Insight Toolkit (ITK) のインストール（ソースコードを使用）（Windows 上）

ITK（Insight Toolkit）は，画像処理と解析のためのオープンソースライブラリで，セグメンテーション，レジストレーション，多次元画像処理などの機能を提供する．Windows上でのインストールは，GitHubからのソースコードクローン，cmakeによるビルド設定生成，ビルドとインストール，環境変数設定の順で行う．インストール後は，MultiResMIRegistrationなどのツールを使用して，CTとMRIのような異なる画像モダリティ間の位置合わせなどの高度な画像処理タスクを実行できる．

【関連する外部ページ】

Insight Toolkit (ITK) の公式ページ: https://itk.org/
Insight Toolkit (ITK) の GitHub のページ: https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITK

前準備

Build Tools for Visual Studio 2022 （ビルドツール for Visual Studio 2022）または Visual Studio 2022 のインストール（Windows 上）

【インストールの判断】 Build Tools for Visual Studio は，開発ツールセットである． Visual Studio は統合開発環境であり，いくつかの種類があり，Build Tools for Visual Studioの機能を含むか連携して使用するものである．インストールは以下の基準で判断してください：

Build Tools for Visual Studio の機能のみが必要な場合
Build Tools for Visual Studio のインストールを行う．
Visual Studio の機能が必要である，あるいは，よく分からない場合
Visual Studio をインストールする．
Visual Studio 2022 をインストールする際に，「C++ によるデスクトップ開発」を選択することで， Build Tools for Visual Studio 2022 の機能も一緒にインストールされる．

不明な点がある場合は，Visual Studio 全体をインストールを行う方が良い．

Build Tools for Visual Studio 2022 のインストール（Windows 上）

Windows で，コマンドプロンプトを管理者権限で起動する（例：Windowsキーを押し，「cmd」と入力し，「管理者として実行」を選択）
次のコマンドを実行
次のコマンドは，Build Tools for Visual Studio 2022と VC2015 再配布可能パッケージをインストールするものである．
winget install --scope machine Microsoft.VisualStudio.2022.BuildTools winget install --scope machine Microsoft.VCRedist.2015+.x64
Build Tools for Visual Studio 2022 での C++ によるデスクトップ開発，CLI，ATL，MFC のインストール（Windows 上）
1. Visual Studio Installer の起動
  起動方法: スタートメニューの「Visual Studio Installer」を選ぶ．
2. Visual Studio Build Tools 2022 で「変更」を選ぶ．
3. 「C++ によるデスクトップ開発」をクリック．そして，画面右側の「インストール」の詳細で「v143 ビルドツール用 C++/CLI サポート（最新）」，「ATL」，「MFC」をチェックする．その後，「変更」をクリック．

Visual Studio のインストール（Windows 上）

Windows で，コマンドプロンプトを管理者権限で起動する（例：Windowsキーを押し，「cmd」と入力し，「管理者として実行」を選択）
次のコマンドを実行
1. コマンドプロンプトを管理者権限で起動する（例：Windowsキーを押し，「cmd」と入力し，「管理者として実行」を選択）
2. インストールコマンドの実行
  winget install Microsoft.VisualStudio.2022.Community --scope machine --override "--add Microsoft.VisualStudio.Workload.NativeDesktop Microsoft.VisualStudio.ComponentGroup.NativeDesktop.Core Microsoft.VisualStudio.Component.VC.CLI.Support Microsoft.VisualStudio.Component.CoreEditor Microsoft.VisualStudio.Component.NuGet Microsoft.VisualStudio.Component.Roslyn.Compiler Microsoft.VisualStudio.Component.TextTemplating Microsoft.VisualStudio.Component.Windows.SDK.Latest Microsoft.VisualStudio.Component.VC.Tools.x86.x64 Microsoft.VisualStudio.Component.VC.ATL Microsoft.VisualStudio.Component.VC.ATLMFC" winget install Microsoft.VisualStudio.2022.Community --scope machine Microsoft.VCRedist.2015+.x64
  インストールされるコンポーネントの説明：
  - NativeDesktop：C++によるデスクトップアプリケーション開発のためのワークロード一式
  - NativeDesktop.Core：C++デスクトップ開発に必要な基本コンポーネント群
  - VC.CLI.Support：マネージドコードとネイティブコードの統合開発を可能にするC++/CLIサポート
  - CoreEditor：コード編集，デバッグ，検索などの基本機能を提供するVisual Studioのコアエディタ
  - NuGet：.NETライブラリの依存関係を管理するパッケージ管理システム
  - Windows.SDK.Latest：Windows 向けアプリケーション開発用SDK（Software Development Kit）
  - VC.Tools.x86.x64：32ビット及び64ビット向けC++コンパイラとビルドツール
  - VC.ATL：Windowsコンポーネント開発用のActive Template Library
  - VC.ATLMFC：デスクトップアプリケーション開発用のMicrosoft Foundation Class Library
  システム要件と注意事項：
  - 管理者権限でのインストールが必須
  - 必要ディスク容量：10GB以上
  - 推奨メモリ：8GB以上のRAM
  - インストール過程でシステムの再起動が要求される可能性がある
  - 安定したインターネット接続環境が必要
  追加のコンポーネントが必要な場合は，Visual Studio Installerを使用して個別にインストールすることが可能である．
3. インストール完了の確認
  winget list Microsoft.VisualStudio.2022.Community
  トラブルシューティング：
  
  インストール失敗時は，以下のログファイルを確認：
  %TEMP%\dd_setup_<timestamp>.log %TEMP%\dd_bootstrapper_<timestamp>.log
Visual Studio での C++ によるデスクトップ開発，CLI のインストール（Windows 上）
1. Visual Studio Installer の起動
  起動方法: スタートメニューの「Visual Studio Installer」を選ぶ．
2. Visual Studio Community 2022 で「変更」を選ぶ．
3. 「C++ によるデスクトップ開発」をチェック．そして，画面右側の「インストール」の詳細で「v143 ビルドツール用 C++/CLI サポート（最新）」をチェックする．その後，「インストール」をクリック．

Python 3.10，Git，CMake のインストール（Windows 上）

Pythonは，プログラミング言語の１つ． Gitは，分散型のバージョン管理システム． CMakeは，クロスプラットフォームのビルドシステム生成ツール．

【手順】

Windows で，コマンドプロンプトを管理者権限で起動する（例：Windowsキーを押し，「cmd」と入力し，「管理者として実行」を選択）

次のコマンドを実行

次のコマンドは，Python ランチャーとPython 3.10とGitとCMakeをインストールし，Gitにパスを通すものである．

次のコマンドでインストールされるGitは「git for Windows」と呼ばれるものであり， Git，MinGW などから構成されている．

winget install --scope machine Python.Launcher
winget install --scope machine Python.Python.3.10
winget install --scope machine Git.Git
powershell -command "$oldpath = [System.Environment]::GetEnvironmentVariable(\"Path\", \"Machine\"); $oldpath += \";c:\Program Files\Git\cmd\"; [System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"Path\", $oldpath, \"Machine\")"
winget install --scope machine Kitware.CMake
powershell -command "$oldpath = [System.Environment]::GetEnvironmentVariable(\"Path\", \"Machine\"); $oldpath += \";c:\Program Files\CMake\bin\"; [System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"Path\", $oldpath, \"Machine\")"

【関連する外部ページ】

Python の公式ページ: https://www.python.org/
Git の公式ページ: https://git-scm.com/
CMake の公式ダウンロードページ: https://cmake.org/download/

【サイト内の関連ページ】

Python詳細ガイド：別ページ »

Insight Toolkit (ITK) のインストール（Build Tools for Visual Studio を利用）

Windows で，コマンドプロンプトを管理者権限で起動する（例：Windowsキーを押し，「cmd」と入力し，「管理者として実行」を選択）．

コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明
Insight Toolkit (ITK) のインストールディレクトリを削除する
C: cd /d c:%HOMEPATH% rmdir /s /q ITK

Insight Toolkit (ITK) のソースコードをダウンロード

cd /d c:%HOMEPATH%
git clone --recursive https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITK

cmake の実行
cmake でのオプションについて
cmake のオプションの「Visual Studio 17 2022」のところは，使用する Visual Studio のバージョンにあわせること． Visual Studio 2022 のときは，「Visual Studio 17 2022」． Visual Studio 2019 のときは，「Visual Studio 16 2019」
cmake の実行手順例は次の通り
cd /d c:%HOMEPATH% cd ITK rmdir /s /q build mkdir build cd build del CMakeCache.txt rmdir /s /q CMakeFiles\ cmake .. -G "Visual Studio 17 2022" -A x64 -T host=x64 ^ -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ^ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="C:/ITK"
cmake の実行結果の確認
* 下の通りになるとは限らない．エラーメッセージが出るなど場合は，前で cmake を実行したときの設定を変えてやり直す．
ソースコードからビルドし、インストールする
終了までしばらく待つ．
cmake --build . --config RELEASE cmake --build . --config RELEASE --target INSTALL
実行結果の確認
Windows のシステム環境変数 ITK_ROOT に，C:\ITK を設定
Windows で，コマンドプロンプトを管理者権限で起動する（例：Windowsキーを押し，「cmd」と入力し，「管理者として実行」を選択）
次のコマンドを実行
powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"ITK_ROOT\", \"C:\ITK\", \"Machine\")"

MultiResMIRegistration の実行

参考資料

C:/InsightApplications-3.14.0/MultiResMIRegistration/ReadMe.pdf

位置合わせする画像2つを C:\ITKapp3\MultiResMIRegistration\Debug にコピー

パラメータファイルCT_MRI_param.txtを作成

--------- CT_MRI_param.txt の中身-----------
xxCT.mhd
MRI.mhd
0 1 2
0 0 0
3
4 4 4
4 4 4
2500 2500 2500
1e-4 1e-005 5e-006
320
Registered_MRI.hdr
----------------------------------------------------------

コマンドプロンプトを起動し，次のコマンドを実行
```
cd C:\ITKapp3\MultiResMIRegistration\Debug
MultiResMIRegistration.exe CT_MRI_param.txt
```
実行結果の例

実行結果の例

【まとめ】 ITKをクローン，cmakeでビルド，環境変数設定後に画像位置合わせツールをテスト実行．