OpenMM のインストール，動作確認，PDBFixer のインストール（ソースコードを用いたインストール）（Windows 上）

前準備

Visual Studio 2022 Build Toolsとランタイムのインストール

管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）し、以下を実行する。管理者権限は、wingetの--scope machineオプションでシステム全体にソフトウェアをインストールするために必要である。

REM Visual Studio 2022 Build Toolsとランタイムのインストール
winget install --scope machine Microsoft.VisualStudio.2022.BuildTools Microsoft.VCRedist.2015+.x64
set VS_INSTALLER="C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\Installer\setup.exe"
set VS_PATH="C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\2022\BuildTools"
REM C++開発ワークロードのインストール
%VS_INSTALLER% modify --installPath %VS_PATH% ^
--add Microsoft.VisualStudio.Workload.VCTools ^
--add Microsoft.VisualStudio.Component.VC.Tools.x86.x64 ^
--add Microsoft.VisualStudio.Component.Windows11SDK.22621 ^
--includeRecommended --quiet --norestart

Python 3.12 のインストール

インストール済みの場合は実行不要。

管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）し、以下を実行する。管理者権限は、wingetの--scope machineオプションでシステム全体にソフトウェアをインストールするために必要である。

REM Python をシステム領域にインストール
winget install --scope machine --id Python.Python.3.12 -e --silent
REM Python のパス設定
set "PYTHON_PATH=C:\Program Files\Python312"
set "PYTHON_SCRIPTS_PATH=C:\Program Files\Python312\Scripts"
echo "%PATH%" | find /i "%PYTHON_PATH%" >nul
if errorlevel 1 setx PATH "%PATH%;%PYTHON_PATH%" /M >nul
echo "%PATH%" | find /i "%PYTHON_SCRIPTS_PATH%" >nul
if errorlevel 1 setx PATH "%PATH%;%PYTHON_SCRIPTS_PATH%" /M >nul

【関連する外部ページ】

Python の公式ページ: https://www.python.org/

AI エディタ Windsurf のインストール

Pythonプログラムの編集・実行には、AI エディタの利用を推奨する。ここでは，Windsurfのインストールを説明する。

管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）し、以下を実行して、Windsurfをシステム全体にインストールする。管理者権限は、wingetの--scope machineオプションでシステム全体にソフトウェアをインストールするために必要となる。

winget install --scope machine Codeium.Windsurf -e --silent

【関連する外部ページ】

Windsurf の公式ページ: https://windsurf.com/

Gitのインストール

管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）し、以下を実行する。管理者権限は、wingetの--scope machineオプションでシステム全体にソフトウェアをインストールするために必要となる。

REM Git をシステム領域にインストール
winget install --scope machine --id Git.Git -e --silent
REM Git のパス設定
set "GIT_PATH=C:\Program Files\Git\cmd"
if exist "%GIT_PATH%" (
    echo "%PATH%" | find /i "%GIT_PATH%" >nul
    if errorlevel 1 setx PATH "%PATH%;%GIT_PATH%" /M >nul
)

CMakeのインストール

管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）し、以下を実行する。管理者権限は、wingetの--scope machineオプションでシステム全体にソフトウェアをインストールするために必要となる。

REM CMake をシステム領域にインストール
winget install --scope machine --id Kitware.CMake -e --silent
REM CMake のパス設定
set "GMAKE_PATH=C:\Program Files\CMake\bin"
if exist "%GMAKE_PATH%" (
    echo "%PATH%" | find /i "%GMAKE_PATH%" >nul
    if errorlevel 1 setx PATH "%PATH%;%GMAKE_PATH%" /M >nul
)

NVIDIA ドライバのインストール（Windows 上）

1. NVIDIA グラフィックス・ボードの確認

   Windows で，NVIDIA グラフィックス・ボードの種類を調べたいときは， 次のコマンドを実行することにより調べることができる．

   wmic path win32_VideoController get name
   

2. NVIDIA ドライバのダウンロード

   NVIDIA ドライバは，以下の NVIDIA 公式サイトからダウンロードできる．

   https://www.nvidia.co.jp/Download/index.aspx?lang=jp

3. ダウンロードの際には，使用しているグラフィックス・ボードの型番とオペレーティングシステムを選択する．

NVIDIA CUDA ツールキット 11.8 のインストール（Windows 上）

1. Windows では，NVIDIA CUDA ツールキットのインストール中は，なるべく他のウインドウはすべて閉じておくこと．
2. Windows で，管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）。
3. 次のコマンドを実行

   次のコマンドは，NVIDIA GeForce Experience，NVIDIA CUDA ツールキット 11.8 をインストールするものである．

   wmic path win32_VideoController get name
   
   winget install --scope machine Nvidia.CUDA --version 11.8
   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"CUDA_HOME\", \"C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v11.8\", \"Machine\")"
   

4. NVIDIA CUDA ツールキットのインストールが終わったら，ユーザ環境変数 TEMP の設定を行う．

   Windows のユーザ名が日本語のとき，nvcc がうまく動作しないエラーを回避するためである．

   ユーザ環境変数 TEMP に「C:\TEMP」を設定するために， コマンドプロンプトで，次のコマンドを実行する．

   mkdir C:\TEMP
   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"TEMP\", \"C:\TEMP\", \"User\")"
   

OpenMM のインストール（ソースコードを使用）（Windows 上）

SWIG のインストール（Windows 上）

【インストール手順】

1. Windows で，管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）。
2. 次のコマンドを実行

   次のコマンドは，SWIG をインストールするものである．

   winget install --scope machine SWIG.SWIG
   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"SWIG_PATH\", \"C:\Program Files\WinGet\Links\", \"Machine\")"
   

【関連する外部ページ】

• SWIG の公式ページ: https://www.swig.org/

【関連項目】 SWIG, SWIG の利用

Doxygen のインストール（Windows 上）

Doxygen のダウンロードのページ: https://www.doxygen.nl/download.html

• Windows での Doxygen のインストール: 別ページ »で説明

OpenMM のインストール（ソースコードを使用）（Windows 上）

1. Windows で，管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）。．

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

2. OpenMM のインストール

   OpenMM の GitHub のページ: https://github.com/openmm/openmm

   cmake のオプションの 「Visual Studio 17 2022」のところは， 使用する Visual Studio のバージョンにあわせること． Visual Studio 2022 のときは，「Visual Studio 17 2022」． Visual Studio 2019 のときは，「Visual Studio 16 2019」

   cd /d %USERPROFILE%
   rmdir /s /q openmm
   git clone https://github.com/openmm/openmm
   cd openmm
   rmdir /s /q build
   mkdir build
   cd build
   del CMakeCache.txt
   rmdir /s /q CMakeFiles\
   cmake .. -G "Visual Studio 17 2022" -A x64 -T host=x64 ^
       -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ^
       -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="C:/openmm"
   cmake --build . --config RELEASE
   cmake --build . --config RELEASE --target INSTALL
   

   エラーメッセージが出ていないことを確認

   
3. Windows の システム環境変数 Pathに，c:\openmm\lib を追加することにより，パスを通す．

   Windows で，管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）。

   次のコマンドを実行

   powershell -command "$oldpath = [System.Environment]::GetEnvironmentVariable(\"Path\", \"Machine\"); $oldpath += \";c:\openmm\lib\"; [System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"Path\", $oldpath, \"Machine\")"
   

   
4. Windows の システム環境変数 OPENMM_INCLUDE_PATH，OPENMM_LIB_PATH の設定

   Windows で，管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）。

   次のコマンドを実行

   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_INCLUDE_PATH\", \"c:\openmm\include\", \"Machine\")"
   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_LIB_PATH\", \"c:\openmm\lib\", \"Machine\")"
   

   
5. Windows の システム環境変数 OPENMM_ROOT に，c:\openmm を設定

   Windows で，管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）。

   次のコマンドを実行

   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_ROOT\", \"c:\openmm\", \"Machine\")"
   

   
6. Windows で，管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）。．

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

7. Python 用の OpenMM のインストール

   cd /d c:%HOMEPATH%
   cd openmm\build\python
   python setup.py build
   python setup.py install
   

   エラーメッセージが出ていないことを確認

OpenMM の動作確認

1. Windows のコマンドプロンプトを開く．
2. インストールができたかのテストプログラム（OpenMM が定めるもの）を実行

   エラーメッセージが出ていないことを確認

   python -m openmm.testInstallation
   

   
3. 確認のため，公式のサンプルプログラムを実行してみる．

   まず，次のコマンドを実行

   cd c:\openmm
   cd examples
   python
   

   次のページに記載のサンプルプログラムを実行．

   http://docs.openmm.org/latest/userguide/application/02_running_sims.html

   エラーメッセージが出ていないことを確認

   

PDBFixer のインストール（Windows 上）

1. Windows で，管理者権限でコマンドプロンプトを起動（手順：Windowsキーまたはスタートメニュー > cmd と入力 > 右クリック > 「管理者として実行」）。．

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

2. PDBFixer のインストール

   PDBFixer の GitHub のページ: https://github.com/openmm/pdbfixer

   C:
   cd /d %USERPROFILE%
   rmdir /s /q pdbfixer
   git clone https://github.com/openmm/pdbfixer
   cd pdbfixer
   python setup.py build
   python setup.py install
   

   エラーメッセージが出ていないことを確認

   

【まとめ】 WindowsでのOpenMMのソースコードからのインストール，環境設定，動作確認，および関連ツールのセットアップまでの一連のプロセスを説明．