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OpenMM のインストール,動作確認,PDBFixer のインストール(ソースコードを使用)(Windows 上)

Windows での OpenMM のインストールでは,公式のページでは conda を使うようになっているが, ここでは,ソースコードを用いたインストールの手順を説明する.

(個人的には,conda は運用しにくい印象があります.そのため,conda を使わずにインストールする手順を説明しています).

  1. 前準備
  2. NVIDIA ドライバ,NVIDIA CUDA ツールキット, NVIDIA cuDNN のインストール
  3. OpenMM のインストール
  4. OpenMM の動作確認
  5. PDBFixer の動作確認

前準備

Build Tools for Visual Studio 2022 (ビルドツール for Visual Studio 2022)もしくは Visual Studio 2022 のインストール(Windows 上)

Build Tools for Visual Studio 2022 (ビルドツール for Visual Studio 2022)もしくはVisual Studio 2022 を,前もってインストールしておく.NVIDIA CUDA の nvcc を機能させるため.

Git のインストール(Windows 上)

Git のページ https://git-scm.com/ からダウンロードしてインストール:

cmake のインストール(Windows 上)

cmake のダウンロードページ: https://cmake.org/download/

NVIDIA ドライバ,NVIDIA CUDA ツールキット, NVIDIA cuDNN のインストール

GPU は,グラフィックス・プロセッシング・ユニットの略で、コンピュータグラフィックス関連の機能,乗算や加算の並列処理の機能などがある. NVIDIA CUDA ツールキット は,NVIDIA社が提供している GPU 用のプラットフォームである. NVIDIA 社のグラフィックス・カードが持つ GPU の機能を使うとき,NVIDIA CUDA ツールキット を利用することができる.

以下,インストールの注意点をまとめている. インストールと動作確認の詳細別ページで説明している.

① TensorFlow, PyTorch が必要とするNVIDIA CUDA ツールキットとNVIDIA cuDNN のバージョンの確認

② NVIDIA ドライバ,NVIDIA CUDA ツールキット,NVIDIA cuDNN のインストール

Windows での NVIDIA ドライバ,NVIDIA CUDA ツールキット 11.8,NVIDIA cuDNN v8.6 のインストールと動作確認: 別ページで説明している.

古いバージョンの NVIDIA CUDA ツールキットNVIDIA cuDNN のインストールも,だいたい,同じ手順になる.

以下,インストールの注意点をまとめている.

③ NVIDIA ドライバ,NVIDIA CUDA ツールキット,NVIDIA cuDNN のインストールでの注意点まとめ

NVIDIA ドライバのインストールでの注意点まとめ(Windows 上)
NVIDIA CUDA ツールキットのインストールでの注意点まとめ(Windows 上)
NVIDIA cuDNN のインストールのインストールでの注意点まとめ(Windows 上)

Python のインストール,pip と setuptools の更新,Python 開発環境のインストール

① インストールする Python のバージョンの確認

TensorFlow,PyTorch のバージョンは何でもよい場合(TensorFlow,PyTorch の特定のバージョンを必要としない場合,あるいは,TensorFlow,PyTorch を必要としない場合)

TensorFlow,PyTorch のバージョンは何でも良い場合は, Python のバージョンはわりと自由に選ぶことができる. 2022年10月時点では, Python 3.10 を使う.

Python 3.10 の根拠:

使用したい TensorFlow, PyTorch が決まっている場合(あるいは,古いバージョンの Python を使いたい場合)

使用したい TensorFlow, PyTorch が決まっている場合(あるいは,古いバージョンの Python を使いたい場合)では, 次により, Python, TensorFlow, PyTorch のバージョンの組み合わせを確認する.

② Python のインストール

Python のインストールでの注意点

インストール手順の詳細(別ページ)

Windows での Python のインストール: 別ページで説明している.

Python の公式ページ

http://www.python.org/

③ pip と setuptools の更新

Windows での pip と setuptools の更新

  1. Windows で,コマンドプロンプト管理者として開く

    Windowspip を実行するときは,コマンドプロンプトコマンドプロンプトを管理者として開き,それを使って pip を実行することにする.

    コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページで説明している.

  2. 次のコマンドを実行する.
    python -m pip install -U pip setuptools
    

    [image]

【pip の利用】

Windows では,pip は,次のコマンドで起動できる:

pip または python -m pip または py -3.10 -m pip のようにバージョン指定.

Windows では,管理者として実行.

④ Python 開発環境として,Python コンソール(Jupyter Qt Console), Jupyter ノートブック (Jupyter Notebook), Jupyter Lab, Nteract, spyder のインストール

Windows での Python 開発環境のインストール

  1. Windows で,コマンドプロンプト管理者として開く

    Windowspip を実行するときは,コマンドプロンプトコマンドプロンプトを管理者として開き,それを使って pip を実行することにする.

    コマンドプロンプトを管理者として実行: 別ページで説明している.

  2. 次のコマンドを実行する.

    python -m pip install -U pip setuptools jupyterlab jupyter jupyter-console jupytext PyQt5 nteract_on_jupyter spyder
    

    [image]

SWIG のインストール(Windows 上)

sourceforge の SWIGWINのウェブページ: https://sourceforge.net/projects/swig/files/swigwin/

Doxygen のインストール(Windows 上)

Doxygen のダウンロードのページ: https://www.doxygen.nl/download.html

OpenMM のインストール(ソースコードを使用)(Windows 上)

  1. Windows で,コマンドプロンプト管理者として開く.
  2. OpenMM のインストール

    OpenMM の GitHub のページ: https://github.com/openmm/openmm

    cmake のオプションの 「Visual Studio 17 2022」のところは, 使用する Visual Studio のバージョンにあわせること. Visual Studio 2022 のときは,「Visual Studio 17 2022」. Visual Studio 2019 のときは,「Visual Studio 16 2019

    C:
    cd %HOMEPATH%
    rmdir /s /q openmm
    git clone https://github.com/openmm/openmm
    cd openmm
    rmdir /s /q build
    mkdir build
    cd build
    del CMakeCache.txt
    cmake .. -G "Visual Studio 17 2022" -A x64 -T host=x64 ^
        -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ^
        -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="C:/openmm" 
    cmake --build . --config RELEASE
    cmake --build . --config RELEASE --target INSTALL
    

    エラーメッセージが出ていないことを確認

    [image]
  3. Windowsシステム環境変数 Pathに,c:\openmm\lib追加することにより,パスを通す

    コマンドプロンプトを管理者として開き, 次のコマンドを実行する.

    call powershell -command "$oldpath = [System.Environment]::GetEnvironmentVariable(\"Path\", \"Machine\"); $oldpath += \";c:\openmm\lib\"; [System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"Path\", $oldpath, \"Machine\")"
    

    [image]
  4. Windowsシステム環境変数 OPENMM_INCLUDE_PATHOPENMM_LIB_PATH の設定

    コマンドプロンプトを管理者として開き, 次のコマンドを実行する.

    call powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_INCLUDE_PATH\", \"c:\openmm\include\", \"Machine\")"
    call powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_LIB_PATH\", \"c:\openmm\lib\", \"Machine\")"
    

    [image]
  5. Windowsシステム環境変数 OPENMM_ROOT に,c:\openmm を設定

    コマンドプロンプトを管理者として開き, 次のコマンドを実行する.

    call powershell -command "[System.Environment]::SetEnvironmentVariable(\"OPENMM_ROOT\", \"c:\openmm\", \"Machine\")"
    

    [image]
  6. Windows で,コマンドプロンプト管理者として開く.
  7. Python 用の OpenMM のインストール
    cd %HOMEPATH%
    cd openmm\build\python
    python setup.py build
    python setup.py install
    

    エラーメッセージが出ていないことを確認

OpenMM の動作確認

  1. Windowsコマンドプロンプトを開く.
  2. インストールができたかのテストプログラム(OpenMM が定めるもの)を実行

    エラーメッセージが出ていないことを確認

    python -m openmm.testInstallation
    

    [image]
  3. 確認のため,公式のサンプルプログラムを実行してみる.

    まず,次のコマンドを実行

    cd c:\openmm
    cd examples
    python
    

    次のページに記載のサンプルプログラムを実行.

    http://docs.openmm.org/latest/userguide/application/02_running_sims.html

    エラーメッセージが出ていないことを確認

    [image]

PDBFixer のインストール(Windows 上)

  1. Windows で,コマンドプロンプト管理者として開く.
  2. PDBFixer のインストール

    PDBFixer の GitHub のページ: https://github.com/openmm/pdbfixer

    C:
    cd %HOMEPATH%
    rmdir /s /q pdbfixer
    git clone https://github.com/openmm/pdbfixer
    cd pdbfixer
    python setup.py build
    python setup.py install
    

    エラーメッセージが出ていないことを確認

    [image]