R システムで有向グラフ，無向グラフの描画（R システム，kinship2 を使用）

前準備

R システムのインストール

• Windows での R システムのインストール: 別ページ »で説明している．
• Ubuntu での R システムのインストール: 別ページ »で説明している．

graphviz のインストール

• Windows での graphviz のインストール: 別ページ »で説明している．
• Ubuntu での graphviz のインストール:

  sudo apt -yV install graphviz libgraphviz-dev
  

Bioconductor の biocLite.R のインストール

R システムで，次のコマンドを実行し，インストールする． vignette で説明を表示している．

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("Rgraphviz") 
vignette("Rgraphviz") 

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite(groupName="all") 
vignette("Rgraphviz") 

有向グラフと無向グラフの例

library("Rgraphviz")
r <- new("graphNEL", nodes=c("A", "B", "C"), edgemode="directed")
r <- addEdge(from="A", to="B", r, weights=1)
r <- addEdge(from="B", to="A", r, weights=1)
plot(r)

library("Rgraphviz")
r <- new("graphNEL", nodes=c("A", "B", "C"), edgemode="undirected")
r <- addEdge("A", "B", r, weights=1)
r <- addEdge("B", "C", r, weights=1)
plot(r)

属性の取得

1. 前準備

   library("Rgraphviz")
   r <- new("graphNEL", nodes=c("A", "B", "C"), edgemode="directed")
   r <- addEdge(from="A", to="B", r, weights=1)
   r <- addEdge(from="B", to="A", r, weights=1)
   

2. グラフの構造情報
   • class() : オブジェクトのクラス
   • str() : オブジェクトの構造
   • ＜グラフ・オブジェクト名＞@nodes, nodes() : 全ノードの取得
   • ＜グラフ・オブジェクト名＞@edgeL, edges() : 全エッジリストの取得

   class(r)
   str(r)
   r@nodes
   r@edgeL
   

   

   nodes(r)
   edges(r) 
   

   
3. ノード数、エッジ数
   • numNodes() : ノード数
   • numEdges() : エッジ数

   numNodes(r)
   numEdges(r)
   

   
4. ノード属性
   1. ノード属性として設定したい値を格納した変数 labels を次のように作る．グラフ r のノード数は 3 だったので，labels の長さは 3 にする．

      labels <- c("hoge", "hoge2", "hoge3")
      names(labels) <- nodes(r)
      

      
   2. 設定用のリストを作り，変数 labels の値を転記する

      nattrs <- list() 
      nattrs$label <- labels
      

      
   3. plot() のパラメータに、描画したいグラフ r と設定用のリストを含める

      plot(r, nodeAttrs=nattrs)
      

      

      R
      library("Rgraphviz")
      r <- new("graphNEL", nodes=c("A", "B", "C", "D"), edgemode="directed")
      r <- addEdge(from="A", to="B", r)
      r <- addEdge(from="B", to="C", r)
      r <- addEdge(from="C", to="D", r)
      r <- addEdge(from="D", to="B", r)
      pos <- character(numNodes(r))
      pos <- c("1,1!", "5,5!", "1,8!", "9,3!")
      names(pos) <- nodes(r)
      pins <- character(numNodes(r))
      pins[1:numNodes(r)] <- "TRUE"
      names(pins) <- nodes(r)
      nattrs <- list() 
      nattrs$pos <- pos
      nattrs$pin <- pins
      plot(r, "neato", nodeAttrs=nattrs)
      plot( agopen(r, name="foo", nodeAttrs=nattrs, layout=FALSE, layoutType="fdp") )