OpenMM のインストール，動作確認，PDBFixer のインストール（ソースコードを使用）（Windows 上）

前準備

Git のインストール（Windows 上）

Gitは，バージョン管理システム．ソースコードの管理や複数人での共同に役立つ．

【サイト内の関連ページ】

Windows での Git のインストール: 別ページ »で説明している．

【関連する外部ページ】

Git の公式ページ: https://git-scm.com/

CMake のインストール（Windows 上）

CMake はビルドツールである．

【サイト内の関連ページ】

Windows での cmake のインストール: 別ページ »で説明している．

【関連する外部ページ】

CMake の公式ダウンロードページ: https://cmake.org/download/

SWIG のインストール（Windows 上）

sourceforge の SWIGWINのウェブページ: https://sourceforge.net/projects/swig/files/swigwin/

• Windows での SWIG のインストール: 別ページ »で説明している．

Doxygen のインストール（Windows 上）

Doxygen のダウンロードのページ: https://www.doxygen.nl/download.html

• Windows での Doxygen のインストール: 別ページ »で説明している．

Python のインストール（Windows 上）

【サイト内の関連ページ】

• Windows での Python 3.10，関連パッケージ，Python 開発環境のインストール: 別ページ »で説明している．
• Windows での Anaconda3 のインストール: 別ページ »で説明している．
• Python のまとめ: 別ページ »にまとめている．

【関連する外部ページ】

Python の公式ページ: https://www.python.org/

Build Tools for Visual Studio 2022，NVIDIA ドライバ，NVIDIA CUDA ツールキット，NVIDIA cuDNN のインストール（Windows 上）

【サイト内の関連ページ】

Windows での Build Tools for Visual Studio 2022，NVIDIA ドライバ，NVIDIA CUDA ツールキット 11.8，NVIDIA cuDNN v8.6 のインストールと動作確認: 別ページ »で説明している．

【関連する外部ページ】

• Build Tools for Visual Studio 2022 （ビルドツール for Visual Studio 2022）の公式ダウンロードページ: https://visualstudio.microsoft.com/ja/visual-cpp-build-tools/
• NVIDIA ドライバのダウンロードの公式ページ: https://www.nvidia.co.jp/Download/index.aspx?lang=jp
• NVIDIA CUDA ツールキットのアーカイブの公式ページ: https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive
• NVIDIA cuDNN のダウンロードの公式ページ: https://developer.nvidia.com/cudnn
• winimage の ZLIB DLL の公開ページ: http://www.winimage.com/zLibDll/

OpenMM のインストール（ソースコードを使用）（Windows 上）

1. Windows で，コマンドプロンプトを管理者として実行．

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

2. OpenMM のインストール

   OpenMM の GitHub のページ: https://github.com/openmm/openmm

   cmake のオプションの 「Visual Studio 17 2022」のところは， 使用する Visual Studio のバージョンにあわせること． Visual Studio 2022 のときは，「Visual Studio 17 2022」． Visual Studio 2019 のときは，「Visual Studio 16 2019」

   C:
   cd %HOMEPATH%
   rmdir /s /q openmm
   git clone https://github.com/openmm/openmm
   cd openmm
   rmdir /s /q build
   mkdir build
   cd build
   del CMakeCache.txt
   cmake .. -G "Visual Studio 17 2022" -A x64 -T host=x64 ^
       -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ^
       -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="C:/openmm" 
   cmake --build. --config RELEASE
   cmake --build. --config RELEASE --target INSTALL
   

   エラーメッセージが出ていないことを確認

   
3. Windows の システム環境変数 Pathに，c:\openmm\lib を追加することにより，パスを通す．

   Windows で，コマンドプロンプトを管理者として実行

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

   次のコマンドを実行

   powershell -command "$oldpath = [System.Environment]::GetEnvironmentVariable(\"Path\", \"Machine\"); $oldpath += \";c:\openmm\lib\"; [System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"Path\", $oldpath, \"Machine\")"
   

   
4. Windows の システム環境変数 OPENMM_INCLUDE_PATH，OPENMM_LIB_PATH の設定

   Windows で，コマンドプロンプトを管理者として実行

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

   次のコマンドを実行

   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_INCLUDE_PATH\", \"c:\openmm\include\", \"Machine\")"
   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_LIB_PATH\", \"c:\openmm\lib\", \"Machine\")"
   

   
5. Windows の システム環境変数 OPENMM_ROOT に，c:\openmm を設定

   Windows で，コマンドプロンプトを管理者として実行

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

   次のコマンドを実行

   powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_ROOT\", \"c:\openmm\", \"Machine\")"
   

   
6. Windows で，コマンドプロンプトを管理者として実行．

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

7. Python 用の OpenMM のインストール

   cd %HOMEPATH%
   cd openmm\build\python
   python setup.py build
   python setup.py install
   

   エラーメッセージが出ていないことを確認

OpenMM の動作確認

1. Windows のコマンドプロンプトを開く．
2. インストールができたかのテストプログラム（OpenMM が定めるもの）を実行

   エラーメッセージが出ていないことを確認

   python -m openmm.testInstallation
   

   
3. 確認のため，公式のサンプルプログラムを実行してみる．

   まず，次のコマンドを実行

   cd c:\openmm
   cd examples
   python
   

   次のページに記載のサンプルプログラムを実行．

   http://docs.openmm.org/latest/userguide/application/02_running_sims.html

   エラーメッセージが出ていないことを確認

   

PDBFixer のインストール（Windows 上）

1. Windows で，コマンドプロンプトを管理者として実行．

   コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページ »で説明

2. PDBFixer のインストール

   PDBFixer の GitHub のページ: https://github.com/openmm/pdbfixer

   C:
   cd %HOMEPATH%
   rmdir /s /q pdbfixer
   git clone https://github.com/openmm/pdbfixer
   cd pdbfixer
   python setup.py build
   python setup.py install
   

   エラーメッセージが出ていないことを確認