画像処理ツール(医用画像のセグメンテーション,レジストレーション ImageJ, MRIcro, FreeSurfer など)(目次ページ)
画像処理ツール(医用画像のセグメンテーション,レジストレーション ImageJ, MRIcro, FreeSurfer など)をトピックス的に紹介します.
スライス表示,ボリュームレンダリング,画像形式変換
- ImageJ のインストール (Windows 上)
- ファイル読み書き: Anaylze, TIFF, raw, GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, FITS など多数(プラグインの追加インストールにより種類が増える)
- 画像表示
- 選択: 領域指定,線,点
- 画像フィルタ: スムーシング (smoothing), 鋭敏化 (sharpening), エッジ検出 (edge detection), メディアン・フィルタ (median filtering), しきい値処理,対話的な輝度とコントラストの調整
- 幾何演算: 切り出し (crop), サイズ変更 (resize), 回転 (rotate), フリップ (flip)
- 解析: 選択領域の面積,平均、標準偏差、最小、最大. 長さ.角度.密度尺度を用いた調整.ヒストグラム
- 編集: カット,コピー,ペースト,AND< OR, NOT.テキスト,矢印,矩形,楕円,多角形の描画
- 色処理: RGB成分,HSV 成分、カラーパレット
など
- ImageJ のインストール (Ubuntu 上)
- Fiji のインストール
Fiji は,下記のソフトウェアの詰め合わせ。つまり,Fiji をインストールすると,
- ImageJ: 画像ファイル,画像表示,画像処理等に関する多数の機能をもったオープンソースの Java のソフトウェア
- Java
- Java3D
- 多数のプラグイン: レジストレーション,セグメンテーション,スクリプティング (Scrpting), 3次元表示,特徴抽出 (SIFT, MOPS) など多数
- ImageJ を使ってみる
ImageJ の数多くの機能のうち,次の機能を紹介します.Fiji も同様の操作手順になる.
- スライス表示
- ボリュームレンダリング
- ファイルの読み込み
- Analyze フォーマット
- マルチ TIFF (TIFF スタック画像)
- 連番画像
- ファイルの書き出し
- Analyze フォーマット
- マルチ TIFF (TIFF スタック画像)
- 連番画像
- ImageJ で「メモリが足りない」というエラーがでたときの対処
- Fiji で「メモリが足りない」というエラーがでたときの対処
- MRIcron のインストール(Windows 上)
MRIcron/
は,次の機能を持ったソフトウェア
- スライス表示
agittal スライス: X refers to Left/Right
coronal スライス: Y to anterior/posterior
axial スライス: Z to superior/inferior
- 複数レイヤの重ねあわせ表示
- ボリュームレンダリング
視線(Aizmuth 値, Elevation 値)の調整
- ファイルの読み込み: NIfTI フォーマット, Analyze フォーマット (これらは,FSL, SPM5, SPM2, Boxbo 等でも使用されているフォーマット)
- ファイルの書き出し: NIfTI フォーマット
- lesion symptom mapping
- fMRI データセットの表示
など
- MRIcroGL のインストール(Windows 上にインストール)
- MRIcroGL を用いた MIP (Maximum Intensity Projection) 表示手順
- MRIcro を用いた MIP (Maximum Intensity Projection) 表示手順
Realiaは、INTAGE(インテージ)製品シリーズの1つで、所定の条件下で無償でライセンスされるDICOM 3Dビューワソフトウェア.
利用条件などは,利用者で確認すること.
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- 「医用画像診断支援共通プラットフォーム(PLUTO)」を用いた3次元人体断面の表示と PLUTO 対応形式の画像ファイルの作成手順
- BMP 連番画像を TIFF 連番画像に変換(Windows 上のソフトウェアを利用)
セグメンテーション