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R で主成分分析の散布図（２次元、３次元）を書く

前準備

R システムのインストール

【関連する外部ページ】

R システムの CRAN の URL: https://cran.r-project.org/

rgl パッケージのインストール

R システムで，次のコマンドを実行し，インストールする． vignette で説明を表示．

このとき「Secure CRAN mirrors」のような，ミラーサイトの選択画面が出たときは「Japan」のものを選ぶ． 

install.packages("rgl") 
vignette("rgl")

この操作でインストールが行われる． R システムのパッケージのインストールについては、 必要に応じて「R システムでのパッケージのインストール」のページを参考にしてください．

主成分分析プロット 






散布図





2次元


library(rgl)
data(iris)
d <- iris[1:4]
p <- prcomp(d, scale=TRUE)
percent <- summary(p)$importance[3,2] * 100
plot( p$x[,1:2], col=as.factor(iris[,5]), main=paste(percent, "%") )





3次元


library(rgl)
data(iris)
d <- iris[1:4]
p <- prcomp(d, scale=TRUE)
percent <- summary(p)$importance[3,3] * 100
plot3d( p$x[,1:3], col=as.factor(iris[,5]), main=paste(percent, "%") )
writeWebGL()