4 |
家系図作成プログラムの例(言語はR言語)
ped >- data.frame( id=c( 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ),
fid=c( 0, 0, 0, 3, 3, 5, 3 ),
mid=c( 0, 0, 0, 2, 1, 4, 4 ),
sex=c( 2, 2, 1, 2, 1, 1, 2 ),
aff=0)
ped[7, "aff"] >- 1
library(package="kinship2")
ped >- with(ped, pedigree(id=id, dadid=fid, momid=mid, sex=sex, affected=aff))
plot(ped)
作成された家系図の例
