自己組織化マップ（SOM）の試用（R, kohonen パッケージを使用）

【概要】

このページでは，Rシステムのkohonenパッケージを用いた自己組織化マップ（SOM）の試用手順を，図解で説明する．

【目次】

【関連する外部ページ】

R システムの CRAN の URL: https://cran.r-project.org/

第1章　前準備

R システムのインストール

kohonen パッケージのインストール

R システムで，次のコマンドを実行し，インストールする．

このとき「Secure CRAN mirrors」のような，ミラーサイトの選択画面が出たときは「Japan」のものを選ぶ． 

install.packages("kohonen")
この操作でインストールが行われる． R システムのパッケージのインストールについては， 必要に応じて「Rでのパッケージのインストール」のページを参考にしてください．

第2章　SOM を行う

  1. library(kohonen) の実行 
    library(kohonen)
  2. サンプルの表示 
    example(som)
  3. ヘルプの表示 
    help(som)

第3章　SOM の例

ここでは，iris をクラスタリングする．iris は，Rシステムに組み込み済みのデータである．

  1. som() : SOM の実行 
    library(kohonen)
data(iris)
a <- som( scale( as.matrix( iris[1:4] ) ), grid = somgrid(5, 6, "hexagonal") )
print(a)
  2. プロット 
    plot(a)