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金子邦彦研究室

画像処理ツール（医用画像のセグメンテーション，レジストレーション ImageJ, MRIcro, FreeSurfer など）（目次ページ）

画像処理ツール（医用画像のセグメンテーション，レジストレーション ImageJ, MRIcro, FreeSurfer など）をトピックス的に紹介します．

スライス表示，ボリュームレンダリング，画像形式変換

• ImageJ のインストール （Windows 上）
  • ファイル読み書き: Anaylze, TIFF, raw, GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM, FITS など多数（プラグインの追加インストールにより種類が増える）
  • 画像表示
  • 選択：　領域指定，線，点
  • 画像フィルタ： スムーシング (smoothing), 鋭敏化 (sharpening), エッジ検出 (edge detection), メディアン・フィルタ (median filtering), しきい値処理，対話的な輝度とコントラストの調整
  • 幾何演算： 切り出し (crop), サイズ変更 (resize), 回転 (rotate), フリップ (flip)
  • 解析： 選択領域の面積，平均、標準偏差、最小、最大．　長さ．角度．密度尺度を用いた調整．ヒストグラム
  • 編集： カット，コピー，ペースト，AND< OR, NOT．テキスト，矢印，矩形，楕円，多角形の描画
  • 色処理： RGB成分，HSV 成分、カラーパレット

  など

• ImageJ のインストール （Ubuntu 上）
• Fiji のインストール

  Fiji は，下記のソフトウェアの詰め合わせ。つまり，Fiji をインストールすると，

  • ImageJ: 画像ファイル，画像表示，画像処理等に関する多数の機能をもったオープンソースの Java のソフトウェア
  • Java
  • Java3D
  • 多数のプラグイン: レジストレーション，セグメンテーション，スクリプティング (Scrpting), 3次元表示，特徴抽出 (SIFT, MOPS) など多数
• ImageJ を使ってみる

  ImageJ の数多くの機能のうち，次の機能を紹介します．Fiji も同様の操作手順になる．

  • スライス表示
  • ボリュームレンダリング
  • ファイルの読み込み
    • Analyze フォーマット
    • マルチ TIFF (TIFF スタック画像)
    • 連番画像
  • ファイルの書き出し
    • Analyze フォーマット
    • マルチ TIFF (TIFF スタック画像)
    • 連番画像
• ImageJ で「メモリが足りない」というエラーがでたときの対処
• Fiji で「メモリが足りない」というエラーがでたときの対処
• MRIcron のインストール（Windows 上）

  MRIcron/ は，次の機能を持ったソフトウェア

  • スライス表示
    agittal スライス: X refers to Left/Right
    coronal スライス: Y to anterior/posterior
    axial スライス: Z to superior/inferior
  • 複数レイヤの重ねあわせ表示
  • ボリュームレンダリング
    視線（Aizmuth 値, Elevation 値）の調整
  • ファイルの読み込み: NIfTI フォーマット, Analyze フォーマット (これらは，FSL, SPM5, SPM2, Boxbo 等でも使用されているフォーマット）
  • ファイルの書き出し: NIfTI フォーマット
  • lesion symptom mapping
  • fMRI データセットの表示

  など

• MRIcroGL のインストール（Windows 上にインストール）
• MRIcroGL を用いた MIP (Maximum Intensity Projection) 表示手順
• MRIcro を用いた MIP (Maximum Intensity Projection) 表示手順

  Realiaは、INTAGE（インテージ）製品シリーズの1つで、所定の条件下で無償でライセンスされるDICOM 3Dビューワソフトウェア．

  利用条件などは，利用者で確認すること． ．

• 「医用画像診断支援共通プラットフォーム（PLUTO）」を用いた3次元人体断面の表示と PLUTO 対応形式の画像ファイルの作成手順
• BMP 連番画像を TIFF 連番画像に変換（Windows 上のソフトウェアを利用）

セグメンテーション

• FreeSurfer バージョン 5.0.0 のインストール (Linux 上にインストール）（書きかけ）

  FreeSurfer は，フリーソフトではないので、よく使用条件を確認すること． 再配布は行わないこと．

• FreeSurfer の使い方．--- FreeSurfer を用いた脳の領域抽出（セグメンテーション）の例 ---